Це команда fa2dna, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fa2dna - формат fasta бази даних для використання з ANFO
СИНТАКСИС
fa2dna [ варіант | файл ... ]
ОПИС
fa2dna читає один або кілька файлів у форматі fasta і переформатує їх у відповідну базу даних
та цінності анфо(1). Вхідний файл(и) може містити більше однієї послідовності, і кожна послідовність може містити
бути розбитим на кілька контигів відрізком Ns. Усі коди неоднозначності IUPAC є
повністю підтримується.
ВАРІАНТИ
-V, --версія
Роздрукуйте номер версії та вийдіть.
-o файл, --вивідний файл
Записати вихід до файл.файл має закінчитися на .dna, Так як анфо а деякі нижче за течією
інструменти можуть натрапити на інше розширення. За замовчуванням є назва геному з
.dna розширення.
-m N, --maxn N
Встановлює максимальну кількість Ns слід інтерпретувати як коди неоднозначності IUPAC N; будь-який
довша розтяжка інтерпретується як відокремлення контигів. За замовчуванням 2.
-g ім'я, --ім'я геному
Встановлює назву геному ім'я. Це ім'я зберігається у вихідному файлі і буде
використаний анфо щоб ідентифікувати відповідний геном у його вихідних даних. Геном повинен бути a
префікс назви вихідного файлу, щоб дозволити наступним інструментам знайти його. Ім'я
має бути коротким, але унікальним, щось на кшталт "hg18" або "pt2" для людини або шимпанзе
геноми будуть працювати нормально.
-d текст, --текст опису
Додає текст як опис метаданих. Це суто інформаційний характер.
-v, -- багатослівний
Викликає друк індикатора прогресу.
Використовуйте fa2dna онлайн за допомогою служб onworks.net