Це команда getorfe, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
getorf - знаходить та витягує відкриті рамки зчитування (ORFs)
СИНТАКСИС
геторф - послідовність seqall [- стіл список] [- мінімальний розмір ціле] [- максимальний розмір ціле] [-знайти список]
-метіонін boolean - круговий boolean -зворотний boolean - фланговий ціле
-outseq seqoutall
геторф -допомога
ОПИС
геторф — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина командної групи (груп) «Нуклеїк:Пошук генів».
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqall
Додатковий розділ
- стіл список
- мінімальний розмір ціле
Значення за замовчуванням: 30
- максимальний розмір ціле
Значення за замовчуванням: 1000000
-знайти список
Це невелике меню можливих параметрів виведення. Перші чотири варіанти потрібно вибрати
трансляція білка або вихідна послідовність нуклеїнової кислоти відкритої
рамка для читання. Є два можливі визначення відкритої рамки зчитування: вона може
або область, яка не містить кодонів STOP, або область, яка починається з START
кодоном і закінчується кодоном STOP. Останні три варіанти, мабуть, представляють лише інтерес
людям, які бажають дослідити статистичні властивості регіонів навколо
потенційні кодони START або STOP. Останній варіант передбачає, що довжини ORF є
обчислюється між двома STOP-кодонами.
Advanced розділ
-метіонін boolean
Кодони START на початку білкових продуктів зазвичай кодують метіонін,
незважаючи на те, що кодон кодує, коли він є внутрішнім для білка. Цей кваліфікаційний
встановлює для всіх таких кодонів START код метіоніну за замовчуванням. Значення за замовчуванням: Y
- круговий boolean
Значення за замовчуванням: N
-зворотний boolean
Встановіть значення false, якщо ви не хочете знаходити ORF у зворотному доповненні
послідовність. Значення за замовчуванням: Y
- фланговий ціле
Якщо ви вибрали один з варіантів типу послідовності, щоб знайти, що дає
фланкуючої послідовності навколо кодону STOP або START, це дає змогу встановити кількість
нуклеотиди по обидві сторони цього кодону для виведення. Якщо область фланкуючих нуклеотидів
перетинає початок або кінець послідовності, вихід для цього кодону не надається. За замовчуванням
значення: 100
Вихід розділ
-outseq seqoutall
Використовуйте getorfe онлайн за допомогою служб onworks.net
