Bu, en son sürümü ISVASE1.1.tar.gz olarak indirilebilen ISVASE adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
ISVASE adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
ISVASE
TANIM
Doğru olgun mRNA'ları oluşturmak için eksonlar tanımlanmalı ve RNA ekleme mekanizması ile kesin ve verimli bir şekilde birleştirilmelidir. Hastalığa neden olan tüm mutasyonların yaklaşık üçte birinin veya yarısının RNA eklemesini etkilediği belirtilmelidir. Bununla birlikte, RNA-seq verilerine dayalı olarak ekleme olayları (SVASE) ile ilişkili dizi varyantlarını doğrudan tanımlamak için çok az biyoinformatik araçları vardır. RNA-seq verilerini kullanarak doğrudan SVASE'yi tanımlamak için basit ve kullanışlı bir araç olan ISVASE'i geliştirdik. Mevcut yazılım PVAAS ile karşılaştırıldığında, yöntemimizin her adımda katı kurala bağlı filtreler ve istatistiksel filtreler, bilinen ekleme olayları için algılama dizisi varyantları, ayrı ayrı ekleme (bağlantı) bölümünde tanımlama dizisi varyantları, algılama bağlantı kayması gibi çeşitli avantajları vardır. Bilinen ekleme notu sağlıyorsa, ekleme sinyalini değerlendiriyorsa, bilinen DNA mutasyonu ve/veya RNA düzenleme verileriyle karşılaştırıyorsa ve kısa çalışma süresine sahipse olaylar.
Özellikler
- Hem yeni birleştirme varyantları hem de bilinen birleştirme varyantları için birleştirme olayıyla ilişkili dizi varyantını tanımlayan ilk araçtır.
- ISVASE, önce her bir ekleme varyantı için dizi varyantlarını tanımlar, ardından karşılaştırma analizi ve istatistiksel test için ilgili tüm ekleme varyantları (aynı bağlantı başlangıcı veya sonu) için dizi varyantlarını tanımlar.
- ISVASE, bağlantının her iki bölümü için dizi varyantlarını ayrı ayrı tanımlar ve yargılar; bu, bağlantının farklı bölümleri için dizi varyantlarının etkisini daha da ayırt edebilir.
- ISVASE, farklı adımlarda birkaç katı kurala bağlı filtre ve istatistiksel filtre uygular.
- ISVASE, yanlış ekleme varyantlarını ortadan kaldırmak için bağlantı kayması olaylarını ve bağlantı sinyallerini (5' ss ve 3' ss) dikkate alır.
- ISVASE, dizi varyantlarının kaynak tipini belirlemek için kullanıcı tarafından sağlanan DNA mutasyonu ve RNA düzenleme verilerini kullanabilir.
- ISVASE, eksonik ekleme arttırıcı motif araması için dizi varyantlarının yan dizisini elde eder.
- ISVASE, varyant ek açıklaması için varsayılan sıra varyant dosyasını ANNOVAR giriş formatı dosyasına dönüştürebilir.
- ISVASE, ekleme olaylarıyla ilişkili dizi varyantlarının özelliklerini göstermek için 8 rakam kullanır.
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Perl
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/isvase/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
