Це команда delta2blocks, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
delta2blocks - додатковий інструмент для мімерки з патча mugsy для сортування вирівнювань
delta2maf - додатковий інструмент для мімерки з патча mugsy для сортування вирівнювань
СИНТАКСИС
delta2blocks [параметри]<посилID><qryID>
delta2maf [параметри]<посилID><qryID>
ОПИС
-h Відобразити довідкову інформацію
-q Сортувати вирівнювання за початковою координатою запиту
-r Сортувати вирівнювання за вихідною координатою
-w int Встановити ширину екрана - за замовчуванням 60
-x int Встановіть тип матриці - за замовчуванням 2 (BLOSUM 62), інші параметри включають 1 (BLOSUM 45)
і 3 (БЛОСУМ 80)
примітка: впливає лише на вирівнювання амінокислот
Вхід – це дельта-вихід програми "nucmer" або "promer", переданої на
command line.
Вихідні дані мають стандартний вихід і складаються з усіх вирівнювань між запитом і посиланням
послідовності, визначені в командному рядку.
ПРИМІТКА. За замовчуванням сортування не виконується, тому вирівнювання буде впорядковано, як знайдено в
в введення.
Використовуйте delta2blocks онлайн за допомогою сервісів onworks.net
