featureCounts - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

featureCounts - високоефективна та точна програма узагальнення прочитаного

ВИКОРИСТАННЯ

FeaturesCounts [параметри] -a -o вхідний_файл1 [вхідний_файл2]
...

Необхідні аргументи:

-a
Ім'я файлу анотації. Формат GTF за замовчуванням. Побачити -F опція для інших форматів.

-o
Ім'я вихідного файлу, включаючи кількість прочитаних. Окремий файл із резюме
статистика результатів підрахунку також включена у вихідні дані (` .summary')

вхідні_файли
Список вхідних файлів у форматі BAM або SAM. Користувачам не потрібно вказувати це BAM або
САМ.

Необов’язкові аргументи:

-A
Назва файлу, розділеного комами, включаючи псевдоніми хромосом, які використовуються для збігу
назви хромосом, що використовуються в анотації, разом із тими, що використовуються у введенні BAM/SAM, якщо вони є
інший. Формат файлу див. у посібнику користувача.

-F
Вкажіть формат наданого файлу анотації. До прийнятних форматів належать `GTF' та
`SAF'. `GTF' за замовчуванням. Опис формату SAF див. у посібнику користувача.

-t
Вкажіть тип об’єкта в анотації GTF. `exon' за замовчуванням. Функції, які використовуються для читання
підрахунок буде витягнутий з анотації за допомогою наданого значення.

-g
Вкажіть тип атрибута в анотації GTF. `gene_id' за замовчуванням. Використані метафункції
для підрахунку читання буде витягнуто з анотації за допомогою наданого значення.

-f Виконайте підрахунок прочитань на рівні функції (наприклад, підрахунок читань для екзонів, а не
гени).

-O Призначте читання всім мета-функціям, що перекриваються (або функціям, якщо -f is
вказано).

-s
Виконайте підрахунок зчитування для ланцюга. Можливі значення: 0 (без ланцюга), 1
(скручений) і 2 (зворотний). 0 за замовчуванням.

-M Зчитування з кількома відображеннями також будуть зараховані. Для читання мультивідображення всі його звіти
будуть зараховані вирівнювання. Для виявлення використовується тег `NH' на вході BAM/SAM
зчитування з множинним відображенням.

-Q
Мінімальний показник якості відображення, якому має задовольнити читання, щоб його було зараховано. Для
для зчитування з парними кінцями, принаймні один кінець повинен задовольняти цим критеріям. 0 за замовчуванням.

-T
Кількість ниток. 1 за замовчуванням.

-v Вихідна версія програми.

-J Підрахуйте кількість читань, що підтримують кожне з’єднання екзон-екзон. Роз'єми були
ідентифіковані з цих читань, що охоплюють екзон, на вході (містить «N» у CIGAR
рядок). Результати підрахунку зберігаються у файлі з назвою ' .jcounts'

-G
Файл Fasta, що містить еталонний геном, який використовується для створення вхідного SAM або
файли BAM. Цей аргумент потрібен лише під час підрахунку вузлів.

-R Вивести детальний результат призначення для кожного прочитання. Буде створений текстовий файл для
кожен вхідний файл, включаючи імена читань і мета-функції/функції читання були
присвоєно. Додаткову інформацію див. у посібнику користувача.

-- найбільше перекриття
Призначити читання мета-функції/функції, яка має найбільшу кількість перекривань
бази.

--minНакладання
Вкажіть мінімальну кількість перекриваючих баз, необхідних між читанням і a
мета-об’єкт/об’єкт, якому призначено читання. 1 за замовчуванням.

--прочитати2поз <5:3>
Зменште зчитування до 5 футів найбільшої бази або 3 футів найбільшої бази. Потім виконується підрахунок прочитаного
на основі однієї бази читання зводиться до.

--readExtension5 Зчитування розширюються вгору на бази від їх
5' кінець.

--readExtension3 Зчитування розширюються вгору на бази від їх
3' кінець.

-- дріб
Використовуйте дробовий підрахунок 1/n замість 1 (один) для кожного звітного вирівнювання
підрахунку зчитування з множинним відображенням. n – загальна кількість повідомлених вирівнювань
для читання мульти-відображення. Цей параметр необхідно використовувати разом з опцією «-M».

-- первинний
Враховуйте лише основні вирівнювання. Основні вирівнювання визначаються за допомогою біту 0x100 дюймів
Поле SAM/BAM FLAG.

--ігноруватиDup
Ігноруйте повторювані читання під час підрахунку прочитань. Повторювані зчитування ідентифікуються за допомогою біта
Ox400 у полі BAM/SAM FLAG. Уся пара прочитаних ігнорується, якщо одне з читань ігнорується
дублікат зчитування для парних кінцевих даних.

--countSplitAlignmentsOnly Підраховувати лише розділені вирівнювання (тобто вирівнювання з
рядок CIGAR, що містить `N'). Прикладом розділеного вирівнювання є читання, що охоплюють екзон
у даних RNA-seq.

-p Підрахуйте фрагменти (прочитані пари) замість окремих прочитань. Для кожної зчитованої пари свій
два зчитування повинні бути сусідніми один з одним у вводі BAM/SAM.

-P Перевірте дійсність відстані парного кінця під час підрахунку зчитованих пар. Використовуйте -d та -D до
встановити пороги.

-d
Мінімальна довжина фрагмента/шаблона, 50 за замовчуванням.

-D
Максимальна довжина фрагмента/шаблона, 600 за замовчуванням.

-B Порахуйте пари читання, обидва кінці яких успішно вирівняні.

-S
Вкажіть орієнтацію двох читань з однієї пари, 'fr' за замовчуванням
(вперед/назад).

-C Не враховуйте пари зчитування, два кінці яких зіставлені з різними хромосомами
або відображення в одній хромосомі, але на різних ланцюгах.

--donotsort
Не сортуйте читання у введених BAM/SAM. Зауважте, що зчитування з однієї пари обов’язкові
розташовуватися один біля одного у вході.

--maxMOp
Максимальна кількість операцій 'M', дозволена в рядку CIGAR . 10 за замовчуванням. Обидва
"X" і "=" розглядаються як "M", а суміжні операції "M" об'єднуються в CIGAR
рядок.

Використовуйте featureCounts онлайн за допомогою служб onworks.net