Це команда bio-rainbow, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
rainbow - сторінка посібника для rainbow 2.0.4 --[захищено електронною поштою], [захищено електронною поштою]>
СИНТАКСИС
веселка [опції]
ОПИС
веселка 2.0.4 -- <[захищено електронною поштою], [захищено електронною поштою]>
кластер
Формат вхідного файлу: парний файл(и) fasta/fastq Формат вихідного файлу:
\t \t \t
-1 Вхідний файл fasta/fastq, підтримує кілька '-1'
-2 Вхідний файл fasta/fastq, підтримує кілька '-2' [null]
-l
Довжина читання, за замовчуванням: змінна 0
-m
Максимальна невідповідність [4]
-e
Точно відповідний поріг [2000]
-L Низький рівень поліморфізму
DIV
Формат вхідного файлу: \t \t \t Вихід
Формат файлу:
\t \t \t [\t ]
-i Вхідний файл [stdin]
-o Вихідний файл [stdout]
-k
K_allele, мінімальні варіанти для створення нової групи [2]
-K
K_allele, розділіть незалежно від частоти, коли кількість варіантів перевищує це значення
[50]
-f
Частота, мінімальна варіантна частота для створення нової групи [0.2]
злиття
Формат вхідного файлу:
\t \t \t [\t ]
-i Вхідний вихідний файл basm [stdin]
-a вихідна збірка
-o Вихідний файл для об'єднаних контигів, один рядок на кластер [stdout]
-N
Максимальна кількість розділених кластерів для об’єднання [300]
-l
Мінімальне перекриття під час збірки двох читань (дійсно лише при відкритому '-a') [5]
-f
Мінімальна частка подібності під час складання (дійсна лише при відкритому '-a')
[0.90]
-r
Мінімальна кількість читань для збирання (дійсно лише при відкритому '-a') [5]
-R
Максимальна кількість читань для збирання (дійсно лише при відкритому '-a') [300]
Використання: веселка [параметри]
кластер
Формат вхідного файлу: парний файл(и) fasta/fastq Формат вихідного файлу:
\t \t \t
-1 Вхідний файл fasta/fastq, підтримує кілька '-1'
-2 Вхідний файл fasta/fastq, підтримує кілька '-2' [null]
-l
Довжина читання, за замовчуванням: змінна 0
-m
Максимальна невідповідність [4]
-e
Точно відповідний поріг [2000]
-L Низький рівень поліморфізму
DIV
Формат вхідного файлу: \t \t \t Вихід
Формат файлу:
\t \t \t [\t ]
-i Вхідний файл [stdin]
-o Вихідний файл [stdout]
-k
K_allele, мінімальні варіанти для створення нової групи [2]
-K
K_allele, розділіть незалежно від частоти, коли кількість варіантів перевищує це значення
[50]
-f
Частота, мінімальна варіантна частота для створення нової групи [0.2]
злиття
Формат вхідного файлу:
\t \t \t [\t ]
-i Вхідний вихідний файл basm [stdin]
-a вихідна збірка
-o Вихідний файл для об'єднаних контигів, один рядок на кластер [stdout]
-N
Максимальна кількість розділених кластерів для об’єднання [300]
-l
Мінімальне перекриття під час збірки двох читань (дійсно лише при відкритому '-a') [5]
-f
Мінімальна частка подібності під час складання (дійсна лише при відкритому '-a')
[0.90]
-r
Мінімальна кількість читань для збирання (дійсно лише при відкритому '-a') [5]
-R
Максимальна кількість читань для збирання (дійсно лише при відкритому '-a') [300]
Використовуйте bio-rainbow онлайн за допомогою сервісів onworks.net
