ginsi - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mafft - програма множинного вирівнювання для амінокислотних або нуклеотидних послідовностей

СИНТАКСИС

mafft [опції] вхід [> вихід]

тому вхід [> вихід]

ginsi вхід [> вихід]

einsi вхід [> вихід]

fftnsi вхід [> вихід]

fftns вхід [> вихід]

nwns вхід [> вихід]

nwnsi вхід [> вихід]

mafft-профіль group1 group2 [> вихід]

вхід, group1 та group2 має бути у форматі FASTA.

ОПИС

MAFFT це програма вирівнювання кількох послідовностей для операційних систем, подібних Unix. Він пропонує
різноманітні методи вирівнювання.

Орієнтований на точність методи:
· L-INS-i (ймовірно, найточніший; рекомендовано для <200 послідовностей; ітераційне уточнення
метод, що включає інформацію про локальне попарне вирівнювання):

mafft --локальна пара -- макситерувати 1000 вхід [> вихід]

тому вхід [> вихід]

· G-INS-i (підходить для послідовностей однакової довжини; рекомендовано для <200 послідовностей;
метод ітераційного уточнення, що включає інформацію про глобальне попарне вирівнювання):

mafft --глобальна пара -- макситерувати 1000 вхід [> вихід]

ginsi вхід [> вихід]

· E-INS-i (підходить для послідовностей, що містять великі невирівнювані ділянки; рекомендовано для
<200 послідовностей):

mafft --еп 0 --genafpair -- макситерувати 1000 вхід [> вихід]

einsi вхід [> вихід]

Для E-INS-i, --еп 0 Рекомендується варіант, щоб допускати великі зазори.

Орієнтований на швидкість методи:
· FFT-NS-i (ітеративний метод уточнення; лише два цикли):

mafft --редерево 2 -- макситерувати 2 вхід [> вихід]

fftnsi вхід [> вихід]

· FFT-NS-i (ітераційний метод уточнення; макс. 1000 ітерацій):

mafft --редерево 2 -- макситерувати 1000 вхід [> вихід]

· FFT-NS-2 (швидкий; прогресивний метод):

mafft --редерево 2 -- макситерувати 0 вхід [> вихід]

fftns вхід [> вихід]

· FFT-NS-1 (дуже швидкий; рекомендовано для >2000 послідовностей; прогресивний метод із грубим
довідкове дерево):

mafft --редерево 1 -- макситерувати 0 вхід [> вихід]

· NW-NS-i (ітераційний метод уточнення без апроксимації ШПФ; лише два цикли):

mafft --редерево 2 -- макситерувати 2 --nofft вхід [> вихід]

nwnsi вхід [> вихід]

· NW-NS-2 (швидкий; прогресивний метод без наближення ШПФ):

mafft --редерево 2 -- макситерувати 0 --nofft вхід [> вихід]

nwns вхід [> вихід]

· NW-NS-PartTree-1 (рекомендовано для від ~10,000 50,000 до ~ XNUMX XNUMX послідовностей; прогресивний метод
з алгоритмом PartTree):

mafft --редерево 1 -- макситерувати 0 --nofft --партия вхід [> вихід]

Від групи до групи вирівнювання

mafft-профіль group1 group2 [> вихід]

або:

mafft -- макситерувати 1000 --насіння group1 --насіння group2 /dev/null [> вихід]

ВАРІАНТИ

Алгоритм
--авто
Автоматично вибирає відповідну стратегію з L-INS-i, FFT-NS-i та FFT-NS-2,
відповідно до розміру даних. За замовчуванням: вимкнено (завжди FFT-NS-2)

--6 мерпара
Відстань розраховується на основі кількості спільних 6 людей. За замовчуванням: увімкнено

--глобальна пара
Усі попарні вирівнювання обчислюються за алгоритмом Нідлмана-Вунша. Більше
точний, але повільніше, ніж --6merpair. Підходить для набору глобально вирівняних
послідовності. Застосовується до ~200 послідовностей. Комбінація з --maxiterate 1000
рекомендується (G-INS-i). За замовчуванням: вимкнено (використовується відстань 6 м)

--локальна пара
Усі попарні вирівнювання обчислюються за алгоритмом Сміта-Вотермана. Точніше
але повільніше, ніж --6merpair. Підходить для набору локально вирівняних послідовностей.
Застосовується до ~200 послідовностей. Комбінація з --maxiterate 1000 є
рекомендований (L-INS-i). За замовчуванням: вимкнено (використовується відстань 6 м)

--genafpair
Усі попарні вирівнювання обчислюються за локальним алгоритмом із узагальненим
вартість афінного розриву (Altschul 1998). Точніше, але повільніше, ніж --6merpair. Підходить
коли очікуються великі внутрішні розриви. Застосовується до ~200 послідовностей. А
рекомендується комбінація з --maxiterate 1000 (E-INS-i). За замовчуванням: вимкнено (6mer
використовується відстань)

--швидка пара
Усі попарні вирівнювання обчислюються за допомогою FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA є
вимагається. За замовчуванням: вимкнено (використовується відстань 6 м)

--weighti номер
Ваговий коефіцієнт для терміну узгодженості, розрахований на основі парного вирівнювання. Дійсний
коли один із --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair або --blastpair є
вибрано. За замовчуванням: 2.7

--редерево номер
Побудовано направляюче дерево номер разів у прогресуючій стадії. Діє з дистанцією 6 м.
Default: 2

-- макситерувати номер
номер виконуються цикли ітераційного уточнення. За замовчуванням: 0

--fft
Використовуйте апроксимацію ШПФ для вирівнювання від групи до групи. За замовчуванням: увімкнено

--nofft
Не використовуйте апроксимацію ШПФ для вирівнювання від групи до групи. За замовчуванням: вимкнено

--noscore
Оцінка вирівнювання не перевіряється на етапі ітераційного уточнення. За замовчуванням: вимкнено (оцінка
перевірено)

--memsave
Використовуйте алгоритм Майерса-Міллера (1988). За замовчуванням: автоматично вмикається, коли
довжина вирівнювання перевищує 10,000 XNUMX (aa/nt).

--партия
Використовуйте швидкий метод побудови дерева (PartTree, Katoh and Toh 2007) з відстанню 6 м.
Рекомендується для введення великої кількості (> ~10,000 XNUMX) послідовностей. За замовчуванням: вимкнено

--dpparttree
Алгоритм PartTree використовується з відстанями на основі DP. Трохи точніше і
повільніше, ніж --parttree. Рекомендується для великої кількості (> ~10,000 XNUMX) послідовностей
введення. За замовчуванням: вимкнено

--fastaparttree
Алгоритм PartTree використовується з відстанями на основі FASTA. Трохи точніше
і повільніше, ніж --parttree. Рекомендується для великої кількості (> ~10,000 XNUMX) послідовностей
є вхідними. FASTA необхідна. За замовчуванням: вимкнено

--розмір частини номер
Кількість розділів в алгоритмі PartTree. За замовчуванням: 50

--розмір групи номер
Не робіть вирівнювання більше ніж номер послідовності. Діє лише з --*parttree
варіанти. За замовчуванням: кількість вхідних послідовностей

Параметр
--оп номер
Штраф за відкриття пробілу при вирівнюванні від групи до групи. За замовчуванням: 1.53

--еп номер
Значення зміщення, яке працює як штраф за розширення проміжку, для вирівнювання від групи до групи.
Default: 0.123

--лоп номер
Штраф за відкриття розриву при локальному попарному вирівнюванні. Дійсний, коли --localpair або
--genafpair вибрано параметр. За замовчуванням: -2.00

--леп номер
Значення зміщення при локальному попарному вирівнюванні. Дійсний, коли --localpair або --genafpair
вибрано варіант. За замовчуванням: 0.1

--lexp номер
Штраф за розширення розриву при локальному попарному вирівнюванні. Дійсний, коли --localpair або
--genafpair вибрано параметр. За замовчуванням: -0.1

--LOP номер
Штраф за відкриття пробілу, щоб пропустити вирівнювання. Дійсний, якщо є параметр --genafpair
вибрано. За замовчуванням: -6.00

--LEXP номер
Штраф за розширення розриву, щоб пропустити вирівнювання. Дійсний, якщо є параметр --genafpair
вибрано. За замовчуванням: 0.00

--бл номер
BLOSUM номер використовується матриця (Henikoff and Henikoff 1992). номер=30, 45, 62 або 80.
Default: 62

--jtt номер
JTT PAM номер (Jones et al. 1992) використовується матриця. номер>0. За замовчуванням: BLOSUM62

--tm номер
Трансмембранний PAM номер (Jones et al. 1994) використовується матриця. номер>0. За замовчуванням:
BLOSUM62

--aamatrix матричний файл
Використовуйте визначену користувачем матрицю оцінки AA. Формат матричний файл є таким же, що й у
ВИДРУХ. Ігнорується при введенні нуклеотидних послідовностей. За замовчуванням: BLOSUM62

--fмодель
Включіть інформацію про склад AA/nuc в матрицю оцінок. За замовчуванням: вимкнено

Вихід
--clustalout
Формат виведення: класальний формат. За замовчуванням: вимкнено (швидкий формат)

--порядок введення
Порядок виведення: такий самий, як і введення. За замовчуванням: увімкнено

--змінити порядок
Порядок виведення: вирівняний. За замовчуванням: вимкнено (порядок введення)

--дерево
Направляюче дерево виводиться до вхідфайл .tree. За замовчуванням: вимкнено

--спокійно
Не повідомляти про прогрес. За замовчуванням: вимкнено

вхід
--nuc
Припустимо, що послідовності є нуклеотидними. За замовчуванням: авто

--аміно
Припустимо, що послідовності є амінокислотами. За замовчуванням: авто

--насіння вирівнювання 1 [--насіння вирівнювання 2 --насіння вирівнювання 3 ...]
Вирівнювання насіння вказано вирівнювання_n (формат Fasta) узгоджуються з послідовностями в
вхід. Вирівнювання всередині кожного насіння зберігається.

Використовуйте ginsi онлайн за допомогою служб onworks.net