Bu, son sürümü Pasha-1.0.10.tar.bz2 olarak indirilebilen PASHA: Parallelized Short Read Assembly adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
PASHA: Parallelized Short Read Assembly with OnWorks adlı bu uygulamayı ücretsiz olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
PASHA: Paralelleştirilmiş Kısa Okuma Meclisi
Ad
TANIM
PASHA, de Bruijn grafiklerini kullanan büyük genomlar için paralel bir kısa okuma derleyicisidir. Hem paylaşımlı bellekli çok çekirdekli CPU'lardan hem de dağıtılmış bellekli hesaplama kümelerinden yararlanan PASHA, makul bir zamanda mütevazı bilgi işlem kaynaklarıyla yüksek kaliteli büyük genomların de-novo derlemesini gerçekleştirme potansiyelini kanıtlamıştır. Üç küçük gerçek çift uçlu veri kümesini kullanan değerlendirmemiz, PASHA'nın önde gelen üç birleştiriciye kıyasla karşılaştırılabilir genom kapsamı ve yanlış birleştirme oranları ile daha iyi derlemeler üretebildiğini gösteriyor: Velvet, ABySS ve SOAPdenovo. Ayrıca PASHA, tek bir CPU üzerindeki üç veri kümesinin tümü için en yüksek hıza ulaşır. İnsan genomu için PASHA, ABySS ile rekabetçi montaj kalitesine ulaşır ve montajı yaklaşık 21 saatte tamamlayabilir; bu, aynı donanım konfigürasyonlarında ABySS'den yaklaşık 2.38 kat daha hızlıdır.
Kullanıcı arabirimi
Konsol/Terminal
Programlama dili
C + +
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/pasha/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
