Bu, son sürümü TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz olarak indirilebilen TaxOnTree adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
TaxOnTree adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
TaxOnTree
TANIM
TaxOnTree, bir filogenetik ağaçta Taksonomik bilgileri ilişkilendirmek için kullanılan bir filogenetik programdır.
Çıktı, FigTree'de açılmak üzere yapılandırılmış, kullanıcıların herhangi bir takson veya sorgu ile diziler tarafından paylaşılan atalara göre anında renklendirebilecekleri bir NEX formatında ağaç dosyasıdır. Girdi, bir BLAST aramasında kullanılacak Fasta formatlı bir dosya veya bir küme zaten mevcutsa, tanımlayıcıları (UniProtAC veya NCBI gi) tarafından temsil edilen bir dizi listesi olabilir. Ayrıca, taksonomik etiketlemeye devam etmek için kullanıcı yazılımı ve belirli ayarlarla üretilen bir newick dosyası kullanılabilir. TaxOnTree, kullanıcısını taksonomi konusunda bir uzmana dönüştürür. TaxOnTree, NCBI taksonomisinde bazı taksonların yokluğunu da düzeltir. Komut satırı programının kurulumu kolaydır ve birkaç biyoinformatik aracıyla birleştirilebilir ve PDF formatında renkli bir ağaç üretilebilir. TaxOnTree şurada bir web aracı olarak mevcuttur: http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree düşük talepli işler için.
Özellikler
- Fasta formatında (veya ID'sinde) bir sorgu girin ve bir filogenetik ağaç oluşturun
- Yalnızca eksiksiz proteinleri ve UniProt Reference proteonlarını içeren RefSeq veritabanı TaxOnTree ile dağıtılır
- MUSCLE, PRANK, Clustal Omega veya Kalign ile çoklu hizalama yapılabilir
- Alternatif olarak, KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER, vb. gibi homolog kümeleri girdi olarak kullanılabilir.
- TaxOnTree, TrimAl ile hizalamayı tedavi edebilir ve FastTree ile bir ağaç oluşturur
- Ancak newick formatında kullanıcı tarafından oluşturulmuş bir ağaç TaxOnTree için girdi olarak kullanılabilir.
- TaxOnTree, FigTree ile açılacak bir NEXUS dosyası üretir
- Uygulama, FigTree komut satırını çalıştırabilir ve analiz edilmiş bir ağacı PDF olarak dışa aktarabilir
- Tek kullanım için bir web aracı mevcuttur ve kodu ayrıca yerel kurulum için kullanılabilir hale getirilmiştir.
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı
Programlama dili
Perl
Veritabanı Ortamı
Perl DBI/DBD, MySQL
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/taxontree/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
