Це команда amap, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
amap - множинне вирівнювання білка шляхом відпалу послідовності
СИНТАКСИС
мапа [ВАРІАНТ] [MFAFILE] [MFAFILE]
ОПИС
AMAP є інструментом для виконання множинного вирівнювання пептидних послідовностей. Він використовує задній
декодування та вирівнювання послідовності відпалу замість традиційного прогресивного
метод вирівнювання. Це єдина програма вирівнювання, яка дозволяє контролювати
компроміс чутливість/специфічність. Він заснований на вихідному коді ProbCons, але використовує
вирівнювання метричної точності та виключає перетворення узгодженості.
У своїй конфігурації за замовчуванням AMAP налаштований так, щоб максимізувати очікувану метрику вирівнювання
Оцінка точності (AMA) – новий показник точності вирівнювання, заснований на метриці для
простір множинного вирівнювання, який інтегрує чутливість і конкретність в єдине
збалансована міра. AMA визначається як частка правильно вирівняних залишків (або до
іншого залишку або до проміжку) із загальної кількості залишків у всіх послідовностях.
мапа вирівнює послідовності, надані у форматі MFA. Цей формат складається з кількох послідовностей.
Кожна послідовність у форматі MFA починається з однорядкового опису, за яким слідують рядки
дані послідовності. Рядок опису відрізняється від даних послідовності за допомогою a
символ більше (“>”) у першому стовпці.
ВАРІАНТИ
-clustalw
використовуйте вихідний формат CLUSTALW замість MFA
-c -- послідовність REP
використовувати 0 <= REP <= 5 (за замовчуванням: 0) проходів перетворення узгодженості
-ір --ітеративно-уточнення REP
використовувати 0 <= REP <=1000 (за замовчуванням: 0) проходів ітераційного уточнення
-попередньо -- попереднє навчання REP
використовувати 0 <= REP <= 20 (за замовчуванням: 0) раундів попередньої підготовки
- пари
генерувати попарне вирівнювання всіх пар
-вітербі
використовуйте алгоритм Вітербі для створення всіх пар (автоматично вмикає - пари)
-v -багатослівний
Повідомляти про прогрес під час вирівнювання (за замовчуванням: вимкнено)
-не ФІЛЕНАМ
написати анотацію для множинного вирівнювання ФІЛЕНАМ
-t --поїзд ФІЛЕНАМ
обчислити ймовірності переходу EM, зберегти в ФІЛЕНАМ (за замовчуванням: без навчання)
-e -- викиди
також переоцінити ймовірність викидів (за замовчуванням: вимкнено)
-p --parafile ФІЛЕНАМ
читати параметри з ФІЛЕНАМ (за замовчуванням: )
-a --порядок вирівнювання
друкувати послідовності в порядку вирівнювання, а не в порядку введення (за замовчуванням: вимкнено)
-g --фактор розриву GF
використання GF як параметр коефіцієнта розриву, встановіть 0 для найкращої чутливості, вищі значення для
краща специфічність (за замовчуванням: 0.5)
-w --порога-вага-порогу W
зупинити процес послідовного відпалу, коли найкраща кромка має меншу вагу, ніж W, встановити на 0
для найкращої чутливості, вищі значення для кращої специфічності (за замовчуванням: 0)
-прог -- прогресивний
використовувати прогресивне вирівнювання замість вирівнювання послідовності відпалу (за замовчуванням: вимкнено)
-не замовляти --переупорядкування без краю
вимкнути зміну порядку країв під час вирівнювання послідовності відпалу (за замовчуванням: вимкнено)
- максимальний крок --use-max-stepsize
використовувати максимальний розмір кроку покращення замість tGf edge ranking (за замовчуванням: вимкнено)
-друк --print-posteriors
друкувати лише матриці апостеріорних ймовірностей (за замовчуванням: вимкнено)
- gui Почати гру КРОК
друк для графічного інтерфейсу на основі Java AMAP Display (за замовчуванням: ), починаючи з ваги Почати гру
(за замовчуванням: нескінченність) із розміром кроку КРОК (за замовчуванням: )
ПРИКЛАДИ
Щоб запустити AMAP із параметрами за замовчуванням, змініть на вирівнювати каталог і тип:
% мапа
Якщо ім’я файлу не вказано, буде надруковано список параметрів.
Щоб використовувати дисплей AMAP, запустіть AMAP з опцією -gui і збережіть результат у a
файл, а потім використайте файл як вхідні дані для AmapDisplay. Наприклад, введіть:
% вирівняти/amap - gui examples/BB12020.tfa > examples/BB12020.tfa.out
% Ява - баночка display/AmapDisplay.jar examples/BB12020.tfa.out
(у системах Debian, Приклади каталог знаходиться в /usr/share/doc/amap-align/examples
ПРИМІТКА
У старіших версіях (< 2.0-1) пакета для систем Debian(TM), файл мапа команда була
перейменований amap-align тому що вже був інший інструмент під назвою мапа (який виконує деякі
діагностика комп'ютерної мережі). Символічне посилання amap-align все ще надається для оновлення
цілей, але буде видалено у випусках Debian після Etch (Debian 4.0).
Використовуйте amap онлайн за допомогою служб onworks.net
