Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut snp siteleridir.
Program:
ADI
snp-sites - bir multi fasta hizalama dosyasından snp sitelerini bulur
SİNOPSİS
snp_siteleri [-mvph] [-o çıktı_dosyaadı] [giriş dosyası]
AÇIKLAMA
Bu uygulama bir çoklu hızlı hizalama alır, tüm SNP sitelerini bulur, ardından çıktı verir
SNP siteleri aşağıdaki biçimlerden birinde:
bir çoklu hızlı hizalama, VCF, rahat phylip formatı.
SEÇENEKLER
-m
Bir multi fasta hizalama dosyası çıktısı alın (varsayılan)
-v
Bir VCF dosyası çıktısı alın
-p
Bir phylip dosyası çıktısı
-o
Bir çıktı dosya adı belirtin
-h
Bu belge
-V
Sürümü göster ve çık
ÖRNEKLER
snp siteleri my-alignment.aln
snp siteleri my-gzipped-alignment.aln.gz
FORMAT OF L' GİRİŞ DOSYA
Giriş dosyaları şöyle görünmelidir:
>referans_dizisi
accggtt
>karşılaştırma_sırası
AACCCGGTT
>başka bir_karşılaştırma_dizisi
AACCGCTT
Daha fazla örnek için şu adresi ziyaret edin:
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
onworks.net hizmetlerini kullanarak snp sitelerini çevrimiçi kullanın
