Це команда bowtie-build, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bowtie-build - створення індексу колірного простору для краватки-метелика
СИНТАКСИС
краватка-метелик [опції]*
ОПИС
посилання_в
розділений комами список файлів із послідовностями посилань
ebwt_outfile_base
записувати дані Ebwt у файли з цим каталогом/базовою назвою
ВАРІАНТИ
-f довідкові файли – Fasta (за замовчуванням)
-c опорні послідовності, наведені в рядку cmd (як )
--великоіндексний
змусити створений індекс бути «великим», навіть якщо ref має менше 4 мільярдів
нуклеотиди
-C/--колір
побудувати індекс колірного простору
-a/--noauto
відключити автоматичне -p/--bmax/--dcv для встановлення пам'яті
-p/--упакований
використовувати упаковані рядки всередині; повільніше, використовує менше пам’яті
--bmax
max bucket sz для побудови блокових суфіксних масивів
--bmaxdivn
max bucket sz як дільник ref len (за замовчуванням: 4)
--dcv
період покриття diff для блоків (за замовчуванням: 1024)
--nodc вимкнути покриття diff-cover (алгоритм стає квадратичним)
-r/--noref
не створюйте частину .3/.4.ebwt (упакований довідник).
-3/--justref
просто створіть частину .3/.4.ebwt (упакований довідник).
-o/--offrate
SA відбирається кожні 2^offRate BWT символів (за замовчуванням: 5)
-t/--ftabchars
Кількість символів, використаних під час початкового пошуку (за замовчуванням: 10)
--ntoa конвертувати Ns щодо As
--насіння
насіння для генератора випадкових чисел
-q/--спокійно
докладний вихід (для налагодження)
-h/--допомога
роздрукувати детальний опис інструменту та його опцій
--використання
роздрукувати це повідомлення про використання
-- версія
роздрукувати інформацію про версію та вийти
64-розрядна версія, створена на основі lgw01-11, чт, 26 листопада, 11:11:03 UTC, 2015 р. Компілятор: версія gcc 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Параметри: -О3 -Вл,--hash-style=обидва -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -О2
-fstack-protector-strong - W формат - Помилка=формат-безпека -g -О2 -fstack-protector-strong
- W формат - Помилка=формат-безпека -Вл,-Bсимволічні-функції -Вл,-z,relro Розмір {int, довгий,
long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Використовуйте збірку метелика онлайн за допомогою служб onworks.net
