cmtk-convertx - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

convertx - Перетворення між форматами файлів зображень і типами даних.

СИНТАКСИС

convertx [параметри] вихідний файл вбудованого файлу

ОПИС

Цей інструмент перетворює формати файлів зображень у типи піксельних даних. Це також може застосовуватися
прості операції із зображенням загального призначення в процесі. Довільна кількість операцій
можна вказати в командному рядку, який буде застосований точно в зазначеному порядку.

ВАРІАНТИ

Глобальний Інструментарій Опції (ці він має загальні by всі CMTK інструменти)
--допомога
Запишіть список основних параметрів командного рядка до стандартного виводу.

--допомога-всім
Запишіть повний список основних і розширених параметрів командного рядка до стандартного виводу.

--вікі
Запишіть список параметрів командного рядка до стандартного виводу в розмітці MediaWiki.

-- чоловік
Запишіть джерело сторінки керівництва в розмітці 'nroff' до стандартного виводу.

-- версія
Записати версію набору інструментів у стандартний вихід.

--луна
Запишіть поточний командний рядок у стандартний вихід.

--розширений рівень
Встановити рівень детальності.

-багатослівний, -v
Збільшити рівень детальності на 1 (не рекомендовано; підтримується для зворотної сумісності).

--нитки
Встановити максимальну кількість паралельних потоків (для потоків POSIX і OpenMP).

Зображення/Трансформація Database
--db
Шлях до бази даних зображень/трансформацій, яку слід оновити за допомогою щойно створеної
зображення. [За замовчуванням: НЕМАЄ]

вхід зображення Controls
--set-padding
Встановити значення заповнення: усі пікселі у вхідному зображенні, які мають це значення, будуть ігноровані
у всіх наступних операціях.

--unset-padding
Скасувати значення заповнення: для всіх наступних операцій будуть оброблені всі пікселі
відповідно до їх вартості.

-- етикетки
Вкажіть, що значення зображень повинні розглядатися як дискретні мітки. Це буде результатом
у відповідному коді наміру, який потрібно встановити у вихідних файлах у форматі NIfTI.

--сірий
Вкажіть, що значення зображення повинні розглядатися як безперервні рівні сірого. Це буде
скинути код наміру у файлах, прочитаних із формату NIfTI.

дані тип Перетворення
--char
8 біт, ціле число зі знаком

--байт
8 біт, ціле число без знака

--короткі
16 біт, ціле число зі знаком

--коротко
16 біт, ціле число без знака

--інт
32 біта ціле число зі знаком

--uint
32 біта ціле число без знака

-- плавати
32 біта з плаваючою комою

--подвійний
64 біта з плаваючою комою

значення Відображення
--map-values
Застосувати функцію відображення до значень пікселів. Відображення визначається як
"VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]", щоб зіставити значення VAL0, VAL1 тощо з новим значенням NEWVAL. Якщо
NEWVAL не вказано, для значень встановлено заповнення.

--лише значення карти
Застосуйте функцію зіставлення до значень пікселів і замініть невідставлені пікселі на відступ.
Кілька таких правил відображення можна об'єднати як RULE0+RULE1[+...]; всі
конкатеновані правила будуть застосовуватися одночасно. Відображення визначається як
"VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]", щоб зіставити значення VAL0, VAL1 тощо з новим значенням NEWVAL. Якщо
NEWVAL не вказано, для значень встановлено заповнення. Таких правил відображення може бути декілька
об’єднано як RULE0+RULE1[+...]; будуть застосовані всі об’єднані правила
одночасно.

--replace-padding
Замініть доповнені піксельні дані заданим значенням.

--replace-inf-nan
Замінити всі нескінченні пікселі, які не є кількісними, заданими значеннями.

зображення Перегортання
--flip-x
Переверніть (дзеркало) у напрямку X

--перевернути
Переверніть (дзеркальне) у напрямку Y

--flip-z
Переверніть (дзеркальне) уздовж z-напрямку

зображення Маскування та Порогове значення
--маска
Ім’я файлу двійкової маски: видалити всі пікселі зображення, де маска дорівнює 0. Замасковані пікселі
НЕ буде встановлено на нуль, а замість цього буде замінено на поточний заповнення
значення. Використовуйте '--set-padding 0' перед '--mask', щоб примусово обнулити налаштування.

--маска-інверс
Ім’я файлу інверсної двійкової маски усуває всі пікселі зображення, де маска НЕ ​​0. Див
також примітки щодо заповнення під '--mask' вище.

--молот-нижче
Встановіть усі значення нижче порогового значення на порогове значення.

--молот над
Встановіть для всіх значень вище порогового значення порогове значення.

--thresh-below-to-padding
Встановіть для всіх значень нижче порогового значення значення заповнення.

--подрібнити-над-до-заповнення
Встановіть для всіх значень вище порогового значення значення заповнення.

--бінаризувати-молотити
Встановіть для всіх значень нижче порогового значення 0, для всіх значень, рівних або вище, до 1.

--оцу-молотити
Бінаризуйте зображення до 0/1, використовуючи порогове значення, обчислене за методом Отсу. Аргумент - число
блоків гістограм для обчислення порогу.

--otsu-thresh-nbins
Бінаризація з використанням методу Оцу з визначеною користувачем кількістю бінів гістограми для
пороговий розрахунок.

--гістограма чорносливу
Порогове зображення шляхом «обрізання гістограми інтенсивності», тобто для заданого аргументу n
[біни гістограм] визначають такі пороги, що 1/n-та частка найвищого і
найнижчі воксели є пороговими.

--чорнослив-гістограма-високий
Як і "--prune-gistograms", але видаляйте лише високі показники інтенсивності.

--чорнослив-гістограма-низький
Як '--prune-gistograms', але видаляйте лише низькі інтенсивності.

Інтенсивність Перетворення
-- від масштабу до діапазону
Масштабуйте інтенсивність зображення в діапазоні «від: до», наприклад, «0:255» перед перетворенням у байт
дані.

--гістограма-вирівнювання
Застосувати вирівнювання гістограми.

--гістограма-вирівнювання-nbins
Застосувати вирівнювання гістограми за допомогою кількість бункерів.

--матч-гістограми
Перетворіть інтенсивності, щоб відповідати розподілу на зображенні, наданому як аргумент
для цієї команди.

--match-mean-sdev
Шкала інтенсивності, щоб відповідати середньому та стандартному розподілу інтенсивностей у
image надано як аргумент для цієї команди.

Морфологічні операції
--повернути
Поверніть бінарну маску, тобто поміняйте передній план і фон.

--розмивати
Оператор морфологічної ерозії (за пікселями)

--розширити
Оператор морфологічного розширення (за пікселями)

--розмивати-відстань
Оператор морфологічної ерозії (за відстанню). Часто краще для анізотропних даних.

--erode-distance-multilabel
Оператор морфологічної ерозії (за відстанню) для карт із кількома мітками. Результат буде
або байтові, короткі беззнакові або беззнакові int дані, залежно від індексу
найбільша використана етикетка у вводі.

--розширити-відстань
Оператор морфологічного розширення (за відстанню). Часто кращий для анізотропних
дані.

--з'єднані-компоненти
Створіть карту зв’язаних компонентів із регіонами, пронумерованими за зменшенням розміру компонента

--карта кордонів
Створити карту кордонів

--багатогранична карта
Створіть багатозначну карту кордонів

--карта відстані
Розрахувати беззнакову евклідову карту відстаней. Вхідне зображення інтерпретується як двійкова маска.

--signed-distance-map
Обчисліть евклідову карту відстаней зі знаком (всередині=від’ємне, зовні=позитивне).

фільтр операції
--медіана-фільтр
Медіанний фільтр. Ця операція приймає в якості параметра радіус фільтра в пікселях. А
єдине ціле число визначає радіус ядра у всіх трьох вимірах. три коми-
розділені цілі числа визначають окремі радіуси для трьох вимірів.

--середнє-фільтр
Регіональний середній фільтр. Ця операція приймає радіус фільтра в пікселях як
параметр. Одне ціле число визначає радіус ядра у всіх трьох вимірах. Три
Цілі числа, розділені комами, визначають окремі радіуси для трьох вимірів.

--швидкий-середній-фільтр
Регіональний середній фільтр (швидка, лінійна реалізація часу). Ця операція займає
Радіус фільтра в пікселях як параметр. Одне ціле число визначає радіус ядра
у всіх трьох вимірах. Три цілих числа, розділених комами, визначають окремі радіуси для
три виміри.

--фільтр дисперсії
Фільтр регіональних дисперсій. Ця операція приймає радіус фільтра в пікселях як
параметр. Одне ціле число визначає радіус ядра у всіх трьох вимірах. Три
Цілі числа, розділені комами, визначають окремі радіуси для трьох вимірів.

--fast-variance-filter
Швидкий (лінійний час) регіональний фільтр дисперсії. Ця операція приймає радіус фільтра
в пікселях як параметр. Одне ціле число визначає радіус ядра в усіх трьох
розміри. Три цілих числа, розділених комами, визначають окремі радіуси для трьох
розміри.

--фільтр третього моменту
Регіональний фільтр третього моменту. Ця операція приймає радіус фільтра в пікселях як
параметр. Одне ціле число визначає радіус ядра у всіх трьох вимірах. Три
Цілі числа, розділені комами, визначають окремі радіуси для трьох вимірів.

--фільтр стандартного відхилення
Фільтр регіональних стандартних відхилень. Ця операція приймає радіус фільтра в пікселях
як параметр. Одне ціле число визначає радіус ядра у всіх трьох вимірах.
Три цілих числа, розділених комами, визначають окремі радіуси для трьох вимірів.

--фільтр плавності
Регіональний фільтр «гладкості». Ця операція приймає радіус фільтра в пікселях як
параметр. Одне ціле число визначає радіус ядра у всіх трьох вимірах. Три
Цілі числа, розділені комами, визначають окремі радіуси для трьох вимірів.

--гаусів-фільтр-сигма
Фільтр зображення з ядром Гауса. Ця операція приймає одне дійсне значення
параметр, який визначає коефіцієнт ядра сигма у світових одиницях [наприклад, мм] як
параметр.

--gaussian-filter-fwhm
Фільтр зображення з ядром Гауса. Ця операція приймає одне дійсне значення
параметр, який визначає повну ширину ядра на половині максимуму у світових одиницях
[наприклад, мм].

--фільтр Лапласа
Фільтр зображення з ядром Лапласа, що покращує краї.

сітка операції
--зниження вибірки-вибір
Зменшити вибірку зображення за вибором пікселів за допомогою коефіцієнтів по осі 'Fx,Fy,Fz' або за допомогою одного
фактор 'Fxyz'

--середнє значення вибірки
Зменшити вибірку зображення шляхом усереднення з використанням коефіцієнтів по осі 'Fx,Fy,Fz' або використання одного
фактор 'Fxyz'

--знову вибірку
Перевибірка зображення до майже ізотропних пікселів із збереженням поля огляду зображення.
Приймає один аргумент, цільову роздільну здатність у світових одиницях [наприклад, мм]

--resample-exact
Перевибірка зображення до точно ізотропних пікселів із заданою роздільною здатністю, узгоджуючи
якомога ближче поле зору зображення. Приймає один аргумент, цільову роздільну здатність
у світових одиницях [наприклад, мм]

--урожай за індексом
Обрізати зображення до області, визначеної набором із шести координат індексу сітки, заданих як
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--порогове значення
Обрізати зображення до регіону, визначеного через заданий поріг. Отримане зображення буде
містять усі пікселі, більші за заданий параметр.

--обрізання-по-порогові-регіону запису
Обрізати зображення до області, визначеної через заданий поріг, і записати область обрізання в
стандартний вихід.

--crop-by-threshold-write-xform
Обрізати зображення до області, визначеної через заданий поріг, і запис обрізати
перетворення на стандартний вихід.

AUTHORS

Торстен Ролфінг за участю Майкла П. Хасака, Грега Джеффріса, Келвіна Р.
Маурер, Даніель Б. Руссаков, Ярослав Гальченко

Використовуйте cmtk-convertx онлайн за допомогою служб onworks.net