Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen srf2fastq komutudur.
Program:
ADI
srf2fastq - SRF dosyalarını Sanger fastq formatına dönüştürür
SİNOPSİS
srf2fastq [seçenekleri] srf_arşiv Kendi ID’n ile mağazalarını oluştur
AÇIKLAMA
srf2fastq bir veya daha fazla SRF arşivinden dizileri ve nitelikleri çıkarır ve yazar
Sanger fastq formatında stdout'a.
Illumina'nın ayrıca farklı olan bir fastq formatına (GERALD dizinlerinde kullanılır) sahip olduğunu unutmayın.
kalite değerleri için log-odds puanlarının kullanımında biraz. Burada açıklanan biçim
geleneksel kullanıyor Phred kaliteli kodlama stili.
SEÇENEKLER
-c ZTR kullanarak kalibre edilmiş güven değerleri verir CNF1 tek bir parça için yığın türü
baz başına kalite. Bu olmadan orijinal Illumina'yı kullanın _prb.txt oluşan dosyalar
ZTR'de saklanan taban başına dört kalite değerinden CNF4 parçalar.
-C Kötü kalite olarak etiketlenen dizileri maskeler.
-s kök
Dosya adları başlayan diskte dosyalar oluşturur kök, açık olmayan her dosya için bir dosya
SRF/ZTR bölgesi (REGN) öbeğindeki öğe. Tipik olarak bu, aşağıdakiler için iki dosya ile sonuçlanır:
eşleştirilmiş son koşular. Dosya adı son ekleri, SRF bölgesinde listelenen adlardan gelir.
parçalar. Bu seçenek ile çakışıyor -S parametre.
-S Dizileri bölgelere ayırır, ancak her dizi bölgesini sırayla listeler.
Diskteki dosyaları ayırmak yerine stdout. Bu seçenek ile çakışıyor
the -s parametre.
-n -s kullanılırken dosya adı son ekleri bunun yerine basitçe numaralandırılır (1 ile başlar)
SRF bölge parçalarında listelenen isimleri kullanma.
-a Dizi adlarına bölge dizini ekler. Yani bir için "ad/1" ve "ad/2" oluşturun
eşleştirilmiş okuma
-e Herhangi bir açık diziyi ('E' tipi ZTR bölge öbeği) diziye dahil edin
çıktı. Açık sekans da kalite çizgisine dahil edilmiştir. Şu anda
bu, astarın son bazını depolamak için ABI SOLiD tarafından kullanılır.
-r bölge liste
Ters, diziyi tamamlar ve içindeki tüm bölgeler için kalite değerlerini tersine çevirir.
the bölge liste. Bu, aşağıdakileri sıralayan tamsayı değerlerinin virgülle ayrılmış bir listesidir.
1'den başlayan bölgeler, bu seçeneğin yalnızca şu durumlarda çalıştığını unutmayın: -s or -S vardır
belirtildi.
ÖRNEKLER
Geçerli dizindeki tüm srf dosyalarından yalnızca kaliteli dizileri çıkarmak için
kalibre edilmiş güven değerleri kullanılarak (varsa).
srf2fastq -c -C *.srf > runX.fastq
Eşleştirilmiş bir ucu ayıklamak için, adlı dizilere sahip iki ayrı dosyaya çalıştırın. isim/ 1 ve
isim/ 2.
srf2fastq -s runX -a -n runX.srf
Eşleştirilmiş bir son çalıştırmayı tek bir dosya olarak, alternatif ileri ve geri diziler halinde çıkarmak için,
ikinci okuma ters olarak tamamlanır.
srf2fastq -S -r 2 runX.srf > runX.fastq
onworks.net hizmetlerini kullanarak srf2fastq çevrimiçi kullanın
