Це команда asn2fsa, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
asn2fsa - конвертувати дані біологічної послідовності з ASN.1 у FASTA
СИНТАКСИС
asn2fsa [-] [-A Точність] [-D] [-E] [-H] [-L ім'я файлу] [-T] [-a тип] [-b] [-c] [-d шлях]
[-e N] [-f шлях] [-g] [-h ім'я файлу] [-i ім'я файлу] [-k] [-l] [-m] [-o ім'я файлу] [-p шлях]
[-q ім'я файлу] [-r] [-s] [-u] [-v ім'я файлу] [-x вул] [-z]
ОПИС
asn2fsa перетворює дані біологічної послідовності з ASN.1 у FASTA.
ВАРІАНТИ
Нижче наведено короткий опис варіантів.
- Роздрукувати повідомлення про використання
-A Точність Приєднання для отримання
-D Використовуйте Dash для Gap
-E Розширені ідентифікатори Seq
-H HTML охоплює
-L ім'я файлу
Файл журналу
-T Використовуйте Threads
-a тип
Тип введення ASN.1:
a Автоматично (за замовчуванням)
z Будь-який
e Введення послідовності
b Bioseq
s Набір Bioseq
m Seq-submit
t пакетна обробка (підходить для офіційних випусків; автоматично визначає певний тип)
-b Набір Bioseq є двійковим
-c Bioseq-set стиснутий
-d шлях
Шлях до бази даних ReadDB
-e N Довжина рядка (70 за замовчуванням; може варіюватися від 10 до 120)
-f шлях
Шлях до індексованих даних FASTA
-g Розширте дельта-розриви на Ns
-h ім'я файлу
Ім'я вихідного файлу кешу далекого компонента
-i ім'я файлу
Один вхідний файл (стандартний вхід за замовчуванням)
-k Локальна вибірка
-l Заздалегідь зафіксуйте компоненти
-m Головний стиль для майже сегментованих послідовностей
-o ім'я файлу
Назва вихідного файлу нуклеотидів
-p шлях
Шлях до файлів ASN.1
-q ім'я файлу
Ім'я вихідного файлу показника якості
-r Дистанційне отримання з NCBI
-s Далекий геномний контиг для оцінки якості
-u Recurse
-v ім'я файлу
Ім'я вихідного файлу білка
-x вул Підрядок вибору файлу (.ent за замовчуванням) [Рядок]
-z Розрив якості друку становить -1
Використовуйте asn2fsa онлайн за допомогою служб onworks.net
