Це команда genome-music-mutation-relationp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
Музика генома мутація-відношення - Визначте взаємозв'язки мутації одночасного або взаємного
винятковість у генах у різних випадках.
Версія
У цьому документі описано відношення мутації геному музики версії 0.04 (2016-01-01 на
23:10:18)
СИНТАКСИС
мутація-відношення музики геному --bam-list=? --maf-file=? --output-file=?
[--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?] [--gene-list=?] [--skip-non-coding]
[--skip-silent]
... мутація музики \
--maf-файл /шлях/myMAF.tsv \
--перестановки 1000 \
--output-file /path/mutation_relation.csv
ВИМАГАЄТЬСЯ АРГУМЕНТИ
бац-список текст
Список файлів BAM з роздільниками табуляторами [назва зразка, normal_bam, tumor_bam] (див. опис)
maf-файл текст
Список мутацій у форматі MAF
вихідний файл текст
Результати інструменту мутації-відношення
ДОДАТКОВО АРГУМЕНТИ
файл матриці мутації текст
Додатково зберігайте матрицю зразка проти гена, яка використовується під час обчислень.
перестановки Номер
Кількість перестановок, що використовуються для визначення P-значень
Значення за замовчуванням "100", якщо не вказано
список генів текст
Список генів для тестування, як правило, SMG. Якщо не вказано, перевіряються всі гени в MAF.
пропускати без кодування Boolean
Пропустити некодуючі мутації з наданого файлу MAF
Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано
noskip-без кодування Boolean
Зробити skip-non-coding "false"
пропускати-беззвучно Boolean
Пропустити тихі мутації з наданого файлу MAF
Значення за замовчуванням "true", якщо не вказано
noskip-мовчазний Boolean
Зробити skip-silent 'false'
ОПИС
Цей модуль аналізує список мутацій у форматі MAF і намагається визначити
відносини між мутованими генами. Він використовує тест на кореляцію, щоб побачити, чи є він чи ні
два гени мутують одночасно (позитивна кореляція) або взаємно виключно
(негативна кореляція). Через можливість значно різної кількості мутацій
присутні в різних генах, P-значення розраховуються за допомогою обмежених перестановок, які
врахувати розподіл кількості мутацій серед зразків. На виході
файл, 'pand' є P-значенням для одночасних подій мутації, а 'pexc' є P-значенням для
взаємовиключні події мутації.
АРГУМЕНТИ
--бам-список
Надайте файл, що містить назви зразків та розташування нормальних/пухлинних BAM для кожного. Використовуйте
формат із роздільниками табуляції [назва_зразка normal_bam tumor_bam] на рядок. Тільки цей інструмент
потребує імені_зразка, тому всі інші стовпці можна пропустити. Ім'я зразка має бути
такі ж, як імена зразків пухлин, які використовуються у файлі MAF (16-й стовпець із заголовком
Пухлина_зразок_штрих-код).
AUTHORS
Натан Д. Діз, доктор філософії
Цюньюань Чжан, д.т.н.
Використовуйте genome-music-mutation-relationp онлайн за допомогою служб onworks.net
