Це команда create_matrix, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
create_matrix - обчислити матрицю подібності кількості геному
СИНТАКСИС
create_matrix [опції] ІМЕНА
ОПИС
Обчисліть матрицю подібності.
Спочатку моделюється набір читань для кожного еталонного геному за допомогою симулятора читання з
core/tools.py вказано через -s. По-друге, відображаються змодельовані зчитування кожного виду
проти всіх еталонних геномів за допомогою картографа, зазначеного в -m. По-третє, отриманий
SAM-файли аналізуються для обчислення матриці подібності. Матриця подібності зберігається
як файл numpy (-o).
ВАРІАНТИ
ІМЕНА Ім'я файлу імен; файл із простими текстовими іменами повинен містити одне ім’я
лінія. Ім'я використовується як ідентифікатор у всьому алгоритмі.
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти
-s СИМУЛЯТОР, --симулятор=ІМІТАТОР
Ідентифікатор симулятора читання, визначений у core/tools.py [за замовчуванням: немає]
-r REF, --довідка=REF
Шаблон файлу еталонної послідовності для симулятора читання. Заповнювач для імені є
"%s". [за замовчуванням: ./ref/%s.fasta]
-m КАРТОГРАФІК, --mapper=МАПЕР
Ідентифікатор картографа, визначений у core/tools.py [за замовчуванням: немає]
-i ІНДЕКС, --індекс=ІНДЕКС
Довідкові файли індексу для картографа читання. Заповнювач для імені — «%s».
[за замовчуванням: ./ref/%s.fasta]
-t ТЕМПЕРАТУРА, --темп=TEMP
Каталог для зберігання тимчасових змодельованих наборів даних і файлів SAM. [за замовчуванням: ./temp]
-o ВИХІД, - вихід=OUT
Вихідний файл матриці подібності. [за замовчуванням: ./similarity_matrix.npy]
Використовуйте create_matrix онлайн за допомогою служб onworks.net
