combineMUMs - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mummer - пакет для вирівнювання послідовностей кількох геномів

СИНТАКСИС

мумер-анотація
об'єднати МАМ
dnadiff [параметри]або [параметри]-d<дельтафайл>
точні тандеми
прогалини
перегляд карти [параметри]<coordsфайл>[УТРкоординати][CDSкоординати]
mggaps [-д][-f][-л][-с]
рябок [опції]
мумерський сюжет [параметри]<збігфайл>
nucmer [параметри]
nucmer2xфіг
промер [параметри]
повторний матч [параметри]
бігти-трубочок1 <швидкопосилання><швидкозапит>[-r]
бігти-трубочок3 <швидкопосилання><мультишвидкийзапит>
шоу-вирівнює [параметри]<посилID><qryID>

Вхід – це дельта-вихід програми "nucmer" або "promer", переданої на
command line.

Вихідні дані мають стандартний вихід і складаються з усіх вирівнювань між запитом і посиланням
послідовності, визначені в командному рядку.

ПРИМІТКА. За замовчуванням сортування не виконується, тому вирівнювання буде впорядковано, як знайдено в
в введення.
шоу-координатори [параметри]
шоу-SNPS [параметри]
шоу-плитка [параметри]

ОПИС

ВАРІАНТИ

Усі інструменти (крім пропусків) підкоряються параметрам -h, --help, -V та --version, як і раніше
очікувати. Ця довідка чудова і робить ці сторінки керівництва практично застарілими.
об'єднати МАМ Поєднує МАМ в шляхом подовження сірників поза межами та між MUM.
є файлом швидкого форматування еталонної послідовності. є багато-
fasta файлу послідовностей, які відповідають посиланням

-D Вивести лише для стандартного виведення різниці позицій
і персонажів
-n Дозволити збіги лише між нуклеотидами, тобто ACGT
-N кількість перерв збігів о або більше послідовних не-ACGT
Тег -q Використовується для позначення відповідності запиту
Тег -r Використовується для позначення відповідності посилання
-S Вивести всі відмінності в рядках
-t Запит мітки відповідає заголовку швидкого запиту
-v num Встановити докладний рівень для додаткового виведення
-W файл Скидання назви вихідного файлу за замовчуванням witherrors.gaps
-x Не виводити файли .cover
-e Встановити порогове значення e (наприклад, 0.02 - це два відсотки)
dnadiff Виконайте порівняльний аналіз двох наборів послідовностей за допомогою nucmer та пов’язаного з ним
утиліти з рекомендованими параметрами. Дивіться документацію MUMmer для більш детальної інформації
опис виходу. Створює такі вихідні файли:

.report – підсумок вирівнювань, відмінностей та SNP
.delta - Стандартний вихідний код вирівнювання
.1delta - вирівнювання 1 до 1 від дельта-фільтра -1
.mdelta - вирівнювання M-to-M від delta-filter -m
.1coords - координати 1 до 1 від show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - координати M-to-M з show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP від ​​show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Класифіковані контрольні точки зупинки від show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Класифіковані точки зупину qry з show-diff -qH .mdelta
.unref – невирівняні ідентифікатори посилання та довжини (якщо є)
.unqry – неузгоджені ідентифікатори та довжини запитів (якщо є)

ОБОВ'ЯЗКОВО:
посилання Встановлення вхідного посилання мульти-FASTA ім'я файлу
query Встановити для вхідного запиту мульти-FASTA ім'я файлу
or
delta file Нефільтрований файл вирівнювання .delta з nucmer

ВАРІАНТИ:
-d|delta Надати попередньо обчислений файл дельта для аналізу
-h
--help Відобразити довідкову інформацію та вийти
-p|prefix Встановити префікс вихідних файлів (за замовчуванням "out")
-V
--version Відобразити інформацію про версію та вийти

перегляд карти
-h
--help Відобразити довідкову інформацію та вийти
-m|mag Встановити збільшення, при якому відображатиметься фігура,
це параметр для fig2dev, який використовується для генерації
файли PDF і PS (за замовчуванням 1.0)
-n|num Встановити кількість вихідних файлів, які використовуються для розділення
вихід, це робиться, щоб уникнути створення файлів, які теж є
великий для відображення (за замовчуванням 10)
-p|prefix Встановити префікс вихідного файлу
(за замовчуванням "PROMER_graph або NUCMER_graph")
-v
--verbose Докладне ведення журналу оброблених файлів
-V
--version Відобразити інформацію про версію та вийти
-x1 coord Встановити нижню межу координат дисплея
-x2 coord Встановити верхню межу координат дисплея
-g|ref Якщо вхідний файл надається 'mgaps', встановіть
ідентифікатор опорної послідовності (як він вказано в першому стовпці
файлу координат UTR/CDS)
-I Відобразити назви послідовностей запитів
-Ir Відобразити назву референтних генів
рябок Знайдіть і виведіть (до стандартного виведення) позиції та довжину всіх достатньо довгих
максимальні збіги підрядка в і

-mum обчислює максимальні збіги, які є унікальними в обох послідовностях
-mum може те саме, що і -mumreference
-mumreference обчислює максимальні збіги, які є унікальними в
посилання-послідовність, але не обов'язково в послідовності запиту
(За замовчуванням)
-maxmatch обчислює всі максимальні збіги незалежно від їх унікальності
-n відповідає лише символам a, c, g або t
вони можуть бути у верхньому або нижньому регістрі
-l встановити мінімальну довжину збігу
якщо не встановлено, значення за замовчуванням дорівнює 20
-b обчислити прямі та зворотні збіги доповнення
-r обчислює лише збіги зворотного доповнення
-s показують відповідні підрядки
-c повідомляє про позицію запиту зворотного збігу доповнення
відносно вихідної послідовності запитів
-F примусить формат виведення 4 стовпців незалежно від кількості
входи опорної послідовності
-L показує довжину послідовностей запитів у рядку заголовка
nuncmer
nucmer генерує вирівнювання нуклеотидів між двома вхідними сигналами mutli-FASTA
файлів. Створюються два вихідні файли. Перелік вихідного файлу .cluster
кластери збігів між кожною послідовністю. У файлі .delta наведено список
відстань між вставками та видаленнями, які забезпечують максимальну оцінку
вирівнювання між кожною послідовністю.

ОБОВ'ЯЗКОВО:
Посилання Встановіть вхідне посилання для файлу з мульти-FASTA
Запит Встановлення вхідного запиту мульти-FASTA ім'я файлу

--mum Використовуйте збіги прив'язки, які є унікальними в обох посиланнях
і запит
--mumcand Те саме, що й --mumreference
--mumreference Використовуйте збіги прив'язки, які є унікальними у посиланнях
але не обов'язково унікальний у запиті (поведінка за замовчуванням)
--maxmatch Використовуйте всі збіги прив'язки незалежно від їх унікальності

-b|breaklen Встановити відстань, на яку намагатиметься досягти розширення вирівнювання
розширити регіони з поганими балами, перш ніж відмовитися (за замовчуванням 200)
-c|mincluster Встановлює мінімальну довжину кластера збігів (за замовчуванням 65)
--[no]delta Перемикач створення дельта-файлу (за замовчуванням --delta)
--depend Надрукувати інформацію про залежності та вийти
-d|diagfactor Встановити коефіцієнт поділу різниці діагоналі кластеризації
(за замовчуванням 0.12)
--[no]extend Перемикає крок розширення кластера (за замовчуванням --extend)
-f
--forward Використовуйте лише прямий ланцюг послідовностей запиту
-g|maxgap Встановити максимальний проміжок між двома сусідніми збігами в a
кластер (за замовчуванням 90)
-h
--help Відобразити довідкову інформацію та вийти
-l|minmatch Встановити мінімальну довжину одного збігу (за замовчуванням 20)
-o
--coords Автоматично генерувати оригінальні координати NUCmer1.1
вихідний файл за допомогою програми show-coords
--[no]optimize Переключити оптимізацію оцінки вирівнювання, тобто якщо вирівнювання
розширення досягає кінця послідовності, воно повертається назад
щоб оптимізувати оцінку вирівнювання замість припинення
вирівнювання в кінці послідовності (за замовчуванням -- оптимізувати)
-p|prefix Встановити префікс вихідних файлів (за замовчуванням "out")
-r
--reverse Використовуйте лише зворотне доповнення послідовностей запитів
--[ні]спрощення Спростіть вирівнювання, видаливши затінені кластери. Поверніть
цей параметр вимкнено, якщо вирівнювати послідовність за собою
для повторів (за замовчуванням -- спрощення)

промер
промер генерує амінокислотне вирівнювання між двома вхідними множинними FASTA ДНК
файлів. Створюються два вихідні файли. Перелік вихідного файлу .cluster
кластери збігів між кожною послідовністю. У файлі .delta наведено список
відстань між вставками та видаленнями, які забезпечують максимальну оцінку
вирівнювання між кожною послідовністю. Вхід ДНК транслюється на всі 6
кадри зчитування, щоб генерувати вихідні дані, але вихідні координати
посилання на вихідний вхід ДНК.

ОБОВ'ЯЗКОВО:
Посилання Встановіть вхідний довідковий файл мульти-FASTA DNA
Запит Встановлення вхідного запиту мульти-FASTA DNA-файл

--mum Використовуйте збіги прив'язки, які є унікальними в обох посиланнях
і запит
--mumcand Те саме, що й --mumreference
--mumreference Використовуйте збіги прив'язки, які є унікальними у посиланнях
але не обов'язково унікальний у запиті (поведінка за замовчуванням)
--maxmatch Використовуйте всі збіги прив'язки незалежно від їх унікальності

-b|breaklen Встановити відстань, на яку намагатиметься досягти розширення вирівнювання
розширити регіони з поганими балами, перш ніж відмовитися, виміряно в
амінокислоти (за замовчуванням 60)
-c|mincluster Встановлює мінімальну довжину кластера збігів, виміряну в
амінокислоти (за замовчуванням 20)
--[no]delta Перемикач створення дельта-файлу (за замовчуванням --delta)
--depend Надрукувати інформацію про залежності та вийти
-d|diagfactor Встановити коефіцієнт поділу різниці діагоналі кластеризації
(за замовчуванням .11)
--[no]extend Перемикає крок розширення кластера (за замовчуванням --extend)
-g|maxgap Встановити максимальний проміжок між двома сусідніми збігами в a
кластер, вимірюється в амінокислотах (за замовчуванням 30)
-l|minmatch Встановити мінімальну довжину одного збігу, виміряну в аміно
кислоти (за замовчуванням 6)
-m|masklen Встановити максимальну довжину маскування форзаца, виміряну в аміно
кислоти (за замовчуванням 8)
-o
--coords Автоматично генерувати оригінальний PROmer1.1 ".coords"
вихідний файл за допомогою програми "show-coords".
--[no]optimize Переключити оптимізацію оцінки вирівнювання, тобто якщо вирівнювання
розширення досягає кінця послідовності, воно повертається назад
щоб оптимізувати оцінку вирівнювання замість припинення
вирівнювання в кінці послідовності (за замовчуванням -- оптимізувати)

-p|prefix Встановити префікс вихідних файлів (за замовчуванням "out")
-x|matrix Встановити номер матриці вирівнювання на 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] або 3 [BLOSUM 80] (за замовчуванням 2)
повторний матч Знайти всі максимальні точні збіги в
-E Використовуйте вичерпний (повільний) пошук, щоб знайти збіги
-f Лише пряме пасмо, не використовуйте зворотне доповнення
-n # Встановити мінімальну довжину точної відповідності на #
-t Повторюється лише вихідний тандем
-V # Встановити рівень докладного (налагодження) друку на #
шоу-вирівнює
-h Відобразити довідкову інформацію
-q Сортувати вирівнювання за початковою координатою запиту
-r Сортувати вирівнювання за опорною початковою координатою
-w int Встановити ширину екрана - за замовчуванням 60
-x int Встановити тип матриці - за замовчуванням 2 (BLOSUM 62),
інші варіанти включають 1 (BLOSUM 45) і 3 (BLOSUM 80)
примітка: впливає лише на вирівнювання амінокислот
шоу-координатори
-b Об'єднує вирівнювання, що перекриваються, незалежно від збігу
або фрейм і не відображає жодної ідентифікаційної інформації.
-B Переключити вихід на формат btab
-c Включити інформацію про відсоток покриття у вихідні дані
-d Відобразити напрямок вирівнювання в доп
Стовпці FRM (за замовчуванням для promer)
-g Застаріла опція. Натомість використовуйте "дельта-фільтр".
-h Відобразити довідкову інформацію
-H Не друкуйте вихідний заголовок
-I float Встановити мінімальний відсоток ідентичності для відображення
-k Вибивати (не відображати) вирівнювання, які перекриваються
інше вирівнювання в іншому кадрі більш ніж на 50%
їхньої довжини І мають менший відсоток подібності
або становлять менше 75% розміру іншого вирівнювання
(тільки promer)
-l Включити інформацію про довжину послідовності у вихідні дані
-L long Установіть мінімальну довжину вирівнювання для відображення
-o Коментувати максимальні вирівнювання між двома послідовностями, тобто
перекривання послідовностей посилань і запитів
-q Сортувати вихідні рядки за ідентифікаторами запиту та координатами
-r Сортувати вихідні рядки за ідентифікаторами посилання та координатами
-T Переключити вихід у формат із роздільниками табуляції

Вхід – це дельта-вихід програми "nucmer" або "promer", переданої на
command line.

Вихідні дані мають стандартний вихід і складаються зі списку координат, відсотка ідентичності та іншого
корисна інформація щодо даних вирівнювання, що містяться у файлі .delta, який використовується як
Вхід

ПРИМІТКА. За замовчуванням сортування не виконується, тому вирівнювання буде впорядковано, як знайдено
в введення.
шоу-SNPS
-C Не повідомляйте про SNP з вирівнювань з неоднозначним
відображення, тобто звітувати лише про SNP, де [R] і [Q]
стовпці дорівнюють 0 і не виводять ці стовпці
-h Відобразити довідкову інформацію
-H Не друкуйте вихідний заголовок
-Я не повідомляю про інделях
-l Включити інформацію про довжину послідовності у вихідні дані
-q Сортувати вихідні рядки за ідентифікаторами запиту та позиціями SNP
-r Сортувати вихідні рядки за ідентифікаторами посилання та позиціями SNP
-S Вкажіть, які вирівнювання повідомляти шляхом передачі
'show-coords' рядки до stdin
-T Перейти до формату з роздільниками табуляції
-x int Включає x символів навколишнього контексту SNP в
вихід, за замовчуванням 0

Вхідні дані є дельта-виводом програми nucmer або promer, переданої за командою
лінія.

Вихідні дані мають вихідний вихід і складаються зі списку SNP (або амінокислотних замін для
promer) з посадами та іншою корисною інформацією. Вихідні дані будуть відсортовані за допомогою -r за замовчуванням
і стовпець [BUFF] завжди посилатиметься на послідовність, позиції якої були відсортовані.
Це значення визначає відстань від цього SNP до найближчої невідповідності (кінець вирівнювання,
indel, SNP тощо) у тому самому вирівнюванні, тоді як стовпець [DIST] визначає відстань
від цього SNP до найближчого кінця послідовності. SNP, для яких є стовпці [R] і [Q].
більше 0 слід оцінювати з обережністю, оскільки ці стовпці визначають кількість
інші вирівнювання, які перекривають цю позицію. Використовуйте -C, щоб переконатися, що SNP повідомляються лише з
унікальні регіони вирівнювання.

шоу-плитка
-a Опишіть шлях розкладки, надрукувавши роздільники табуляції
вирівнювання координат області до стандартного виведення
-c Припустимо, що опорні послідовності є круговими, і дозвольте
плиткові контиги, щоб охопити початок
-g int Встановити максимальний розрив між кластеризованими вирівнюваннями [-1, INT_MAX]
Значення -1 буде представляти нескінченність
(число за замовчуванням = 1000)
(promer за замовчуванням = -1)
-i float Встановити мінімальний відсоток ідентичності плитки [0.0, 100.0]
(число за замовчуванням = 90.0)
(promer за замовчуванням = 55.0)
-l int Встановити мінімальну довжину contig для звіту [-1, INT_MAX]
Значення -1 буде представляти нескінченність
(загальне значення за замовчуванням = 1)
-p файл Вивести псевдомолекулу запиту contigs у "файл"
-R Справляйтеся з повторюваними контигами, розташовуючи їх випадковим чином
в одному з місць їх копій (мається на увазі -V 0)
-t файл Вивести список контиг у стилі TIGR для кожної послідовності запитів
який достатньо відповідає посиланням (не круговий)
-u файл Вивести розділені табуляціями координати області вирівнювання
з непридатних контиг до "файлу"
-v float Встановити мінімальне покриття контигу на плитку [0.0, 100.0]
(число за замовчуванням = 95.0) сума окремих вирівнювань
(promer за замовчуванням = 50.0) протяжність синтетичної області
-V float Встановити мінімальну різницю покриття контигу [0.0, 100.0]
тобто різниця, необхідна для визначення одного вирівнювання
"краще", ніж інше вирівнювання
(число за замовчуванням = 10.0) сума окремих вирівнювань
(promer за замовчуванням = 30.0) протяжність синтетичної області
-x Описати шлях розбивки, надрукувавши контиг XML
зв'язування інформації зі стандартним виведенням

Вхід – це дельта-вихід програми nucmer, що виконується на дуже подібних даних послідовності, або
.delta вихід програми promer, запущений на даних дивергентної послідовності.

Вихідні дані мають стандартний вихід і складаються із передбаченого розташування кожного запиту вирівнювання
contig як зіставлені з еталонними послідовностями. Ці координати вказують на протяжність
весь контиг запиту, навіть якщо фактично був лише певний відсоток контигу
вирівняний (якщо не використовується параметр -a). Стовпці: початок у ref, кінець у ref, відстань до
наступний контиг, довжина цього контигу, покриття вирівнювання, ідентичність, орієнтація та ідентифікатор
відповідно.

Використовуйте combineMUMs онлайн за допомогою сервісів onworks.net