Це команда diffseqe, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
diffseq - порівняйте та повідомте про особливості двох подібних послідовностей
СИНТАКСИС
diffseq -послідовність послідовність - послідовність послідовність -розмір слів ціле
[-глобальнівідмінності boolean] - вихідний файл звітом -подвиг featout -подвиг featout
diffseq -допомога
ОПИС
diffseq — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
програмний пакет»). Це частина групи(ів) команд «Alignment:Differences».
ВАРІАНТИ
вхід розділ
-послідовність послідовність
- послідовність послідовність
Вимагається розділ
-розмір слів ціле
Подібні області між двома послідовностями можна знайти шляхом створення хеш-таблиці
підпослідовності розміру слів. 10 — розумне значення за умовчанням. Збільшення цього значення (20?)
може трохи прискорити програму, але означатиме, що будь-які дві відмінності всередині
"wordsize" один одного буде згруповано як єдину область відмінності. Це значення
можна зробити меншим (4?), щоб покращити роздільну здатність найближчих відмінностей, але
програма працюватиме набагато повільніше. Значення за замовчуванням: 10
Додатковий розділ
-глобальнівідмінності boolean
Зазвичай ця програма знаходить регіони ідентичності, довжина яких дорівнює
заданий розмір слова або більше, а потім повідомить про відмінності між ними
ці відповідні регіони. Це добре працює, і це те, чого хоче більшість людей, якщо вони є
робота з довгими послідовностями нуклеїнових кислот, що перекриваються. Ви зазвичай не зацікавлені
у кінцях цих послідовностей, які не перекриваються. Якщо у вас є білкові послідовності або короткі
Однак послідовності РНК вас зацікавлять відмінності на самих кінцях. Це
для цього параметра встановлено значення true, тоді також буде повідомлено про відмінності на кінцях.
Значення за замовчуванням: N
Вихід розділ
- вихідний файл звітом
-подвиг featout
Файл для виводу функцій першої послідовності Значення за замовчуванням: $(asequence.name).diffgff
-подвиг featout
Файл для виводу функцій другої послідовності Значення за замовчуванням: $(bsequence.name).diffgff
Використовуйте diffseqe онлайн за допомогою сервісів onworks.net
