Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut kırıcılardır.
Program:
ADI
razers - Hassasiyet Kontrolü ile Hızlı Okuma Eşlemesi
SİNOPSİS
razerlar [SEÇENEKLER] razerlar [SEÇENEKLER]
AÇIKLAMA
RazerS, k-mer sayma filtresine dayalı çok yönlü, tam duyarlı bir okuma eşleyicisidir.
Tek ve çift uçlu eşlemeyi destekler ve filtreyi en uygun şekilde parametrelendirir
kullanıcı tanımlı bir minimum hassasiyete dayalıdır. Görmek
http://www.seqan.de/projects/razers daha fazla bilgi için.
RazerS'e giriş, bir referans genom dosyasıdır ve tek uçlu bir dosyadır.
çift uçlu okumaların sol veya sağ eşlerini içeren okumalar veya iki dosya.
(c) Telif Hakkı 2009, David Weese'e aittir.
-h, --yardım et
Bu yardım mesajını görüntüler.
--versiyon
Sürüm bilgilerini görüntüleme
Ana Seçenekler:
-f, --ileri
Harita yalnızca satırları iletmek için okur.
-r, --ters
Harita sadece dizileri ters çevirmek için okur.
-i, --yüzde-kimlik NUM
Yüzde kimlik eşiği. [50..100] aralığında. Varsayılan: 92.
-rr, --tanıma oranı NUM
Yüzde tanıma oranı. [80..100] aralığında. Varsayılan: 99.
-pd, --param-dir DIR
Dizindeki kullanıcı tarafından hesaplanan parametre dosyalarını okuyun .
-İD, --indels
İndellere izin ver. Varsayılan: yalnızca uyumsuzluklar.
-LL, --kütüphane uzunluğu NUM
Eşleştirilmiş uç kitaplık uzunluğu. [1..inf] aralığında. Varsayılan: 220.
Onları, --kütüphane-hatası NUM
Eşleştirilmiş uç kitaplık uzunluk toleransı. [0..inf] aralığında. Varsayılan: 50.
-m, --max-isabet NUM
Yalnızca çıktı en iyi hitlerden. [1..inf] aralığında. Varsayılan: 100.
--benzersiz
Yalnızca benzersiz en iyi eşleşmeleri çıkar (-m 1 -dr 0 -pa).
-tr, --trim-okuma NUM
Kırpma, verilen uzunluğa okur. Varsayılan: kapalı. [14..inf] aralığında.
-o, --çıktı DOSYA
Çıktı dosya adını değiştirin. Varsayılan: .razers. Geçerli dosya türleri şunlardır: razers,
eland, fa, fasta ve gff.
-v, --ayrıntılı
Ayrıntılı mod.
-vv, --vverbose
Çok ayrıntılı mod.
Çıktı Formatı Seçenekleri:
-a, -- hizalama
Her eşleşme için hizalamayı boşaltın (yalnızca razer veya fasta formatı).
-pa, --temizlik-belirsiz
Şundan daha fazlasıyla okumaları temizle en iyi maçlar.
-dr, --mesafe-aralığı NUM
Yalnızca en iyiye kıyasla en fazla NUM hataya sahip eşleşmeleri dikkate alın. Varsayılan:
tüm çıktı.
-gn, --genom adlandırma NUM
Genomların nasıl adlandırılacağını seçin (aşağıdaki Adlandırma bölümüne bakın). [0..1] aralığında. Varsayılan:
0.
-rn, --okuma-adlandırma NUM
Okumaların nasıl adlandırılacağını seçin (aşağıdaki Adlandırma bölümüne bakın). [0..2] aralığında. Varsayılan: 0.
-yani, --sıralama düzeni NUM
Eşleşmelerin nasıl sıralanacağını seçin (aşağıdaki Sıralama bölümüne bakın). [0..1] aralığında.
Varsayılan: 0.
-pf, --pozisyon-format NUM
Başlangıç/bitiş konumu numaralandırmasını seçin (aşağıdaki Koordinat bölümüne bakın). aralıkta
[0..1]. Varsayılan: 0.
Filtrasyon Seçenekleri:
-s, --şekil BITTRING
K-mer şeklini manuel olarak ayarlayın. Varsayılan: 11111111111.
-t, --eşik NUM
Minimum k-mer sayım eşiğini manuel olarak ayarlayın. [1..inf] aralığında.
-ok, --fazlalık-kesme NUM
K-mer fazlalık kesme oranını ayarlayın. [0..1] aralığında.
.RL, --tekrar uzunluğu NUM
Basit uzunluk tekrarlarını atla . [1..inf] aralığında. Varsayılan: 1000.
-tl, --tabu-uzunluk NUM
Tabu uzunluğunu ayarlayın. [1..inf] aralığında. Varsayılan: 1.
-lm, --düşük bellek
Çalışma zamanı pahasına bellek kullanımını azaltın.
Doğrulama Seçenekleri:
-mN, --match-N
N, diğer tüm karakterlerle eşleşir. Varsayılan: N hiçbir şeyle eşleşmez.
-ed, --hata-dağıtım DOSYA
DOSYA'ya hata dağılımını yazın.
-mcl, --min-kırpılmış-len NUM
Okuma kırpma için minimum okuma uzunluğunu ayarlayın. [0..inf] aralığında. Varsayılan: 0.
-kih, --kalite-in-başlık
Fasta başlığında kalite dizesi.
FORMATLAR, ADLANDIRMA, SIRALAMA VE KOORDİNAT ŞEMALARI
RazerS, çeşitli çıktı biçimlerini destekler. Çıkış formatı otomatik olarak algılanır
dosya adı son ekinden.
.razers
Razer formatı
.fa, .fasta
Gelişmiş Fasta formatı
.eland
eland formatı
.gff GFF formatı
Varsayılan olarak, okumalar ve contig'ler, girişte verilen Fasta kimlikleriyle belirtilir.
Dosyalar. İle -gn ve -rn seçenekler bu davranış değiştirilebilir:
0 Fasta kimliğini kullanın.
1 1 ile başlayan numaralandırın.
2 Okuma sırasını kullanın (sadece kısa okumalar için!).
Çıktı dosyasındaki eşleşmelerin sıralanma şekli, -yani seçenek
şu biçimler için: razer, fasta, sam ve amos. Birincil ve ikincil sıralama
anahtarlar:
0 1. sayıyı oku, 2. genom pozisyonu
1 1. genom pozisyonu, 2. okuma sayısı
Başlangıç ve bitiş konumları için kullanılan koordinat uzayı ile değiştirilebilir. -pf
razer ve fasta formatları için seçenek:
0 Boşluk alanı. Karakterler arasındaki boşluklar 0'dan sayılır.
1 Konum alanı. Karakterler 1'den sayılır.
ÖRNEKLER
razers örneği/genome.fa örneği/reads.fa -İD -a -mN -v
Tek uçlu okumaları %4 hata oranıyla eşleyin, indeller ve hizalamaların çıktısını alın. N'ler
her şeye uyduğu düşünülür.
razers örneği/genome.fa örneği/reads.fa örneği/reads2.fa -İD -mN
Eşleştirilmiş uçtan okumaları %4'e kadar hata, indeks ve uyumlu bir şekilde eşlenmiş çıktıyla eşleyin
varsayılan kitaplık boyutu içinde çiftler. N'lerin her şeyle eşleştiği kabul edilir.
VERSION
razers sürümü: 1.2 [13764] Son güncelleme 2013-03-15
onworks.net hizmetlerini kullanarak razerları çevrimiçi kullanın
