Bu, en son sürümü VarScan.v2.3.9.jar olarak indirilebilen VarScan adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
VarScan adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
VarTarama
TANIM
Büyük ölçüde paralel sıralamada varyant algılama. Bir örnek için SNP'leri, indelleri ve konsensüs genotiplerini çağırır. Tümör-normal çiftler için, her bir varyantı Germline, Somatic veya LOH olarak ayrıca sınıflandırır ve ayrıca somatik kopya numarası değişikliklerini tespit eder. SON VERSİYON GITHUB'DA MEVCUTTUR
Özellikler
- SAMtools yığın dosyalarından SNP'leri ve Indel'leri çağırır
- Kapsama, okuma derinliğine, değişken frekansına ve temel kaliteye göre değişkenleri filtreler
- Tümör-Normal çiftleri için somatik durumu (Somatik, Germline, LOH) belirler
- İki varyant listesini karşılaştırır, birleştirir ve kesişir
- Varyant çağrılarını bir dizi hedef pozisyon veya hedef bölge ile sınırlar
- Reklam amaçlı olmayan kullanımlar için bedava.
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı
Programlama dili
Java
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/varscan/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
