xcrysden - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

xcrysden - kristal ve moleküler yapı görselleştiricisi

SİNOPSİS

xcrysden [özel seçenekler]
xcrysden [özel seçenekler] biçim seçenekleri dosya|rehber

AÇIKLAMA

XCrySDen amaçlayan bir kristal ve moleküler yapı görselleştirme programıdır.
kristal yapılar üzerine bindirilebilen eş yüzeylerin ve konturların gösterimi
ve etkileşimli olarak döndürülür ve manipüle edilir.

ÖZEL SEÇENEKLER

-h
--yardım et
Yardım mesajını görüntüleyin.

-v
--versiyon
Program sürüm bilgilerini görüntüleyin.

-u id
--kullanmak id
Window-ID= ile konteyner penceresine gömülü XCrySDen'i yükleyinid.

-r sönük
--reducedim sönük
XSF dosyasının periyodik boyutunu azaltın sönük. önce belirtilmelidir --xsf seçeneği
Örneğin, xcrysden -r 2 --xsf dosya.

-c dosya
--gelenek dosya
Belirtilen bir dosyadan özel tanımları yükleyin (sözdizimi şudur:
~/.xcrysden/özel tanımlar).

-a dosya
--Öznitellikler dosya
Dosyadan öznitelikleri yükleyin. Nitelikler dosyasının formatı aşağıdaki gibidir:

ELEMENTRENK
atom numarası1 red1 blue1 green1
atom numarası2 red2 blue2 green2
Kendi ID’n ile mağazalarını oluştur
ELEMENTRADIUS
atom numarası1 yarıçap1
atom numarası2 yarıçap2
Kendi ID’n ile mağazalarını oluştur

-l dosya
--ışıklar dosya
Işık parametrelerini XCrySDen'in ışık formatlı dosyasından yükleyin.

FORMAT SEÇENEKLER

--xsf dosya
Yapıyı XCrySDen's-Structure-File (XSF) formatlı dosyadan yükleyin.

--animxsf dosya
--axsf dosya
Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF) formatlı dosyadan yapıları yükleyin.

--bxsf dosya
Bantları BXSF (Band-XSF) dosyasından yükleyin ve Fermi Surface'ı görselleştirin.

--xmol dosya
--xyz dosya
XYZ formatlı dosyadan yapıyı yükleyin.

--pdb dosya
PDB formatlı dosyadan yapıyı yükleyin.

--gzmat dosya
Gauss Z matrisinden yük yapısı (Open-Babel programı gerektirir).

--gaussian_out dosya
--gxx_out dosya
--g98_out dosya
Gauss çıktı dosyasından yapıyı yükleyin. Sadece tek nokta hesaplama ve
optimizasyon çalıştırması şu ana kadar destekleniyor. Optimizasyon çalışması için şunları yapmak mümkündür:
çalışma sırasında üretilen tüm yapıları işleyin.

--küp dosya
--gXX_küp dosya
--g98_küp dosya
Gauss küp dosyasından yapıyı yükleyin. Küp dosyası ile üretilmelidir.
Küp=Kart seçeneği. Yalnızca skaler küp dosyaları desteklenir, yani Küp=(Kartlar,Yoğunluk)
veya Küp=(Kartlar,Yörüngeler) veya Küp=(Kartlar,Potansiyel). için GAUSSIAN kılavuzuna bakın.
bu anahtar kelimelerin anlamı.

--kristal_inp dosya
CRYSTAL'den yük yapısı (http://http://www.kristal.unito.it/) giriş dosyası.

--kristal_f9 dosya
CRYSTAL'den yük yapısı (http://http://www.kristal.unito.it/) fortran birim 9.

--wien_struct dosya başı|dosya|rehber
WIEN2k'den yük yapısı (http://www.wien2k.at/) struct dosyası, burada:

dosya başı = olmadan yapı dosyasının adı .yapı uzantı,
dosya = dosya adı,
rehber = vaka dizininin adı.

--wien_kpath rehber|yapı dosyası
Okumak yapı özel k noktaları ile ilk Brillouin bölgesini dosyalayın ve oluşturun. K-yolu olabilir
özel k noktalarına fare ile tıklanarak etkileşimli olarak seçilir. Kullanıcı belirtmelidir EMİN
ve EMAX yol boyunca enerjiler ve toplam k noktası sayısı. Bu sayı sadece
XCrySDen çok tekdüze olmaya çalıştığından, toplam k noktası sayısının tahmini
yol boyunca k-noktalarının örneklenmesi (WIEN2k izin verilen maksimum k-
puan, çünkü XCrySDen birkaç puan daha üretebilir).

--wien_renderdensity rehber
Okumak yapı, çıktı, ve rho dosyalar ve kristal yapıyı işler ve önceden hesaplanır
yük yoğunluğu.

--wien_density dizin
Yük yoğunluğu hesaplaması için 2B veya 3B bölge, etkileşimli olarak şu şekilde seçilir:
fare tıklaması. XCrySDen üretir in5 dosya(lar), yük yoğunluğunu hesaplar ve işler
ya izolinler/renk düzlemleri (2D) ya da eşyüzeyler (3D) olarak.

--wien_fermissurface rehber
Fermi yüzey oluşturma için bir görev penceresi açılır. Birkaç adımdan sonra Fermi
yüzey (umarım) 3D izosurface olarak çizilir.

--fhi_inpini dosya
FHI98MD'den yük yapısı inp.ini biçimlendirilmiş dosya

--fhi_coord dosya
FHI98MD'den yük yapısı kod.out biçimlendirilmiş dosya

--pwi
--pw_inp dosya
Yük yapısı pw.x giriş dosyası. pw.x bir psödopotansiyel düzlem dalga programıdır
Kuantum-ESPRESSO dağılımı (http://www.quantum-espresso.org/).

--iki
--pw_out dosya
Yük yapısı pw.x çıktı dosyası. pw.x bir psödopotansiyel düzlem dalga programıdır
Kuantum-ESPRESSO dağılımı (http://www.quantum-espresso.org/).

-s senaryo
--senaryo senaryo
Komut dosyasını Tcl komut dosyasını içeren dosyadan yükleyin.

onworks.net hizmetlerini kullanarak xcrysden'i çevrimiçi kullanın