Це команда bowtie2-align-l, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bowtie2-align-l - надшвидкий і ефективний в пам'яті серверний інструмент для вирівнювання послідовності
зчитує довгі опорні послідовності
ОПИС
Краватка-метелик 2 версія 2.2.6 від Бена Ленгміда ([захищено електронною поштою], www.cs.jhu.edu/~langmea)
ВИКОРИСТАННЯ
bowtie2-align [параметри]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]
Індексний префікс назви файлу (мінус .X.bt2l). ПРИМІТКА: краватка-метелик 1 і метелик 2
індекси несумісні.
Файли з партнерами № 1 у парі з файлами в .
Файли з партнерами № 2 у парі з файлами в .
Файли з непарними читаннями.
Файл для виведення SAM (за замовчуванням: stdout)
, , можуть бути розділені комами списки (без пробілів) і можуть бути вказані
багато разів. Наприклад, '-U файл1.fq,file2.fq -U file3.fq'.
ВАРІАНТИ (за замовчуванням in круглі дужки)
Вхідний сигнал:
-q вхідні файли запиту: FASTQ .fq/.fastq (за замовчуванням)
--qseq вхідні файли запиту мають формат Illumina qseq
-f Вхідні файли запиту є (багато)FASTA .fa/.mfa
-r вхідні файли запиту є необробленими по одній послідовності на рядок
-c , , це самі послідовності, а не файли
-s/--пропустити
пропустити першу читання/пари на вході (немає)
-u/--аж до
зупинитися після першого читання/пари (без обмежень)
-5/--обрізати5
обрізати основи від 5'/лівий кінець читання (0)
-3/--обрізати3
обрізати основи від 3'/правий кінець читання (0)
--phred33
якості Phred+33 (за замовчуванням)
--phred64
якості Phred+64
--int-quals
якості, закодовані як цілі числа, розділені пробілом
Пресети:
Такий же, як:
для --кінець в кінець:
--дуже швидко -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--швидко -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--чутливі -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (за замовчуванням)
-- дуже чутливий -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
для --місцевий:
--дуже швидко-локально -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00
--швидко-місцевий -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75
--чутливо-локальний -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (за замовчуванням)
--дуже чутливий-локальний -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
Вирівнювання:
-N
max # невідповідності у вирівнюванні насіння; може бути 0 або 1 (0)
-L
довжина насіннєвих підрядків; має бути >3, <32 (22)
-i
інтервал між початковими підрядками із зчитуванням len (S,1,1.15)
--n-стеля
функція для максимальної кількості не-A/C/G/Ts, дозволених в aln (L,0,0.15)
--dpad
включати додаткові довідкові символи з боків столу DP (15)
--gbar
заборонити прогалини всередині nucs of read extremes (4)
--ігнорувати-якості
розглядати всі значення якості як 30 за шкалою Phred (вимкнено)
--nofw не вирівнювати пряму (оригінальну) версію прочитаного (вимкнено)
--norc не вирівнювати версію читання зі зворотним доповненням (вимкнено)
--ні-1 мм-наперед
не допускайте 1 невідповідності вирівнювань, перш ніж спробувати відсканувати для оптимального посіву
вирівнювання
--кінець в кінець
все прочитане має вирівняти; без обрізання (увімкнено)
OR
--місцевий
локальне вирівнювання; кінці можуть бути м'яко підстрижені (вимкнені)
Підрахунок очок:
--ма
бонус матчу (0 фор --кінець в кінець, 2 для --місцевий)
--mp
максимальний штраф за невідповідність; нижча якість = нижчий штраф (6)
--np
штраф за не A/C/G/Ts в read/ref (1)
--rdg ,
прочитати пробіл відкритий, розширити штрафи (5,3)
--rfg ,
референтний розрив відкритий, продовжити штрафи (5,3)
--оцінка-хв мінімальна прийнятна оцінка вирівнювання з довжиною зчитування
(G,20,8 для локального, L,-0.6,-0.6 для наскрізного)
звітність:
(За замовчуванням)
шукайте кілька вирівнювань, найкраще звітуйте за допомогою MAPQ
OR
-k
звітувати до alns за читання; MAPQ не має значення
OR
-a/--все
звітувати про всі вирівнювання; дуже повільно, MAPQ не має значення
Зусилля:
-D
відмовитися від продовження після невдало розширюється поспіль (15)
-R
для читання з повторюваними насінням, спробуйте набори насіння (2)
Парний кінець:
-I/--мінини
мінімальна довжина фрагмента (0)
-X/--maxins
максимальна довжина фрагмента (500)
--фр/--rf/--ff -1, -2 товариші вирівнюють fw/rev, rev/fw, fw/fw (--фр)
--не змішаний
придушити непарне вирівнювання для парних читань
--не-дискордантні
придушити незгодні вирівнювання для парних читань
--не ластівчин хвіст
не співзвучні, коли партнери простягаються один повз одного
--не містить
не узгоджується, коли одне вирівнювання партнера містить інше
--без перекриття
не співзвучні, коли пари взагалі перекриваються
вихід:
-t/--час
роздрукувати час на настінному годиннику, затрачений на фази пошуку
--спокійно
не друкувати нічого в stderr, крім серйозних помилок
--met-файл
надіслати показники у файл на адресу (вимкнено)
--met-stderr
надсилати показники в stderr (вимкнено)
-- зустрівся
звітувати про внутрішні лічильники та показники кожного секунд (1)
--не-унал
придушити записи SAM для невирівняних читань
--без голови
придушити рядки заголовка, тобто рядки, які починаються з @
--без кв
придушити рядки заголовка @SQ
--rg-id
встановити ідентифікатор групи читання, відображений у рядку @RG та полі RG:Z: opt
--rg
додати ("lab:value") у рядок @RG заголовка SAM. Примітка: рядок @RG лише надруковано
коли --rg-id встановлено.
--omit-sec-seq
помістіть '*' в поля SEQ і QUAL для вторинного вирівнювання.
Продуктивність:
-p/--нитки кількість потоків вирівнювання для запуску (1)
--змінити порядок
змусити порядок виводу SAM відповідати порядку вхідного читання
--мм використовувати введення-виведення з відображенням пам'яті для індексу; багато краваток-метеликів можуть поділитися
Інший:
--qc-фільтр
відфільтрувати зчитування, які є поганими згідно з фільтром QSEQ
--насіння
насіння для генератора випадкових чисел (0)
--недетерміновані насіннєвий ранд. ген. довільно замість використання атрибутів read
-- версія
роздрукувати інформацію про версію та вийти
-h/--допомога
роздрукувати це повідомлення про використання
Використовуйте bowtie2-align-l онлайн за допомогою служб onworks.net