Bu, en son sürümü v2.0.4.zip olarak indirilebilen Nişnetr adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
Nişnetr adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz indirip çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
niş ağ
TANIM
Nişnetr: NicheNet yönteminin R uygulaması. NicheNet'in amacı, hücreler arası iletişimi hesaplamalı bir perspektiften incelemektir. NicheNet, etkileşim halindeki hücrelerin insan veya fare gen ekspresyon verilerini girdi olarak kullanır ve bunu, ligandtan hedefe sinyal yollarına ilişkin mevcut bilgiyi birleştiren önceki bir modelle birleştirir. Bu, ilgilenilen hücrelerde gen ekspresyonu değişikliklerini yönlendirebilecek ligand-reseptör etkileşimlerinin tahmin edilmesine olanak tanır. Potansiyel ligand-hedef bağlantılarına ilişkin bu ön bilgi modeli, daha sonra etkileşime giren hücreler arasındaki aktif ligand-hedef bağlantılarını çıkarmak için kullanılabilir. NicheNet, ligandları aktivitelerine göre (yani, alıcı hücrede gen ifadesinde gözlenen değişiklikleri ne kadar iyi tahmin ettiklerini) göre önceliklendirir ve bu öncelikli ligandlar tarafından düzenlenme potansiyeli yüksek olan etkilenen hedefleri arar.
Özellikler
- NicheNet, hücreler arası iletişimi incelemek için mevcut hesaplamalı yaklaşımların çoğundan oldukça farklıdır.
- Gönderici hücre tarafından ifade edilen ligandların, alıcı hücredeki gen ifadesindeki değişiklikleri, gen ifadesi üzerindeki etkilerine göre ligandlara öncelik vererek ne kadar iyi tahmin edebildiğini değerlendirin
- İncelenen sistemde aktif olan varsayılan ligand-hedef bağlantılarını çıkarımlayın
- Önceki ligand-hedef modelini doğrulayın
- Kullanıcı tanımlı önceki ligand hedef modellerinin oluşturulması
- Ana tahminlerin sezgisel görselleştirmelerinin nasıl yapılacağına dair talimatlar sağlıyoruz
Programlama dili
R
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/ adresinden de alınabilecek bir uygulamadır. Ücretsiz Operatif Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde online olarak çalıştırılabilmesi için OnWorks üzerinde barındırılmıştır.
