Bu, en son sürümü TomoJ_Applications-2.8.1-jar-with-dependegency.jar olarak indirilebilen TomoJ adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
TomoJ adlı bu uygulamayı OnWorks ile çevrimiçi olarak ücretsiz indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
Tomoj
Ad
AÇIKLAMA
TomoJ, tomografik rekonstrüksiyon için bir ImageJ eklentisidir.
Elektron tomografisi için tasarlanmıştır, ancak paralel ışın ile herhangi bir çekim çalışması gerekir.
TomoJ, 3D rekonstrüksiyonlardan (WBP, ART, SIRT, OS-SART, sıkıştırılmış algılama) önce tilt serisinin ön işlemesini ve kaydını önerir.
TomoJ Java ile yazılmıştır, hesaplamalar çok iş parçacıklıdır ve yeniden yapılandırma CPU veya GPU'da (OpenCL) gerçekleştirilebilir.
kayıt şurada açıklanmıştır:
Journal of Structural Biology: X. 2020, Cilt 4. "Elektron tomografisi için işaretleyicisiz görüntü hizalamasında iyileştirmeler" COS Sorzano ve ark. https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2020.100037.
BMC Biyoinformatik. 2009 Nisan 27;10:124."Elektron tomografi tilt serisinin işaretsiz görüntü kaydı." COS Sorzano ve ark.
yeniden yapılanma kısmı şurada anlatılmıştır:
BMC Biyoinformatik. 2007 6 Ağustos;8:288. "TomoJ: transmisyon elektron mikroskobunda üç boyutlu yeniden yapılandırma için tomografi yazılımı."Messaoudi C ve diğerleri
Özellikler
- tomografi
- ResimJ
- Tilt serisi hizalama
- 3D rekonstrüksiyon
- WBP
- SANAT
- SIRT
- sıkıştırılmış algılama
Kullanıcı arabirimi
Java Salıncak
Programlama dili
Java, OpenCL
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/tomoj/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
