Bu, fcGENE adlı Windows uygulamasıdır: En son sürümü fcgene-1.0.7.zip olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux üzerinden Windows'ta çevrimiçi çalışacak Genotip biçim dönüştürücü. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
FcGENE: Genotype format converter adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın, Windows'ta Linux üzerinden çevrimiçi olarak OnWorks ile ücretsiz olarak çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden herhangi bir OS OnWorks çevrimiçi öykünücüsünü başlatın, ancak daha iyi Windows çevrimiçi öykünücüsü.
- 5. Yeni başlattığınız OnWorks Windows işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin ve kurun.
- 7. Wine'ı Linux dağıtımları yazılım havuzlarınızdan indirin. Kurulduktan sonra, Wine ile çalıştırmak için uygulamaya çift tıklayabilirsiniz. Ayrıca, popüler Windows programlarını ve oyunlarını yüklemenize yardımcı olacak Wine üzerinden gösterişli bir arayüz olan PlayOnLinux'u da deneyebilirsiniz.
Wine, Windows yazılımını Linux üzerinde çalıştırmanın bir yoludur, ancak Windows gerektirmez. Wine, Windows programlarını doğrudan herhangi bir Linux masaüstünde çalıştırabilen açık kaynaklı bir Windows uyumluluk katmanıdır. Esasen Wine, Windows'a ihtiyaç duymadan tüm bu Windows uygulamalarını çalıştırabilmesi için yeterince Windows'u sıfırdan yeniden uygulamaya çalışıyor.
EKRAN
Ad
fcGENE: Çevrimiçi Linux üzerinden Windows'ta çevrimiçi çalıştırmak için genotip biçim dönüştürücü
AÇIKLAMA
Ana uygulama iki yönlüdür: birincisi, genotip SNP verilerini PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE ve BIMBBAM gibi farklı atama araçlarının biçimlerine dönüştürmek, ikincisi, empoze edilen verileri PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT ve SNPTEST gibi farklı dosya biçimlerine dönüştürmek.Okunabilir dosya biçimleri: plink-pedigree (ped ve map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle ve bimbam. Benzer şekilde, çıktıların her türlü atfedilmesi de kabul edilir.
fcGENE tarafından oluşturulabilen formatlar: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs ve bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
Daha fazla uygulama:
-?gerekli atama komutlarının şablonlarını ve diğer atama aracının komutlarını edinme
- MAF,HWE & CALLRATE'e göre kalite kontrol.
anahtar kelimeler: genotip dönüşümü, genotip formatı dönüştürme, atama çıktısı, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
Özellikler
- SNP bazında ve Bireysel bazında Kalite Kontrol yapabilir ve verileri dönüştürürken diskalifiye edilmiş SNP'leri ve bireyleri filtreleyebilir
- genotip SNP Verisinin iki yönlü format dönüştürmesini gerçekleştirebilir (örn. PLINK -> imputation tool ve imputation tools -> PLINK). Hem plink formatlı soyağacı hem de ikili dosyaları okuyabilir ve yazabilir
- empoze edilen SNP'leri, değerlendirme kalite puanı temelinde filtreleyebilir
- GWA analiz araçlarının komut şablonlarını oluşturabilir
- genotip verilerini bir atama aracının formatından diğerine dönüştürür.
- İmputasyon referanslarının plink formatına dönüştürülmesi. Bu, genotip verilerini referans paneliyle karşılaştırmaya yardımcı olur.
- Orijinal olarak farklı diğer formatlarda verilen verilerden GenABEL formatında snp verileri oluşturabilir
- minör alel frekansının beklenen dozunu içeren farklı biçimlendirilmiş dosyalar oluşturabilir
- istatistiksel genetik alanında çalışan araştırmacılar için çok faydalıdır.
- c++ ile yazılmış, STL kapsayıcılarının kullanımı
- gezipped dosyaları okuyabilir ve yazabilir
- --fst komutu ile FST'yi hesaplayabilir
- alel sayıları ve alel dozları ile standart genotip verilerini okuyabilir ve yazabilir
- BEAGLE4 için kullanılan vcf biçimli dosyalar oluşturabilir
Programlama dili
C + +
Bu, https://sourceforge.net/projects/fcgene/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
