babel - Онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

галас, обабель — конвертер файлів даних хімії та молекулярного моделювання

СИНТАКСИС

галас [-H довідкові параметри]
галас [ВАРІАНТИ] [-i вхідний тип] infile [-o вихідного типу] вихідний файл

обабель [-H довідкові параметри]
обабель [ВАРІАНТИ] [-i вхідний тип | -"УСМІШКИ-струна"] infile [-o вихідного типу] -O вихідний файл

ОПИС

галас це кросплатформна програма, призначена для взаємоперетворення між багатьма форматами файлів, які використовуються в
молекулярне моделювання та обчислювальна хімія та суміжні галузі.

обабель та галас дещо відрізняються. Перший ближче до звичайної конвенції Unix
для програм командного рядка та більш гнучких, коли користувачеві потрібно вказати значення параметрів
на опціях. З галас це працює лише тоді, коли опція стоїть останньою на рядку; з обабель
таке обмеження не застосовується. Крім того, він має ярлик для введення рядків SMILES, який
можна використовувати замість вхідного файлу.

Open Babel також є повним набором інструментів програмістів для розробки програмного забезпечення для хімії. Для
більше інформації див. на веб-сторінках Open Babelhttp://openbabel.org/>.

ВАРІАНТИ

Якщо вказано лише вхідні та вихідні файли, Open Babel вгадає тип файлу з
розширення імені файлу.

-"УСМІШКИ-струна"
Введіть рядок SMILES і використовуйте його замість вхідного файлу. Рядок SMILES має бути
узяті в лапки. Можна використовувати більше одного, і назву молекули
включені, якщо вони взяті в лапки.

-a опції
Опції введення для певного формату. Побачити -H ідентифікатор формату для опцій, дозволених певним
формат

--додати заголовок
Додати текст до поточної назви молекули

--додатиформулу
Додайте молекулярну формулу після поточної назви молекули

-b Перетворіть давальні зв’язки: наприклад, [N+]([O-])=O в N(=O)=O

-c Координати центру атома в (0,0,0)

-C Об’єднайте молекули в першому файлі з іншими з такою ж назвою

-e Продовжуйте після помилок

-d Видалити Hydrogens

---рівень помилки 2
Відфільтруйте рівень відображених помилок і попереджень:
1 = тільки критичні помилки
2 = також включати попередження (за замовчуванням)
3 = включати також інформаційні повідомлення
4 = включити повідомлення "журналу аудиту" про зміни даних
5 = також включити повідомлення про налагодження

-f # Для введення кількох записів розпочніть імпорт із молекули # як першого запису

-F Виведіть доступні типи відбитків пальців

-h Додайте водень

-H Вивести інформацію про використання

-H ідентифікатор формату
Вивести інформацію про форматування та параметри для вказаного формату

- Хол
Вивести інформацію про форматування та параметри для всіх форматів

-я
Визначає формат введення, доступні формати див. нижче

-j

--приєднатися
Об’єднайте всі вхідні молекули в один вихідний елемент

-k Перекладіть ключові слова моделювання обчислювальної хімії (наприклад, GAMESS та Gaussian)

-m Створіть кілька вихідних файлів, щоб дозволити:
- Розділивши один вхідний файл - помістіть кожну молекулу в послідовно пронумеровані
вихідні файли
- Пакетне перетворення - перетворення кожного з кількох вхідних файлів у вказаний
формат виводу

-l # Для багаторазового введення, зупиніть імпорт із молекулою # як останнім записом

-o ідентифікатор формату
Визначає вихідний формат, доступні формати див. нижче

-O вихідний файл
Вкажіть вихідний файл. Цей параметр стосується обабель тільки.

-p Додайте водень, відповідний для pH (використовуйте трансформації в phmodel.txt)

--майно
Додати або замінити властивість (наприклад, у файлі MDL SD)

-s SMARTS
Перетворіть лише молекули, що відповідають вказаному шаблону SMARTS

--окремі
Розділіть роз’єднані фрагменти в окремі молекулярні записи

-t Усі вхідні файли описують одну молекулу

-- назва назву
Додайте або замініть молекулярний заголовок

-x опції
Опції виводу, що залежать від формату. Побачити -H ідентифікатор формату для опцій, дозволених певним
формат

-v SMARTS
Перетворюйте лише молекули НЕ відповідний шаблон SMARTS

-V Вивести номер версії та вийти

-z Стисніть вихід за допомогою gzip

Фото ФОРМАТИ

Наразі Open Babel підтримує такі формати:
acr -- Carine ASCI Crystal
alc -- формат алхімії
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR формат [лише читання]
bgf -- формат MSI BGF
box -- Dock 3.5 Формат коробки
bs -- Формат м'ячів і паличок
c3d1 -- формат Chem3D декартів 1
c3d2 -- формат Chem3D декартів 2
caccrt -- Декартів формат Cacao
кеш -- формат CAChe MolStruct [лише для запису]
cacint -- Внутрішній формат Cacao [лише для запису]
can -- формат Canonical SMILES
автомобіль -- формат Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [лише для читання]
ccc -- формат CCC [лише читання]
cdx -- двійковий формат ChemDraw [лише читання]
cdxml -- формат ChemDraw CDXML
cht -- формат Chemtool [лише для запису]
cif -- Файл кристалографічної інформації
cml -- Мова хімічної розмітки
cmlr -- формат CML Reaction
com -- Декартовий вхід за гауссом 98/03 [лише для запису]
copy -- копіює необроблений текст [лише для запису]
crk2d -- Формат 2D-схем набору хімічних ресурсів
crk3d -- 3D-формат набору хімічних ресурсів
csr -- Формат CSR Accelrys/MSI Quanta [лише для запису]
cssr -- формат CSD CSSR [лише для запису]
ct -- Формат таблиці з'єднань ChemDraw
dmol -- формат координат DMol3
ent -- Формат банку даних білка
fa -- формат FASTA [лише для запису]
fasta -- формат FASTA [лише для запису]
fch -- формат файлу контрольної точки у форматі Гауса [Лише читання]
fchk -- формат файлу контрольної точки у форматі Гауса [Лише читання]
fck -- формат файлу контрольної точки у форматі Гауса [Лише читання]
feat -- Функціональний формат
fh -- Формат Z-Matrix Fenske-Hall [лише для запису]
fix -- Формат SMILES FIX [лише для запису]
fpt -- формат відбитків пальців [лише для запису]
fract -- у вільній формі дробовий формат
fs -- Відкрийте базу даних Babel FastSearching
fsa -- формат FASTA [лише для запису]
g03 -- Гаусів 98/03 Вихід [лише читання]
g98 -- Гаусів 98/03 Вихід [лише читання]
gam -- Вихід GAMESS [Тільки для читання]
gamin -- GAMESS Вхід [лише для запису]
gamout -- Вихід GAMESS [лише читання]
gau -- гауссовий 98/03 декартовий вхід [лише для запису]
gjc -- декартовий вхід за гауссом 98/03 [лише для запису]
gjf -- декартовий вхід за гауссом 98/03 [лише для запису]
gpr -- хімічний формат
gr96 -- Формат GROMOS96 [лише для запису]
hin -- формат HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [лише для запису]
inp -- GAMESS Вхід [лише для запису]
ins -- формат ShelX [лише для читання]
jin -- формат введення Jaguar [лише для запису]
jout -- формат виводу Jaguar [лише для читання]
mdl -- формат MDL MOL
mmd -- формат макромоделі
mmod -- формат макромоделі
mol -- формат MDL MOL
mol2 -- формат Sybyl Mol2
molreport -- Відкрити звіт про молекули Babel [лише для запису]
moo -- Формат виведення MOPAC [Лише читання]
mop -- Декартів формат MOPAC
mopcrt -- Декартів формат MOPAC
mopin -- MOPAC внутрішній
mopout -- Формат виведення MOPAC [лише для читання]
mpc -- Декартів формат MOPAC
mpd -- формат дескриптора Sybyl [лише для запису]
mpqc -- Формат виводу MPQC [Лише читання]
mpqcin -- MPQC спрощений формат введення [лише для запису]
nw -- Формат введення NWChem [лише для запису]
nwo -- Формат виведення NWChem [лише для читання]
pc -- формат PubChem [лише для читання]
pcm -- формат PCModel
pdb -- Формат банку даних білка
pov -- Формат введення POV-Ray [лише для запису]
pqs -- формат Parallel Quantum Solutions
prep -- Amber Prep формат [лише для читання]
qcin -- формат введення Q-Chem [лише для запису]
qcout -- Формат виведення Q-Chem [лише читання]
звіт -- Відкрити формат звіту Babel [лише для запису]
res -- формат ShelX [лише читання]
rxn -- формат MDL RXN
sd -- формат MDL MOL
sdf -- формат MDL MOL
smi -- формат УСМІШКИ
sy2 -- формат Sybyl Mol2
tdd -- Термо формат
test -- Формат тесту [лише для запису]
therm -- Термоформат
tmol -- Формат координат TurboMole
txyz -- формат Tinker MM2 [лише для запису]
unixyz -- формат UniChem XYZ
vmol -- формат ViewMol
xed -- формат XED [лише для запису]
xml -- загальний формат XML [лише для читання]
xyz -- формат декартових координат XYZ
yob -- YASARA.org Формат YOB
zin -- формат введення ZINDO [лише для запису]

ФОРМАТ ВАРІАНТИ

Окремі формати файлів можуть мати додаткові параметри форматування.

Параметри формату введення передують 'a', наприклад -as

Параметри формату виведення передують 'x', наприклад -xn

Для отримання додаткової інформації та параметрів використовуйте -H
наприклад, -Hcml

ПРИКЛАДИ

Стандартне перетворення:
babel -ixyz етанол.xyz -opdb етанол.pdb
Перетворення з файлу SMI у STDIN у файл Mol2, записаний у STDOUT:
бабель -ісмі -омол2
Розділіть багатомолекулярний файл на new1.smi, new2.smi тощо:
babel infile.mol new.smi -m

Використовуйте babel онлайн за допомогою служб onworks.net