Це командний часник, який можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
часник - програма молекулярної візуалізації
СИНТАКСИС
часник [правда Часник опції] [X11 опції] [ім'я файлу]
ОПИС
Ця сторінка посібника коротко документує часник, безкоштовна програма молекулярної візуалізації.
Розширену документацію у форматі HTML та джерела можна знайти на сайті garlic home,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Фізичне розташування: Медична школа, Університет
Осієка, Хорватія, Європа. Попередньо скомпільовані пакети для ряду дистрибутивів GNU/Linux
доступні. Серед них Debian, SuSE, Mandriva, Linspire та ряд інших
дистрибутиви. HTML-документацію можна завантажити та розпакувати для локального використання (рекомендовано
використання). Тут ви можете знайти дуже короткий опис програми та список команд
параметри лінії.
часник це програма молекулярної візуалізації, спочатку написана для дослідження
мембранні білки. Тепер його можна використовувати для візуалізації та простого редагування всіх білків і
молекули. Ця версія розпізнає формат PDB версії 2.1; дивіться вихідний файл pdb_atom.c
щоб дізнатися більше про цей формат.
ВАРІАНТИ
Параметри командного рядка можна розділити на дві групи: правда (конкретні) часник опції та X11
опції. Варіанти можуть бути подані в будь-якому порядку. Усі параметри та жорстко запрограмовані значення за замовчуванням є
наведені в таблиці нижче. Для кожного параметра значення, визначене за допомогою командного рядка
використаний, якщо є. Якщо ні, значення, визначене в .garlicrc файл використовується. Якщо .garlicrc
файл недоступний, або в цьому файлі немає відповідного запису, жорстко закодованого
використовується значення за замовчуванням. Зразок .garlicrc файл, що міститься в оригінальному пакеті
значення, що дорівнюють жорстко запрограмованим значенням за замовчуванням.
часник опції:
-h, --допомога
Роздрукувати довідку та вийти.
-v, -- версія
Роздрукувати версію та вийти.
-р, --зареєструватися
Реєстрація часнику: повідомте автору, що на вашому сайті встановлено часник і що хтось
збирається використовувати цю програму. Реєструючись, ви заохочуєте автора
продовжити розвиток часнику. Ви також можете допомогти автору забезпечити підтримку для
подальший розвиток. Ця опція надсилає одне коротке повідомлення електронної пошти, яке містить тільки
заголовок повідомлення електронної пошти та слово «Привіт!», кому[захищено електронною поштою]>. Будь ласка
виконайте garlic -r, якщо ви збираєтеся використовувати цю програму. Якщо ви не підключені до
Інтернету, розгляньте можливість відправлення короткого повідомлення з іншої системи.
-носис Приховати піктограму системи координат (верхній лівий кут).
- без контролю
Приховати вікно керування (правий верхній кут).
-стерео
Відображення стереозображення.
- плита режим
Режим плити за замовчуванням. Доступні режими плити: вимкнено, площинний (за замовчуванням), сфера,
півсфера, циліндр і півциліндр.
- згасання режим
Режим вицвітання кольору за замовчуванням. Доступні режими: вимкнений, планарний (за замовчуванням), сфера,
півсфера, циліндр і півциліндр.
-як номер
Стиль малювання атома за замовчуванням (жорстко закодований за замовчуванням: 2).
-bs номер
Стиль малювання облігацій за замовчуванням (жорстко закодований за замовчуванням: 2).
-fs номер
Кількість поверхонь, що вицвітають, за замовчуванням. Паралельні площини, концентричні сфери або
Концентричні циліндри можуть використовуватися як вицвітаючі поверхні. Три RGB триплети
призначені для кожної поверхні. Поверхні розташовані рівномірно; принаймні один і максимум
вісім слід визначити. Принаймні три кольори (лівий, середній і правий).
присвоєно кожному видимому атому. Ці три кольори засновані на позиції a
заданого атома відносно найближчої поверхні(-й) згасання та за кольорами, яким присвоєно
ці поверхні. Кольори поєднуються за допомогою лінійного зважування.
-lc color
Лівий колір на i-й поверхні; я від нуля до семи. Кольоровий рядок
має відповідати X11R5. Синій, наприклад, можна визначити як синій або як
RGB:0000/0000/FFFF тощо. Наприклад, -lc4 RGB:BBBB/8888/4444 визначає лівий колір
на поверхні, індекс якої дорівнює чотирьом.
-mc color
Середній колір на i-ій поверхні.
-rc color
Правий колір на i-ій поверхні.
-ПК, --print-config
Роздрукуйте дані конфігурації та вийдіть.
-pcn Надрукуйте назви курсорів для стандартного виведення та вийдіть.
-лог файл журналу
Запис команд і повідомлень у файл журналу. Файл буде створено в поточному
робочий каталог. Якщо це неможливо, файл журналу буде створено на домі користувача
каталог.
X11 опції:
- дисплей відображуване ім'я
X-сервер для зв’язку.
-геометрія геом
Геометрія вікна (за замовчуванням: майже весь екран).
-bg color
Колір фону головного вікна (за замовчуванням чорний).
-fg color
Колір переднього плану головного вікна (за замовчуванням: білий).
-fn ім'я шрифту
Шрифт тексту; (за замовчуванням 10x20).
-tbg color
Колір фону тексту (за замовчуванням чорний).
-tfg color
Колір тексту (за замовчуванням білий).
- курсор ім'я курсора
Ім'я курсора; побачити /usr/include/X11/cursorfont.h для імен; видалити префікс XC_.
Використовуйте часник онлайн за допомогою служб onworks.net
