circos - Онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

круглий це добре

circos - генерувати циркулярно композиційну інформаційну графіку

СИНТАКСИС

# вгадай розташування файлу конфігурації
цирки

# використовувати певний конфігураційний файл
circos -conf circos.conf [-тихий]

# діагностувати необхідні модулі
circos -модулі

# сторінка керівництва
цирк -людина

# детальне налагодження компонентів коду
# побачити http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# повне налагодження
circos -debug_group _all

# дамп конфігурації блоку (або дерева блоків).
# будь-які параметри, які відповідають REGEXP (необов'язково)
circos -cdump [БЛОК1/[БЛОК2/...]]{:REGEXP}

# переважають параметри конфігурації
circos -param image/radius=2000p -param ідеограма/show=no

# для розваги - випадковим чином налаштуйте всі кольори на зображенні, крім
# COLOR1 і COLOR2
circos -випадковий колір КОЛІР1,[КОЛІР2,...]

ОПИС

Circos призначений для візуалізації даних у круговому макеті, що ідеально підходить для вивчення відносин
між об'єктами або позиціями. Існують і інші причини кругового макета
вигідно, не в останню чергу тим, що він привабливий.

Цирк - це не рішення. Це інструмент для вирішення проблем візуалізації. За даність
проблема, ви не гарантуєте, що це доречно.

Ви маєте чіткий контроль над тим, як відображатиметься кожен елемент даних, що допомагає узгоджувати
значення до доречності.

КОНФІГУРАЦІЯ

Налаштування призначені для передачі за допомогою конфігураційного файлу простого тексту. Цей файл може бути
створений вручну або іншим сценарієм, що дозволяє повністю автоматизувати Circos.

Повну документацію див

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

синтаксис
Конфігурація є звичайним текстом і складається з ієрархічних блоків. Деякі блоки, наприклад
" є обов'язковими, а інші, як " є необов'язковими.

Щоб розпочати, зверніться до короткого посібника.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Типовий файл конфігурації може виглядати так

# Розмір і формат зображення

...


# положення і розмір ідеограм

...


# положення, тип і формат доріжок даних


...

...


# кольори, шрифти та шаблони заливки
< >

# параметри системи
< >

Модульність
"< > імпортує один файл конфігурації в інший. Це
facility допомагає підтримувати модульність файлів конфігурації.

Визначення параметрів, які не часто змінюються, наприклад визначення кольору та шрифту,
зазвичай імпортуються з файлів, знайдених у тощо/ в розподілі.

У підручниках ви побачите, що " і " блоки імпортуються в
основний конфігураційний файл. Тому що ці блоки можуть отримати досить великі, основні
конфігураційний файл є більш розбірливим, якщо вони віднесені до окремих файлів.

Переважаючий з *
Щоб замінити параметр, який було включено з файлу, використовуйте суфікс «*». Суфікс
є обов’язковим, оскільки кілька визначень параметра не допускаються, за винятком випадків
де параметр може мати більше одного значення.


# включений файл визначає "радіус"
< >
# це замінить значення радіусу
радіус* = 2500p


Суфікс «*» можна повторити, щоб визначити, яке значення має пріоритет у блоці.

радіус = 1500p
радіус* = 2500p
radius** = 3000p # буде використано цей екземпляр радіуса

Переважаючий з Command Лінія
Будь-який параметр конфігурації в унікальному імені блоку можна вказати в командному рядку
використання

-параметр PATH/PARAM=значення

Наприклад,


показувати = ні
...


-параметр ідеограма/шоу=ні

та



за замовчуванням = 0.01р

...


-параметр ідеограма/пробіл/за замовчуванням=0.01р

Коли conf() використовується у файлі конфігурації для отримання значення параметра (будь-який
параметра, а не тільки тих, які встановлені параметром -param), ви отримуєте гнучку систему для зміни параметра
налаштування в командному рядку.

вид = людина
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

-парам вид=щур

Можна перевизначити декілька параметрів, кожен із власним прапором "-param".

-param show_ticks=ні -param image/radius=2000p

Злиття блоки
Декілька екземплярів наступних блоків автоматично об'єднуються: " ,
" , " , " , " , " , " і " .

Мета цього – дозволити вам додати до канонічних визначень.

# цей файл визначає за замовчуванням , і
< >

# додати до блоку кольорів

мій колір = 150,25,25

ВАРІАНТИ

конфігурація
-файл конфігурації
Ім'я конфігураційного файлу. Це потрібно.

Circos спробує вгадати розташування цього файлу, шукаючи «circos.conf».
«.», «..» і «../ ..".

Вихід сформований
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Перемикає вихід файлів PNG і SVG.

зображення Елементи
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Перевизначити відображення галочків та їх міток. Вони обидва зазвичай визначаються в
блокувати.

Вихід Шляхи
-вихідний каталог DIR, -dir DIR
-вихідний файл ФАЙЛ, -файл ФАЙЛ
Змініть вихідний каталог та назву файлу. ФАЙЛ може містити шлях.

Налагодження
-відлагоджувати
Увімкніть вихід основного налагодження. Повідомляє інформацію від

зображення, io, шар, підсумок, таймер

групи налагодження (див. нижче).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
Увімкніть вихід налагодження для певних груп. Список груп див

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Щоб додати групу до вихідного префікса, додайте до неї +. Щоб видалити його, за допомогою -.

# використовувати групи налагодження за замовчуванням, але виключати шар і io
-debug -debug_group -layer,-io

# використовувати групи налагодження за замовчуванням і додати пробіли
-debug -debug_group +пробіл

# явно вкажіть групи
-debug_group png,io,timer

Щоб перерахувати групи, які підтримуються, використовуйте прапор без аргументу

-debug_group

-час
Повідомити інформацію про час. Те саме, що -debug_group +timer

- мовчазний
Не створювати звіти.

-параноїдний, -нопараноїдний
Запустити в параноїдному режимі (за замовчуванням) чи ні. За замовчуванням для цього параметра визначено
«параноїд» у etc/housekeeping.conf.

-попередження, -попередження
Відображати попередження чи ні (за замовчуванням). За замовчуванням для цього параметра визначено
'попередження' в etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =елемент -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
Підробити помилку, відобразивши повідомлення про помилку для категорії CAT та ідентифікатор імені помилки. Якщо
одна або жодна з них не вказано, перелічує наявні помилки.

Якщо вам справді не подобається бачити повідомлення про помилки, у вас не повинно бути причин
хочу скористатися цим.

Використання
-версія
Покажіть версію.

-допомога
Показати короткий синопсис використання.

-людина
Показати сторінку керівництва.

дурниця Близько
-randomcolor [колір1,колір2,...]
Вибір кольору кожного елемента зображення, за винятком необов’язкового списку
кольори.

Наприклад, щоб фон залишився білим і все чорне,

- випадковий колір білий, чорний

Використовуйте цирк онлайн за допомогою служб onworks.net