fmcs - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

fmcs - fmcs

ОПИС

використання: fmcs [-h] [--maximize {atoms,bonds}] [--min-num-atoms INT]

[--compare {топологія,елементи,типи}] [--atom-compare {будь-які,елементи,ізотопи}]
[--bond-compare {any,bondtypes}] [--atom-class-tag TAG] [--ring-matches-ring-only]
[--complete-rings-only] [--виберіть ВИБРАТИ] [--час очікування СЕКУНД] [--вихід НАЗВА ФАЙЛУ]
[--output-format {smarts,fragment-smiles,fragment-sdf,complete-sdf}] [--output-all]
[--save-atom-class-tag TAG] [--save-counts-tag TAG] [--save-atom-indices-tag TAG]
[--save-smarts-tag TAG] [--save-smiles-tag TAG] [--times] [-v] [--version] назва файлу

Знайти максимальну загальну підструктуру набору конструкцій

позиційний аргументи:
ім'я файлу
SDF або SMILES файл

необов'язковий аргументи:
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти

-- максимізувати {атоми,зв'язки}
Максимізуйте кількість «атомів» або «зв'язків» у MCS. (За замовчуванням: облігації)

--мінімальна кількість атомів INT
Мінімальна кількість атомів у MCS (за замовчуванням: 2)

--порівняти {топологія,елементи,типи}
Використовуйте "топологію" як скорочення для "--atom-compare any --облігація-порівняти будь-який',
'elements' є '--atom-compare elements --облігація-порівняти будь-який», а «типи» є
'--елементи порівняння атома --облігація-порівняти bondtypes' (за замовчуванням: типи)

--атом-порівняти {будь-які,елементи,ізотопи}
Укажіть метод порівняння атомів. За допомогою «any» кожен атом відповідає кожному
атом. З «елементами» атоми збігаються, лише якщо вони містять той самий елемент. З
«ізотопи», атоми збігаються, лише якщо вони мають однаковий ізотопний номер; елемент
інформація ігнорується, тому [5C] і [5P] ідентичні. Цим можна скористатися
реалізувати визначений користувачем тип атома. (За замовчуванням: елементи)

--облігація-порівняти {any,bondtypes}
Вкажіть метод порівняння облігацій. З 'any' кожен зв'язок відповідає кожному іншому
зв'язок. З «типами облігацій» облігації однакові, лише якщо їхні типи зв’язків однакові.
(За замовчуванням: типи зв'язків)

--тег-клас-атом TAG
Використовуйте призначення класів атомів із поля 'TAG'. Дані тегу повинні містити пробіл
розділений список цілих чисел у діапазоні 1-10000, по одному для кожного атома. Атоми є
ідентичні тоді і тільки тоді, коли їхні відповідні класи атомів однакові. Зауважте, що
'003' і '3' розглядаються як ідентичні значення. (Не використовується за замовчуванням)

--кільце-матчі-лише кільце
Змініть порівняння зв’язків так, щоб кільцеві зв’язки відповідали лише кільцевим і ланцюговим зв’язкам
збігаються лише ланцюгові зв’язки. (Кільцеві атоми все ще можуть збігатися з атомами, які не є кільцевими.)

--комплектні кільця
Якщо зв'язок є кільцевим зв'язком у вхідних структурах, а зв'язок є в MCS, то
зв'язок також повинна бути в кільці в MCS. Вибір цієї опції також активує
--кільце-матчі-лише кільце.

-- виберіть ВИБІР
Виберіть підмножину вхідних записів для обробки. Приклад: 1-10,13,20,50- (за умовчанням:
'1-', який вибирає всі структури)

--час вийшов СЕКУНДИ
Повідомте про найкраще рішення після виконання щонайбільше секунд «тайм-ауту». Використовуйте 'none'
без тайм-ауту. (За замовчуванням: немає)

- вихід НАЗВА ФАЙЛУ, -o ФІЛЕНАМ
Запишіть результати до FILENAME (за замовчуванням: використовувати стандартний вихід)

--формат виведення {smarts,fragment-smiles,fragment-sdf,complete-sdf}
'smarts' записує шаблон SMARTS, включаючи критерії атома та зв'язку.
'fragment-smiles' записує відповідний фрагмент у вигляді рядка SMILES. 'fragment-sdf'
записує відповідний фрагмент у вигляді SD-файлу; побачити --save-atom-class для детальної інформації про те, як
інформація класу атома збережена. 'complete-sdf' записує весь SD-файл за допомогою файлу
фрагмент інформації, що зберігається в тегу, визначеному --save-fragment-indexes-tag.
(За замовчуванням: smarts)

--виведення-все
За замовчуванням формати виведення структури показують лише MCS для першого входу
структура. Якщо цей параметр увімкнено, то MCS для всіх структур є
показано

--save-atom-class-tag TAG
Якщо вказано класи атомів (через --тег класу), а вихідний формат є
'fragment-sdf' потім збережіть класи атомів підструктури до тегу TAG у фрагменті
порядок атомів. За замовчуванням це значення --тег класу атома.

--save-counts-tag TAG
Збережіть кількість фрагментів, кількість атомів і зв’язків у вказаному тегу SD як
цілі числа, розділені пробілом, наприклад '1 9 8'. (Кількість фрагментів не буде більше ніж
1, поки fmcs не підтримуватиме відключені MCS.)

--save-atom-indexes-tag TAG
Якщо вказано класи атомів, а вихідний формат — 'complete-sdf', збережіть файл
Індекси атомів фрагментів MCS до тегу TAG у порядку MCS. (За замовчуванням: mcs-atomindices)

--save-smarts-tag TAG
Збережіть MCS SMARTS до вказаного тегу SD. Використовує '-', якщо немає MCS

--save-smiles-tag TAG
Збережіть фрагмент УСМІШКИ до вказаного тегу SD. Використовує '-', якщо немає MCS

--рази
Друк інформації про час у stderr

-v, -багатослівний
Друк статистики прогресу в stderr. Використовуйте двічі для більшої багатослівності.

-- версія

Для отримання додаткової інформації про ці параметри див. https://bitbucket.org/dalke/fmcs/

Використовуйте fmcs онлайн за допомогою служб onworks.net