frendp - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

frend.pl -- Відтворити файл Bio::Graphics в Інтернеті

СИНТАКСИС

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

ОПИС

Сценарій frend.pl — це тонкий інтерфейс навколо модуля Bio::Graphics. Він приймає а
список файлів, що містять координати ознак послідовності (білка, нуклеотиду) з
файл(и), перераховані в командному рядку або стандартному введенні, відтворює їх і створює PNG
файл на стандартному виводі.

УСТАНОВКА

Скопіюйте цей скрипт у каталог cgi-bin вашого веб-сайту. Назвіть його як хочете.

особливість Файли сформований

Цей сценарій приймає та обробляє анотації послідовності у простому форматі, розділеному табуляторами або
у форматі GFF.

Формат файлу функцій має розділ конфігурації та розділ даних. Конфігурація
розділ встановлює розмір і загальні властивості зображення, а розділ даних надає
самі дані функції.

конфігурація розділ
Якщо не надано, цей сценарій генерує розумний розділ конфігурації за замовчуванням для
вам, тому вам не потрібно надавати розділ конфігурації, щоб отримати розумне зображення.
Однак, щоб налаштувати зовнішній вигляд зображення, вам, ймовірно, захочеться налаштувати його
конфігурації. Ось витяг із розділу конфігурації:

# файл прикладу
[загальний]
основи = -1000..21000
висота = 12

[EST]
гліф = сегменти
bgcolor= жовтий
з'єднувач = суцільний
висота = 5

[FGENES]
гліф = транскрипт2
bgcolor = зелений
опис = 1

Розділ конфігурації розділений на набір розділів, кожен з яких позначений символом a
[назва розділу]. Розділ [general] визначає глобальні параметри для всього зображення.
Інші розділи застосовуються до окремих типів функцій. У наведеному вище прикладі конфігурація
у розділі [EST] застосовується до функцій, позначених як EST, тоді як конфігурація в
Розділ [FGENES] стосується ознак, позначених як передбачення гена FGENES
програма прогнозування.

Усередині кожного розділу є ряд пар ім’я=значення, де ім’я є ім’ям an
можливість встановити. Ви можете поставити пробіл навколо знака =, щоб зробити його більш читабельним або навіть
використовуйте двокрапку (:), якщо хочете. Розпізнаються такі назви параметрів:

Приклад значення параметра
------ ----- -------

бази Мін і макс діапазону послідовності (bp) 1200..60000
ширина ширина зображення (пікселів) 600
висота Висота кожного графічного елемента (пікселі) 10
гліф Стиль кожного графічного елемента (див. нижче) транскрипт
fgcolor Колір переднього плану кожного елемента жовтий
bgcolor Фоновий колір кожного елемента синій
ширина лінії Ширина рядків 3
label Надрукувати назву об’єкта 1
description Чи потрібно друкувати опис функції 0
Елементи bump не можуть стикатися 1
галочки Надрукуйте галочки на стрілках 1
з'єднувач Тип групового з'єднувача (пунктир, капелюшок або суцільний) штриховий

Параметри «основи» та «ширина» актуальні лише в розділі [загальні]. Вони є
замінюється одноіменними параметрами командного рядка.

Інші параметри можуть бути розташовані в будь-якому розділі, але якщо вони присутні в
Розділ [загальний] встановить значення за замовчуванням для інших.

Кольори — це назви кольорів англійською мовою або кольори #RRGGBB у веб-стилі (див. книгу про HTML
для пояснення). Значення True/False 1 для істини і 0 для false. Числові діапазони можуть
виражатися у вигляді start..end з двома крапками або як start-end через дефіс.

Параметр «гліф» керує тим, як відображаються об’єкти. Наступні гліфи
реалізовано:

Назва Опис
---- -----------

box Заповнений прямокутник, ненаправлений.
еліпс Овал.
стрілка Стрілка; може бути односпрямованим або
двонаправлений. Він також здатний відображати
шкала з мажорними та мінорними галочками та кан
бути орієнтованим горизонтально або вертикально.
сегменти Набір заповнених прямокутників, з'єднаних твердим тілом
лінії. Використовується для перерваних функцій, таких як
розривні вирівнювання та групи екзонів.
транскрипт Подібний сегментам, але сполучна лінія є
форму "капелюх" і напрямок
транскрипція позначена маленькою стрілкою.
transcript2 Подібний до стенограми, але напрямок
транскрипція позначається термінальним сегментом
у формі стріли.
букви Дві стрілки, спрямовані всередину, з'єднані лінією. Використовується для STS.

Опція «вибій» є найважливішою опцією для контролю зовнішнього вигляду зображення. Якщо встановлено
значення false (число 0), тоді об’єкти можуть перекриватися. Якщо встановлено значення true (
номер 1), то елементи рухатимуться вертикально, щоб уникнути зіткнення. Якщо не вказано,
Bump вмикається, якщо кількість будь-якого даного типу функції послідовності перевищує 50.

дані розділ
Розділ даних може слідувати або продовжувати розділ конфігурації. Дві секції можуть
також змішуватися. Розділ даних — це файл із табуляцією або розділеними пробілами
експорт із програми електронних таблиць або файлу текстового процесора (обов’язково збережіть як текст
тільки!)

Ось приклад розділу даних:

Космід B0511 . 516-619 Космід B0511. 3185-3294 Космід
B0511 . 10946-11208 Cosmid B0511 . 13126-13511 Космід
B0511 . 66-208 Космід B0511. 6354-6499 Космід B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Шведська риба FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Трансмембранний домен
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Кіназні та суші-домени

Кожен рядок файлу містить п’ять стовпців. Колонки:

Колонка № Опис
-------- -----------

1 тип функції
2 назва функції
3 рядок
4 координати
5 опис

Тип функції
Тип функції має відповідати одному із заголовків [тип функції] у файлі
розділ конфігурації. Якщо це не так, параметри [загальні] будуть застосовані до
функція під час відтворення. Ім’я об’єкта – це назва об’єкта. Використовуйте "." або
"-", якщо це не актуально. Якщо ім’я містить пробіли, поставте одинарний або подвійний
лапки ("") навколо імені.

Пасмо
Нитка вказує, на якому напрямі є функція. Це один із «+» для форварда
пасмо, "-" для зворотного пасма або "." для функцій, які не є постійними.

Координати
Стовпець координат — це набір з одного або кількох діапазонів, які займає об’єкт.
Діапазони записуються за допомогою «..», як у start..stop, або через дефіси, як у start-stop.
Для функцій, які складаються з кількох діапазонів &em; наприклад стенограми, що
мають декілька екзонів &em; ви можете розмістити діапазони в одному рядку, розділивши їх символами
коми або пробіли, або розмістіть діапазони в окремих рядках і просто використовуйте ту саму функцію
назвіть і введіть, щоб згрупувати їх. У наведеному вище прикладі функції Cosmid B0511 використовують
індивідуальний стиль лінії, тоді як функції FGENESH використовують всі діапазони на одній лінії
стиль.

Опис
Останній стовпець містить описовий текст. Якщо для параметра опису встановлено значення
правда, цей текст буде надрукований під елементом візуалізації.

Нарешті, можна згрупувати пов’язані функції разом. Прикладом є EST
yk53c10.5 і yk53c10.3, які пов’язані між собою, зчитуються з двох кінців клону
yk53c10. Щоб позначити цей зв’язок, створіть розділ, який виглядає так:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Група позначається рядком, який містить лише два стовпці, що містять об’єкт
тип і унікальне ім'я для групи. Дотримуйтесь цього рядка з усіма ознаками, які утворюють
групу, але залиште перший стовпець (тип об’єкта) порожнім. Групу буде відтворено
провести пунктирну лінію між усіма учасниками групи. Ви можете змінити це шляхом
вказавши інший параметр роз’єму в розділі конфігурації для цієї функції
тип

Використовуйте frendp онлайн за допомогою служб onworks.net