Bu, en son sürümü codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip olarak indirilebilen codonPhyML adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
CodonPhyML adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
kodonPhyML
TANIM
codonPhyML, filogeni yeniden yapılandırmasında Markovian kodon evrim modellerini kullanır. Girdi olarak DNA dizileriyle karakterize edilen bir tür kümesi verildiğinde, kodonPhyML, evrimsel ilişkilerini en iyi tanımlayan filogenetik ağacı döndürür. CodonPhyML'yi açıklayan makalemiz "Molecular Biology and Evolution" (MBE) dergisinde yayınlandı. Daha fazla ayrıntı için bağlantıyı takip edin: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML, MBE'nin kapağında! Şuna bakın (Ağustos 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.CodonPhyML'nin çok modelli sürümü için lütfen 'codonphyml_multi.tgz' tarball'ını kullanın.
Özellikler
- Markovian evrim kodon modelleri: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol ve diğerleri 2007, Schneider ve diğerleri 2005, Yap ve diğerleri 2010
- NNI ve SPR ağaç topolojisi arama buluşsal yöntemi
- maksimum olabilirlik ile tahmin edilen ikame oranı parametreleri
- OpenMP aracılığıyla çok çekirdekli destek
- farklı modeller arasında karşılaştırılabilir olasılık (yani AA, NT ve CODON)
Seyirci
Bilim/Araştırma, Eğitim
Kullanıcı arabirimi
Konsol/Terminal, Komut satırı
Programlama dili
C
Bu, https://sourceforge.net/projects/codonphyml/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
