Це команда autogrid4, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
autogrid - підготовка білка та ліганду для аналізу AutoDock
СИНТАКСИС
автосітка4 [опції] -p файл параметрів сітки
ОПИС
AutoGrid готує тривимірне представлення сітки енергій нековалентної взаємодії
різні типи атомів ліганду, визначені користувачем, відчуватимуться навколо визначеної користувачем цілі
макромолекула. Крім того, електростатичний потенціал і десольватація вільної енергетичної сітки
карти також можуть бути розраховані. Карти сітки зберігаються у звичайних текстових файлах із файлом
розширення ".map" і потрібні AutoDock 4 для виконання стикувань. AutoGrid також
виводить файл '.xyz', який описує просторові межі сітки, і AVS
файл поля '.fld', який описує узгоджений набір карт сітки атомної спорідненості,
були розраховані разом для даної цільової макромолекули. Примітка: необхідно
обчислити карти сітки для всіх типів атомів у ліганді або наборі лігандів, які будуть
док, а також карта електростатичної потенціалу та карта вільної енергії десольватації.
Наприклад, якщо ліганд має аліфатичний вуглець і кисень, що приймає водневий зв’язок
атома, необхідно було б обчислити як карту "C", так і карту "OA". Побачити
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
параметри для отримання додаткової інформації про типи атомів AutoDock 4.
Вхід до AutoGrid найкраще підготувати за допомогою набору програм AutoDockTools. Немає
спосіб запустити autodock4 без сітки.
ВАРІАНТИ
-o Використовуйте старий формат PDBq (q у стовпцях 55-61)
-u Інформація про використання, а також -h у Debian.
-d Збільшена докладність повідомлень, щоб допомогти налагодити.
-l файл журналу
-p filename Вказує файл параметрів сітки
приклад
З джерелами AutoGrid доступний ряд тестів, які можна використовувати наступним чином:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ cd / Tmp
$ln -s $D/AD4_parameters.dat.
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
Ця команда готує файли карт сітки для кожного з типів атомів AutoDock, зазначених у
файл параметрів сітки (у цьому випадку: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
файл поля (hsg1_sm.maps.fld) і hsg1_sm.maps.xyz. Щоб виконати розрахунок зведення,
AutoDock має бути виконано, хоча для цього потрібен окремий файл параметрів стикування (з
розширення .dpf). "DPF" відноситься до файлів карти сітки, які необхідні для закріплення
і дозволяє встановлювати інші важливі параметри, такі як метод пошуку та як
багато стикувань для виконання.
Використовуйте autogrid4 онлайн за допомогою служб onworks.net
