Це команда fuzztrane, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fuzztran - Пошук шаблонів у білкових послідовностях (переклад)
СИНТАКСИС
fuzztran - послідовність seqall - візерунок модель [-рамка список] [- стіл список] - вихідний файл звітом
fuzztran -допомога
ОПИС
fuzztran — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Він є частиною командної групи "Nucleic:Motifs,Protein:Motifs".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqall
- візерунок модель
Для амінокислот використовуються стандартні однолітерні коди IUPAC. Символ «х» є
використовується для положення, де приймається будь-яка амінокислота. Неясності позначаються
перелік прийнятних амінокислот для даної позиції в квадратних дужках '[
]'. Наприклад: [ALT] означає Ala або Leu або Thr. Неясності також вказує на
перерахування між парою фігурних дужок '{ }' амінокислот, які не приймаються
на даній посаді. Наприклад: {AM} означає будь-яку амінокислоту, крім Ala і Met.
Кожен елемент у шаблоні відокремлюється від свого сусіда знаком «-». (Необов'язково в
fuzztran) Повторення елемента візерунка можна позначити, дотримуючись цього
елемент із числовим значенням або числовим діапазоном між дужками. Приклади:
x(3) відповідає xxx, x(2,4) відповідає xx або xxx або xxxx. Коли а
шаблон обмежений або N- або C-кінцем послідовності
або починається символом «<», або відповідно закінчується символом «>». Закінчується період
візерунок. (Необов’язково у fuzztran). Наприклад, [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
Додатковий розділ
-рамка список
Значення за замовчуванням: 1
- стіл список
Вихід розділ
- вихідний файл звітом
Використовуйте fuzztrane онлайн за допомогою служб onworks.net
