Bu, en son sürümü BRIG-0.95-dist.zip olarak indirilebilen BLAST Ring Image Generator adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
BLAST Ring Image Generator adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
BLAST Ring Görüntü Oluşturucu
AÇIKLAMA
BRIG, genom derleme verilerini işlemeye odaklanarak çok sayıda genom arasında dairesel karşılaştırmalar görüntüleyebilen bir çapraz platform (Windows/Mac/Unix) uygulamasıdır.Yayınlar için rakamlar oluşturmak için BRIG kullanılıyorsa, lütfen BRIG makalesine atıfta bulunun: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): basit prokaryot genom karşılaştırmaları, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Özellikler
- Görüntüler, bir merkezi referans dizisi ile eşmerkezli halkalar olarak diğer diziler arasında benzerlik göstermektedir.
- BRIG, tüm BLAST karşılaştırmalarını ve dosya ayrıştırmasını basit bir GUI aracılığıyla otomatik olarak gerçekleştirecektir.
- Taslak genomlar için bitişik sınırlar ve okuma kapsamı görüntülenebilir; özelleştirilmiş grafikler ve açıklamalar görüntülenebilir.
- Girdi olarak kullanıcı tanımlı bir gen dizisini kullanan BRIG, bir dizi tam genom, taslak genom ve hatta ham, birleştirilmemiş dizi verilerinde gen varlığını, yokluğunu, kesilmesini veya dizi varyasyonunu görüntüleyebilir.
- BRIG ayrıca, birden fazla numuneden elde edilen birleştirilmemiş dizi verilerinde bulunan genomik bölgelerin aynı anda karşılaştırılmasına olanak tanıyan SAM biçimli okuma eşleme dosyalarını da kabul eder.
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Java
Bu, https://sourceforge.net/projects/brig/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
