Це команда correct_abundances, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
correct_abundances - запустити крок корекції подібності за кількістю геному
СИНТАКСИС
правильні_достатки ІМЕНА
ОПИС
Виконайте крок корекції подібності.
Примітка. Хоча можна запустити картографи читання вручну або створити подібність
матрицю вручну, ми настійно рекомендуємо використовувати надані скрипти Python 'run_mappers.py'
і 'create_similarity_matrix.py'.
ВАРІАНТИ
ІМЕНА: Ім'я файлу імен; файл із простими текстовими іменами повинен містити одне ім’я
лінія. Ім'я використовується як ідентифікатор у всьому алгоритмі.
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти
-m SMAT, --матриця подібності=SMAT
Шлях до файлу матриці подібності. Матриця подібності повинна бути створена з тим самим
NAMES файл. [за замовчуванням: ./similarity_matrix.npy]
-s ЗРК, --самфайли=SAM
Шаблон, що вказує на файли SAM, створені картографом. Заповнювач для імені
є "%s". [за замовчуванням: ./SAM/%s.sam]
-b ЧЕРЕТИК, --bootstrap-зразки=BOOT
Встановіть кількість зразків завантаження. Використовуйте 1, щоб вимкнути завантаження [за замовчуванням: 100]
-o ВИХІД, - вихід=OUT
Звичайний текстовий вихідний файл, що містить результати. [за замовчуванням: ./results.txt]
Використовуйте correct_abundances онлайн за допомогою служб onworks.net
