Bu, en son sürümü MITP-1.1.tar.gz olarak indirilebilen MITP adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
MITP adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
MİTP
AÇIKLAMA
miRNA, bitkilerde ve hayvanlarda en önemli biyolojik süreçlerin gen düzenlemesine aracılık edebilen, yaygın olarak bilinen küçük, kodlamayan bir RNA'dır. Bu nedenle model ve yeni diziliş türlerinde identifikasyon muhafazakar ve yeni miRNA ve bunların hedef genleri kaçınılmazdır. MITP, SAM formatında çıktı sonucu, patlama sonucu (varsayılan çıktı sonucu) veya blat sonucu (varsayılan çıktı sonucu) üreten herhangi bir haritalama yazılımından gelen dizi haritalama sonucuna göre miRNA'yı kolay ve hızlı bir şekilde tanımlamak için tasarlanmıştır. Program, programın herhangi bir adımdan çalıştırılmasına ve kalan tüm adımların tamamlanmasına izin veren bir adım praramter (8 adım) sağlar. Ayrıca her adım programını kullanarak adım adım çalıştırabilirsiniz. MITP.pl ana programını çalıştırmak için lütfen bu adım programlarını aynı dizinde çalıştırın. Bazı adımlar isteğe bağlıdır (okuma filtresi, ifade, miRNA sınıfı ve hedef). Bu isteğe bağlı adımlara ait ilgili parametreleri seçtiğinizde program bu adımları çalıştıracaktır. Aksi takdirde, bu adımları atlar.
Özellikler
- Bilinen miRNA ve genom dizisi arasındaki BLAST sonucuna göre korunmuş miRNA'yı tanımlayın
- Varsayılan BLAST çıktısı, BLAT çıktısı veya SAM formatı dosyasındaki hizalama sonucuna göre yeni miRNA'yı tanımlayın
- Küçük RNA bölgelerini tanımlayın
- miRNA hedef genlerini tahmin edin
- Farklı türlerde miRNA'yı karşılaştırın
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Perl
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/mitp/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
