Це команда bowtie2-build, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bowtie2-build - обгортка для bowtie2-build-*
СИНТАКСИС
bowtie2-build [опції]*
ОПИС
Краватка-метелик 2 версія 2.2.6 від Бена Ленгміда ([захищено електронною поштою], www.cs.jhu.edu/~langmea)
посилання_в
розділений комами список файлів із послідовностями посилань
bt2_index_base
записати дані bt2 у файли з цим каталогом/базовою назвою
*** Індекси Bowtie 2 працюють лише з v2 (не v1). Аналогічно для індексів v1. ***
ВАРІАНТИ
-f довідкові файли – Fasta (за замовчуванням)
-c опорні послідовності, наведені в рядку cmd (як )
--великоіндексний
змусити створений індекс бути «великим», навіть якщо ref має менше 4 мільярдів
нуклеотиди
-a/--noauto
відключити автоматичне -p/--bmax/--dcv для встановлення пам'яті
-p/--упакований
використовувати упаковані рядки всередині; повільніше, менше пам’яті
--bmax
max bucket sz для побудови блокових суфіксних масивів
--bmaxdivn
max bucket sz як дільник ref len (за замовчуванням: 4)
--dcv
період покриття diff для блоків (за замовчуванням: 1024)
--nodc вимкнути покриття diff-cover (алгоритм стає квадратичним)
-r/--noref
не створюйте індексні файли .3/.4
-3/--justref
просто створіть індексні файли .3/.4
-o/--offrate
SA відбирається кожні 2^ Символи BWT (за замовчуванням: 5)
-t/--ftabchars
Кількість символів, використаних під час початкового пошуку (за замовчуванням: 10)
--насіння
насіння для генератора випадкових чисел
-q/--спокійно
докладний вихід (для налагодження)
-h/--допомога
роздрукувати детальний опис інструменту та його опцій
--використання
роздрукувати це повідомлення про використання
-- версія
роздрукувати інформацію про версію та вийти
Використовуйте bowtie2-build онлайн за допомогою служб onworks.net
