Це команда ABYSS, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
ABYSS - зібрати короткі читання в контиги
СИНТАКСИС
ABYSS [ВАРІАНТ]... Фото...
ОПИС
Зібрати всі вхідні файли, FILE, які можуть бути у FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM або
BAM формат і може бути стиснутий за допомогою gz, bz2 або xz і може бути tard.
Користувачам, які бажають запустити повну збірку з ABySS, рекомендується використовувати abyss-pe як свою
точка входу, а не програма ABYSS. abyss-pe - це файл Makefile, який координує багато
інструментів ABySS (включаючи ABYSS), щоб запустити повний конвеєр складання ABySS.
abyss-pe здатний робити багато речей, які ABYSS не є, наприклад, використовувати
інформація про відстань, що надається парним кінцевим зчитуванням і зчитуванням суміжної пари.
--цнотливість
відхилити нечисті читання [за замовчуванням]
--ні-цнотливість
не відкидайте нечисті читання
-- оброблена маска
обрізати замасковані основи з кінців читання [за замовчуванням]
--без обрізки-маски
не обрізайте замасковані основи з кінців зчитування
-q, --якість обробки=ПОРІГ
обрізати основи з кінців зчитування, якість яких нижча за поріг
-Q, --якість маски=ПОРІГ
маскуйте всі бази в зчитуваннях, якість яких нижча за порогове значення
--стандартна якість
нульова якість – це `!' (33)
за замовчуванням для файлів FASTQ і SAM
--якість освітлення
нульова якість `@' (64)
за замовчуванням для файлів qseq та експорту
-o, -- вихід=Фото
записати контиги до FILE
-k, --кмер=KMER_SIZE
розмір k-mer
-t, --обрізна довжина=TRIM_LENGTH
максимальна довжина звисаючих країв для обрізання
-c, --покриття=ПОКРИТТЯ
видаляти контиги із середнім покриттям k-mer, меншим за цей поріг
-b, -- бульбашки=N
з’являються бульбашки коротше N bp (за замовчуванням: 3*k).
-b0, --без бульбашок
не лопайте бульбашки
-e, --розмивати=ПОКРИТТЯ
розмивати основи на кінцях тупих контигів з охопленням меншим за цей поріг
-E, --роз'їдати-пасмо=ПОКРИТТЯ
розмивати основи на кінцях тупих контигів із покриттям, меншим за цей поріг на
будь-яке пасмо
--охоплення-гіст=Фото
записати гістограму покриття k-mer у FILE
-g, --граф=Фото
створити графік у форматі точки
-s, --snp=Фото
записувати спливаючі бульбашки у FILE
-v, -багатослівний
відобразити докладний вихід
--допомога відобразити цю довідку та вийти
-- версія
вивести інформацію про версію та вийти
Використовуйте ABYSS онлайн за допомогою служб onworks.net
