dialign2-2 - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

dialign2-2 - Програма множинного вирівнювання з використанням підходу від сегмента до сегмента

СИНТАКСИС

dialign2-2 [параметри] [seq_file]

seq_file ім'я файлу вхідної послідовності; це має бути декілька файлів FASTA (усі
послідовності в одному файлі).

ОПИС

dialign2-2 це програма, яка створює вирівнювання з пар подібних сегментів без проміжків
послідовностей. Якщо (можливо) потрібно вирівняти кодуючі послідовності нуклеїнових кислот, DIALIGN
необов'язково перекладає порівнювані «сегменти нуклеїнової кислоти» на «пептидні сегменти» відповідно
до генетичного коду -- без припущення жодної з трьох можливих рамок зчитування, отже
всі комбінації кадрів зчитування перевіряються на значну подібність.

За замовчуванням DIALIGN створює один файл, що містить

· Вирівнювання вхідних послідовностей у форматі DIALIGN.

· Таке ж вирівнювання у форматі FASTA.

· Дерево послідовностей у форматі PHYLIP. Це дерево будується шляхом застосування UPGMA
метод кластеризації до балів подібності DIALIGN. Воно приблизно відображає різне
ступені подібності між послідовностями. Для детального філогенетичного аналізу ми
рекомендувати звичайні методи філогенетичної реконструкції.

Формат вихідних файлів задокументовано в /usr/share/doc/dialign/USER_GUIDE.gz,
Вихідні формати FASTA, CLUSTALW і MSF доступні додатково (див. ОПЦІЇ).

ВАРІАНТИ

-afc
Створює додатковий вихідний файл "*.afc", що містить дані всіх розглянутих фрагментів
вирівнювання. УВАГА: цей файл може бути ВЕЛИЧЕЗНИМ!

-afc_v
Подобається "-afc", але багатослівно: фрагменти друкуються явно. ПОПЕРЕДЖЕННЯ: цей файл може бути
ЩЕ БІЛЬШИЙ!

-анк
Закріплене вирівнювання. Потрібен файл seq_file.anc містить опорні точки.

-cs
Якщо сегменти перекладено, не лише «ланцюг Уотсона», а й «ланцюг Кріка»
розглядається.

-cw
Додатковий вихідний файл у форматі CLUSTAL W.

-д
«Прискорення вирівнювання ДНК». Враховуються нетрансльовані фрагменти нуклеїнових кислот
тільки якщо вони починаються принаймні з двох матчів. Прискорює вирівнювання ДНК за рахунок
чутливості.

-фа
Додатковий вихідний файл у форматі FASTA.

-ff
Створює файл *.frg містить інформацію про всі фрагменти, що входять до складу
відповідні оптимальні попарні мережі плюс інформація про узгодженість у
множинне вирівнювання.

-fn вихідний_файл
Вихідні файли називаються out_file.extension.

-фоп
Створює файл *.fop містить координати всіх фрагментів, що входять до складу
відповідні попарні вирівнювання.

-fsm
Створює файл *.fsm містить координати всіх фрагментів, що входять до фіналу
вирівнювання

-iw
Вага перекриття вимкнено (за замовчуванням використовується ваговий коефіцієнт перекриття до 35).
послідовності вирівняні). Цей параметр прискорює вирівнювання, але може призвести до зменшення
якість вирівнювання.

-lgs
«Довгі геномні послідовності» - поєднує такі параметри: -ма, -тр 2, -lмакс 30,
-смін 8, -nta, -ff, -фоп, -ff, -cs, -д, -pst.

-lgs_t
Подобається "-lgs", але всі пари сегментів оцінюються на рівні пептидів (а не
«змішані вирівнювання», як з опцією «-lgs»). Тому швидше, ніж -lgs, але не дуже
чутливий до регіонів без кодування.

-lмакс x
Максимальна довжина фрагмента = x (за замовчуванням: x = 40 або x = 120 для `перекладених´ фрагментів).
Shorter x прискорює програму, але може вплинути на якість вирівнювання.

- ось
(Довгий вихід) Додатковий файл *.log з інформацією про вибрані фрагменти
попарне вирівнювання та про послідовність у процедурі багаторазового вирівнювання.

-ма
«змішані вирівнювання», що складаються з P-фрагментів і N-фрагментів, якщо послідовності нуклеїнових кислот
вирівняні.

-маска
Залишки, що не належать до вибраних фрагментів, замінюються символами «*» у виводі
вирівнювання (замість того, щоб друкуватися малими літерами)

-мат
Створює файл *мат з підрахунками заміни, отриманими з фрагментів, які були
вибрано для вирівнювання.

-mat_thr t
Як і "-mat", але лише фрагменти з вагою > t вважаються.

-max_link
Кластеризація "максимального зв'язку", яка використовується для побудови дерева послідовностей (замість UPGMA).

-min_link
Використовується кластеризація "мінімального зв'язку".

-мот
Варіант «Мотив».

-msf
Окремий вихідний файл у форматі MSF.

-n
Вхідні послідовності є послідовностями нуклеїнових кислот. Без перекладу фрагментів.

-нт
Вхідні послідовності — це послідовності нуклеїнових кислот, а «сегменти нуклеїнових кислот» транслюються
до «пептидних сегментів».

-nta
«Немає текстового вирівнювання». Текстове вирівнювання припинено. Цей варіант має сенс, якщо інший
вихідні файли представляють інтерес -- напр. файли фрагментів, створені за допомогою -ff, -фоп, -fsm or
- ось.

-o
Швидка версія, результат вирівнювання може дещо відрізнятися.

-оу
Застосовуються ваги перекриття (за замовчуванням ваги перекриття використовуються, лише якщо значення до 35
послідовності вирівнюються, оскільки обчислення ваг перекриття займає багато часу). УВАГА:
ваги перекриття зазвичай покращують якість вирівнювання, але час роботи збільшується
порядок O(n^4) з кількістю послідовностей. Ось чому за замовчуванням перекриваються
ваги використовуються лише для наборів послідовностей із < 36 послідовностями.

-pst
«Статус друку». Створює та оновлює файл *.sta з інформацією про теч
стан виконання програми. Цей параметр рекомендується, якщо великі набори даних вирівняно
оскільки це дозволяє користувачеві оцінити час, що залишився.

-смін x
Мінімальне значення подібності для першої пари залишків (або пари кодонів) у фрагментах. Швидкості
до вирівнювання білків або вирівнювання трансльованих фрагментів ДНК за рахунок
чутливість.

-зірки x
Максимальна кількість символів «*», що вказує на ступінь локальної подібності між собою
послідовності. За замовчуванням не використовуються зірочки, а цифри від 0 до 9.

-stdo
Результати записуються на стандартний вивід.

-та
Друкується стандартне вирівнювання тексту (перекриває придушення вирівнювання тексту в
спеціальні опції, напр. -lgs).

-тр x
Поріг T = x.

-xfr
«Виключити фрагменти». Можна вказати список фрагментів, які НЕ розглядаються
попарне вирівнювання.

Загальне зауваження: якщо використовуються суперечливі варіанти, наступні варіанти перекривають попередні
одиниці, наприклад: dialign2-2 -nt -n seq_file запускає програму з параметром "-n" (ні
переклад!), тоді як dialign2-2 -n -nt seq_file запускає його з параметром "-nt".
(переклад!).

Використовуйте dialign2-2 онлайн за допомогою сервісів onworks.net