fox - Онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

fox - визначення структури ab-initio за дифракційними даними

СИНТАКСИС

лисиця [опції] [файл.xml]

ОПИС

Команда лисиця Програма (безкоштовні об'єкти для кристалографії) була зроблена для кристала ab initio
структурне рішення за дифракційними даними. Найцікавіші його особливості для ab initio
визначення структури:

* різноманітний опис вмісту кристалів;

* автоматична корекція для особливих позицій і спільних атомів між багатогранниками;

* можливість використання одночасно декількох порошкових візерунків;

* розумні алгоритми глобальної оптимізації;

* графічний інтерфейс з переглядом 3D кристалічної структури та оновленнями в реальному часі
процес оптимізації.

ВАРІАНТИ

Ця програма може виконуватися з параметрами командного рядка або без них або вхідним файлом (file.xml).
Він відповідає звичайному синтаксису командного рядка GNU з довгими параметрами, які починаються з двох тире
(`-'). Нижче наведено короткий опис варіантів. Повний опис див. у лисиці
вики http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--допомога Показати підсумок варіантів.

--loadfouriergrd map.grd
Завантажте та відобразіть карту Фур’є 'map.grd' з (першою) кристалічною структурою

--loadfourierdsn6 карта.DN6
Завантажте та відобразіть карту Фур’є DSN6 з (першою) кристалічною структурою

--nogui
Запуск без графічного інтерфейсу, автоматично запускає оптимізацію --nogui може супроводжуватися
наступні варіанти:

-n 10000
Виконати щонайбільше 10000 1000000 спроб (за замовчуванням: XNUMX XNUMX)

--nbrun 5
Зробіть 5 запусків, випадковим чином перед кожним запуском (за замовчуванням: 1), використовуйте -1, щоб працювати безстроково

-o out.xml
Вивести в 'out.xml'

-- рандомізувати
Рандомізувати початкову конфігурацію

-- мовчазний
Виводити (майже) текст

-- остаточна вартість 0.15
Запустіть оптимізацію, поки вартість не буде < 0.15

--cif2шаблон 1.5406 170 5000 .1
Зімітувати шаблон для вхідного кристала, довжина хвилі=1.5406 до 170° з 500 точками
і ширина піку 0.1°

ПРИКЛАДИ

Fox silicon.xml
Завантажте файл 'silicon.xml' та запустіть графічний інтерфейс.

Fox Циметидин-порошок.xml --nogui -- рандомізувати -n 1000000 -o best.xml
Завантажте файл 'ktartrate.xml', рандомізуйте, потім виконайте 1 оптимізацію з 1 мільйона випробувань,
і збережіть найкращу структуру в 'best.xml'.

Fox Циметидин-порошок.xml --nogui -- рандомізувати -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
Завантажте файл 'Cimetidine-powder.xml', потім зробіть 10 запусків (починаючи з випадкового
структуру) з 10 мільйонів випробувань (кожний запуск зберігає один файл xml) і збережіть найкращі
структуру в 'best.xml'.

Fox Циметидин-порошок.xml --nogui -- мовчазний -- рандомізувати -n 10000000 --nbrun 10 -- остаточна вартість
200000 -o best.xml
Завантажте файл «Cimetidine-powder.xml», а потім виконайте 10 тихих запусків із 10 мільйонами проб
(кожен запуск зберігає один файл xml), а найкращу структуру зберігайте в 'best.xml'. Для кожного
запуску, оптимізація припиняється, якщо вартість падає нижче 200000.

Використовуйте fox онлайн за допомогою служб onworks.net