alien_hunter - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

alien_hunter - інтерпольовані мотиви змінного порядку для ідентифікації по горизонталі
придбаної ДНК

СИНТАКСИС

інопланетянин [Опції]

ОПИС

Alien_hunter — програма для прогнозування передбачуваного горизонтального перенесення генів
(HGT) події з реалізацією інтерпольованих мотивів змінного порядку (IVOMs). Ан
Підхід IVOM використовує композиційні упередження за допомогою розподілу мотивів змінного порядку та
більш надійно фіксує локальний склад послідовності порівняно з фіксованим порядком
методи. За бажанням передбачення можна проаналізувати у прихований Марковський код 2-го порядку з 2 станами
Модель (HMM) у системі виявлення точки зміни для оптимізації локалізації
межі прогнозованих регіонів. Прогнози (формат embl) можуть бути автоматичними
завантажується в Artemis genome viewer, безкоштовно доступний за адресою:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

ВХІД: необроблена геномна послідовність ПРОГНОЗ: регіони HGT на основі інтерпольованого порядку змінних
Аргументи мотивів (IVOMs):


необроблена геномна послідовність


ім'я файлу для вихідних даних

Необов’язкові аргументи:

-a, щоб завантажити файл прогнозу в Artemis

-c оптимізувати передбачувані межі зі станом HMM 2-го порядку визначення точки зміни 2

Вихідні файли:


передбачення (файл вкладок) у форматі embl

.opt
оптимізовані (HMM) передбачення (файл вкладки) у форматі embl

.plot
передбачення у форматі Artemis User Plot для завантаження вручну за допомогою Graph -> Add
Ділянка користувача...

.opt.plot
оптимізовані (HMM) прогнози у форматі Artemis User Plot для завантаження вручну за допомогою
Графік -> Додати графік користувача...

.sco
бали за всіма ковзними вікнами - для перевірки розподілу балів

Примітка. Прогнози, які збігаються з опероном рРНК, згадуються в кваліфікаторі примітки

Використовуйте alien_hunter онлайн за допомогою сервісів onworks.net