Це команда coverageCount, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
coverageCount - підрахунок покриття відображених читань у кожному місці в цілому
еталонний геном
ОПИС
coverageCount Версія 1.5.0-p1
Ця програма обчислює охоплення зіставленими читаннями в кожному місці
еталонний геном. Він генерує двійковий файл для кожної хромосоми шляхом конкатенації
рівні покриття у вигляді 4-байтових цілих чисел.
Використання
coverageCount [параметри] -i -o
Необхідні аргументи:
-i
Назва вхідного файлу у форматі SAM або BAM.
-o
Префікс вихідних файлів. Кожен вихідний файл містить чотирибайтові цілі числа
Необов’язкові аргументи:
--maxMOp Максимальна кількість операцій 'M', дозволена в рядку CIGAR.
10 за замовчуванням. І "X", і "=" розглядаються як "M", а суміжні операції "M" -
об'єднані в рядок CIGAR.
coverageCount Версія 1.5.0-p1
Ця програма обчислює охоплення зіставленими читаннями в кожному місці
еталонний геном. Він генерує двійковий файл для кожної хромосоми шляхом конкатенації
рівні покриття у вигляді 4-байтових цілих чисел.
Використання
coverageCount [параметри] -i -o
Необхідні аргументи:
-i
Назва вхідного файлу у форматі SAM або BAM.
-o
Префікс вихідних файлів. Кожен вихідний файл містить чотирибайтові цілі числа
Необов’язкові аргументи:
--maxMOp Максимальна кількість операцій 'M', дозволена в рядку CIGAR.
10 за замовчуванням. І "X", і "=" розглядаються як "M", а суміжні операції "M" -
об'єднані в рядок CIGAR.
Використовуйте coverageCount онлайн за допомогою служб onworks.net
