clustalw - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

clustalw - множинне вирівнювання послідовностей нуклеїнових кислот і білків

СИНТАКСИС

clustalw [-файл] file.ext [ВАРІАНТИ]

clustalw [-допомога | - повна допомога]

ОПИС

Clustal W — це універсальна програма багаторазового вирівнювання для ДНК або білків.

Програма виконує одночасне вирівнювання багатьох нуклеотидних або амінокислотних послідовностей. Це
зазвичай виконується в інтерактивному режимі, надаючи меню та онлайн-довідку. Якщо ви віддаєте перевагу використовувати
у режимі командного рядка (пакетного режиму), вам доведеться задати кілька параметрів, мінімальний
-файл.

ВАРІАНТИ

ДАНІ (послідовності)
-infile=file.ext
Вхідні послідовності.

-профіль1=file.ext та -профіль2=file.ext
Профілі (старе вирівнювання)

ДІЄСЛОВА (робити речі)
-вибори
Перелік параметрів командного рядка.

-допомога or - перевірити
Опишіть параметри командного рядка.

- повна допомога
Вивести повний вміст довідки.

-вирівняти
Виконайте повне багаторазове вирівнювання.

- дерево
Обчисліть дерево Нью-Джерсі.

-пім
Вивести ідентичну матрицю відсотків (під час обчислення дерева).

- bootstrap=n
Завантажте дерево Нью-Джерсі (n= кількість бутстрапов; деф. = 1000).

- конвертувати
Виведіть вхідні послідовності в іншому форматі файлу.

ПАРАМЕТРИ (встановити речі)
Загальне налаштування:
- інтерактивна
Прочитайте командний рядок, а потім увійдіть у звичайні інтерактивні меню.

- швидке дерево
Використовуйте алгоритм FAST для дерева напрямних вирівнювання.

-тип=
ПРОТЕЇН or ДНК послідовності.

-негативний
Вирівнювання білка з негативними значеннями в матриці.

-outfile=
Ім'я файлу вирівнювання послідовності.

-вихід=
GCG, GDE, ФІЛІП, PIR or NEXUS.

-outputorder=
ВХІД or ВИРІВНЕНО

-випадок
НИЖНІЙ or ВЕРХНІЙ (лише для виводу GDE).

-seqnos=
OFF or ON (лише для виведення Clustal).

-seqnos_діапазон=
OFF or ON (НОВЕ: для всіх вихідних форматів).

-діапазон=m,n
Діапазон послідовності для початку запису m до m+n.

-maxseqlen=n
Максимально дозволена довжина вхідної послідовності.

-спокійно
Зменште вихід консолі до мінімуму.

-статистика=файл
Зареєструйте деякі статистичні дані про вирівнювання файл.

Fast Попарно Вирівнювання:
-ktuple=n
Розмір слова.

-topdiags=n
Кількість найкращих діаграм.

-вікно=n
Вікно навколо найкращих діаграм.

-pairgap=n
Штраф за розрив.

- оцінка
ПРОЦЕНТ or АБСОЛЮТНО.

Сповільнювати Попарно Вирівнювання:
-pwmatrix=
:Матриця білкової маси=BLOSUM, PAM, ГОНЕТ, ID or ім'я файлу

-pwdnamatrix=
Матриця ваги ДНК=BLOSUMIUB, BLOSUMCLUSTALW або BLOSUMім'я файлу.

-pwgapopen=f
Штраф за відкриття розриву.

-pwgapext=f
Штраф за розширення пропуску.

множинний Вирівнювання:
-нове дерево=
Файл для нового дерева напрямків.

-usetree=
Файл для старого направляючого дерева.

-матриця=
Матрица маси білка=BLOSUM, PAM, ГОНЕТ, ID or ім'я файлу.

-dnamatrix=
Матриця ваги ДНК=IUB, CLUSTALW or ім'я файлу.

-gapopen=f
Штраф за відкриття розриву.

-gapext=f
Штраф за розширення пропуску.

-захоплює
Без роздільної ручки зазору.

-gapdist=n
Роздільна ручка. діапазон.

-ногап
Специфічні для залишків розриви виключені.

-nohgap
Гідрофільні зазори знищені.

-hgapresidues=
Перелік гідрофільних рез.

-maxdiv=n
Відсоток ідентичності для затримки.

-тип=
ПРОТЕЇН or ДНК

-трансвага=f
Зважування переходів.

-ітерація=
NONE or ДЕРЕВО or ЗАЛИШКА.

-число=n
Максимальна кількість ітерацій для виконання.

профіль Вирівнювання:
-профіль
Об’єднайте два вирівнювання за вирівнюванням профілю.

-нове дерево1=
Файл для нового дерева напрямків для профілю1.

-нове дерево2=
Файл для нового дерева напрямків для профілю2.

-usetree1=
Файл для старого направляючого дерева для профілю1.

-usetree2=
Файл для старого направляючого дерева для профілю2.

Послідовність до профіль Вирівнювання:
-послідовності
Послідовно додайте послідовності profile2 до вирівнювання profile1.

-нове дерево=
Файл для нового дерева напрямків.

-usetree=
Файл для старого направляючого дерева.

структура Вирівнювання:
-nosecstr1
Не використовуйте маску штрафу вторинної структури-розриву для профілю 1.

-nosecstr2
Не використовуйте маску штрафу вторинної структури-розриву для профілю 2.

-secstrout=СТРУКТУРА or MASK or ОБИДВА or NONE
Вивести у файл вирівнювання.

-helixgap=n
Штраф за розрив для залишків серцевини спіралі.

-strandgap=n
Штраф за розрив для залишків серцевини.

loopgap=n
Штраф за розриви для областей циклу.

-terminalgap=n
Штраф за розриви для кінцевих конструкцій.

-Helixendin=n
Кількість залишків всередині спіралі, які розглядаються як кінцеві.

-helixendout=n
Кількість залишків за межами спіралі, які розглядаються як термінальні.

-strandendin=n
Кількість залишків всередині ланцюга, які розглядаються як термінальні.

-strandout=n
Кількість залишків за межами ланцюга, які розглядаються як термінальні.

Дерева:
-вихідне дерево=nj OR філіп OR dist OR зв'язок

-насіння=n
Початковий номер для бутстрапов.

-кімура
Використовуйте поправку Кімури.

- розриви
Ігноруйте позиції з пробілами.

-завантажувальні етикетки=вузол
Позиція значень завантаження в дереві.

-кластеризація=
Нью-Джерсі або UPGMA.

Використовуйте clustalw онлайн за допомогою служб onworks.net