gmap – Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmap - програма геномного картографування та вирівнювання

СИНТАКСИС

gmap [ВАРІАНТИ...] <FASTA файли...>, or кішка | gmap [ПАРАМЕТИ...]

ВАРІАНТИ

вхід опції (повинен включати -d or -g)
-D, --реж=каталог
Каталог геному. За замовчуванням (як визначено --with-gmapdb до програми налаштування)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Геномна база даних. Якщо аргумент '?' (у лапках), ця команда перераховує
доступні бази даних.

-k, --кмер=INT
розмір kmer для використання в базі даних геному (дозволені значення: 16 або менше). Якщо ні
якщо зазначено, програма знайде найбільший доступний розмір кмера в геномі
база даних

--відбір проб=INT
Вибірка для використання в базі даних геному. Якщо не вказано, програма знайде
найменше доступне значення вибірки в базі даних геному в межах вибраного розміру k-mer

-G, --повний геном
Використовувати повний геном (дозволено всі символи ASCII; явно створено під час налаштування), ні
стиснуту версію

-g, --gseg=ім'я файлу
Геномний сегмент, наданий користувачем

-1, --саморегулюючий
Вирівняйте одну послідовність відносно себе у форматі FASTA через stdin (корисно для отримання
білкова трансляція нуклеотидної послідовності)

-2, --парний вирівнювання
Вирівняйте дві послідовності у форматі FASTA через стандартний вхід, перша — геномна, а друга
одним є кДНК

--cmdline=STRING,STRING
Вирівняйте ці дві послідовності, надані в командному рядку, перша – геномна та
другим є кДНК

-q, --частина=INT/INT
Обробляти лише i-ту з кожних n послідовностей, наприклад, 0/100 або 99/100 (корисно для
розподіл робочих місць на комп’ютерну ферму).

--input-buffer-size=INT
Розмір вхідного буфера (програма зчитує таку кількість послідовностей за раз для ефективності)
(за замовчуванням 1000)

Варіанти обчислень

-B, -партія=INT
Пакетний режим (за замовчуванням = 2)

Режим зміщення позицій геному
0 див. примітку mmap mmap
1 див. примітку mmap & попередньо завантажити mmap
(за замовчуванням) 2 див. примітку mmap & preload mmap & preload
3 див. примітку allocate mmap & preload
4 див. примітку allocate розподілити
5 розгортати виділяти виділяти

Примітка. Для однієї послідовності всі структури даних використовують mmap
Якщо mmap недоступний і allocate не вибрано, буде використовуватися fileio (дуже повільно)

Примітка про -партія і зміщення: можна контролювати розширення зсувів
незалежно від --expand-offsets прапор. Файл -партія=5 опція еквівалентна
-партія=4 плюс --expand-offsets=1

--expand-offsets=INT
Чи розширювати індекс геномних зсувів. Значення: 0 (ні, за замовчуванням) або 1 (так).
Розширення забезпечує швидше вирівнювання, але вимагає більше пам’яті

--зрощення
Вимикає сплайсинг (корисно для вирівнювання геномних послідовностей у геномі)

--min-intronlength=INT
Мінімальна довжина для одного внутрішнього інтрона (за замовчуванням 9). Нижче цього розміру геномний розрив
буде вважатися делецією, а не інтроном.

-K, --intronlength=INT
Максимальна довжина для одного внутрішнього інтрона (за замовчуванням 200000 XNUMX)

-w, --localspcedist=INT
Максимальна довжина для відомих місць зрощування на кінцях послідовності (за замовчуванням 2000000)

-L, --Загальна довжина=INT
Максимальна загальна довжина інтрона (за замовчуванням 2400000)

-x, --chimera-margin=INT
Кількість невирівняної послідовності, яка запускає пошук послідовності, що залишилася
(за замовчуванням 30). Вмикає вирівнювання химерних зчитувань і може допомогти з деякими
нехимерні читання. Щоб вимкнути, встановіть нуль.

--без химер
Вимикає пошук химер. Такий же ефект, як --chimera-margin=0

-t, --nthreads=INT
Кількість робочих потоків

-c, --chrsubset=рядок
Обмежте пошук заданою хромосомою

-z, --напрям=STRING
напрям кДНК (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter або
автоматично (за замовчуванням))

-H, --тримендексони=INT
Обрізати кінцеві екзони з меншою кількістю збігів, ніж указано (у nt, за замовчуванням 9)

--канонічний режим=INT
Винагорода за канонічні та напівканонічні інтрони 0=низька винагорода, 1=висока винагорода
(за замовчуванням), 2=низька винагорода за послідовності з високою ідентифікацією та висока винагорода в інших випадках

--міжвидові
Використовуйте більш чутливий пошук для канонічного сплайсингу, який особливо корисний для
міжвидові зв'язки та інші складні випадки

--allow-close-indels=INT
Дозволити вставлення та видалення близько одне до одного (0=ні, 1=так (за замовчуванням), 2=лише
для якісного вирівнювання)

--microexon-spliceprob=ПЛОС
Дозволити мікроекзони, лише якщо одна з ймовірностей місця зрощування є більшою за цю
значення (за замовчуванням 0.95)

--cmetdir=STRING
Каталог для файлів індексу метилцитозину (створених за допомогою cmetindex) (за замовчуванням
розташування файлів індексу геному, указане за допомогою -D, -V та -d)

--atoidir=STRING
Каталог для файлів індексу редагування РНК A-to-I (створених за допомогою atoiindex) (за замовчуванням
розташування файлів індексу геному, указане за допомогою -D, -V та -d)

--режим=STRING
Режим вирівнювання: стандартний (за замовчуванням), cmet-ланцюговий, cmet-неланцюговий, atoi-ланцюговий,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded або ttoc-nonstranded. Потрібні нестандартні режими
ви раніше запускали програми cmetindex або atoiindex (які також охоплюють
режими ttoc) на геномі

-p, --prunelevel
Рівень скорочення: 0=без скорочення (за замовчуванням), 1=погана послідовність, 2=повторювана послідовність, 3=погана та
повторювані

Типи виведення

-S, -- резюме
Показати лише підсумок вирівнювання

-A, --вирівняти
Показати вирівнювання

-3, --безперервний
Покажіть вирівнювання трьома безперервними лініями

-4, --continuous-by-exon
Показати вирівнювання по три рядки на екзон

-Z, -- стиснути
Друк вихідних даних у стисненому форматі

-E, --екзони=STRING
Друк екзонів ("кДНК" або "геномних")

-P, --білкова_дна
Друк білкової послідовності (кДНК)

-Q, --protein_gen
Друк білкової послідовності (геномної)

-f, --формат=INT
Інший формат виводу (також зверніть увагу на -A та -S параметри та інші перелічені параметри
у розділі Типи виводу):
psl (або 1) = формат PSL (BLAT),
gff3_gene (або 2) = формат гена GFF3,
gff3_match_cdna (або 3) = формат GFF3 cDNA_match,
gff3_match_est (або 4) = формат GFF3 EST_match,
splicesites (або 6) = вихід splicesites (для файлу сплайсингу GSNAP),
introns = вихід інтронів (для файлу сплайсингу GSNAP),
map_exons (або 7) = формат карти екзонів IIT FASTA,
map_ranges (або 8) = формат карти діапазону IIT FASTA,
coords (або 9) = координати у форматі таблиці,
sampe = формат SAM (встановлення біта paired_read у прапорці),
samse = формат SAM (без встановлення біта paired_read)

Варіанти виводу

-n, --npaths=INT
Максимальна кількість шляхів для показу (за замовчуванням 5). Якщо встановлено значення 1, GMAP не звітуватиме
химерні вирівнювання, оскільки вони означають два шляхи. Якщо ви хочете єдине вирівнювання
плюс химерні вирівнювання, тоді встановіть значення 0.

--suboptimal-score=INT
Повідомляти лише про шляхи, оцінка яких знаходиться в межах цього значення найкращого шляху. За замовчуванням,
якщо ця опція не передбачена,
програма друкує всі знайдені шляхи.

-O, --замовив
Друк вихідних даних у тому ж порядку, що й введення (актуально, лише якщо є більше одного працівника
нитка)

-5, --md5
Надрукуйте контрольну суму MD5 для кожної послідовності запитів

-o, --химера-перекриття
Перекриття, щоб показати, якщо воно є, у точці розриву химери

--помилково
Друкуйте лише невдале вирівнювання, без результатів

--nofails
Виключити друк невдалого вирівнювання

-V, --snpsdir=STRING
Каталог для файлів індексу SNP (створених за допомогою snpindex) (за замовчуванням це розташування
файли індексу геному, визначені за допомогою -D та -d)

-v, --use-snps=STRING
Використовуйте базу даних, що містить відомі SNP (в .iit, створений раніше за допомогою
snpindex) для толерантності до SNP

--розділений вихід=STRING
Базове ім'я для виведення кількох файлів, окремо для відображення,
uniq, mult (і химера, якщо --chimera-margin вибрано)

--failed-input=STRING
Надрукуйте повністю несправне вирівнювання як вхідний формат FASTA або FASTQ до заданого
файл. Якщо --розділений вихід також заданий прапор, цей файл генерується додатково
на вихід у файлі .nomapping.

--додавання-виведення
Коли --розділений вихід or --faileinput задано, цей прапорець додаватиме вихідні дані до
існуючі файли. В іншому випадку за замовчуванням створюються нові файли.

--output-buffer-size=INT
Розмір буфера в запитах для вихідного потоку (за замовчуванням 1000). Коли кількість
результати для друку перевищують цей розмір, робочі потоки зупиняються доти
відставання очищено

-F, --повна довжина
Припустимо повнорозмірний білок, починаючи з Met

-a, --cdsstart=INT
Перекласти кодони з заданого нуклеотиду (на основі 1)

-T, --урізати
Обрізати вирівнювання навколо білка повної довжини, Met to Stop -F прапор

-Y, -- толерантний
Транслює кДНК з поправками на зсув кадрів

Параметри виведення GFF3

--gff3-додати роздільники=INT
Чи додавати роздільник ### після кожної послідовності запиту. Значення: 0 (ні), 1 (так,
за замовчуванням)

Параметри виведення SAM

--no-sam-headers
Не друкувати заголовки, що починаються з "@"

--sam-use-0M
Вставте 0M у CIGAR між сусідніми вставками та видаленнями. Вимагає Picard,
але може викликати помилки в інших інструментах

--force-xs-dir
Для вирівнювання RNA-Seq забороняє XS:A:? коли напрямок сенсу неясний, і
замінює це значення довільно на XS:A:+. Може бути корисним для деяких програм, наприклад
як запонки, які не можуть працювати з XS:A:?. Однак, якщо ви використовуєте цей прапор,
зареєстроване значення XS:A:+ у цих випадках не матиме сенсу.

--md-lowercase-snp
У рядку MD, коли відомі SNP задаються за допомогою -v прапор,
друкує відмінні нуклеотиди малими літерами, коли вони,
відрізняються від еталонних, але відповідають відомому альтернативному алелю

--action-if-cigar-error
Дії, які необхідно вжити, якщо існує розбіжність між довжиною CIGAR і довжиною послідовності
Дозволені значення: ігнорувати, попередження (за замовчуванням), перервати

--read-group-id=STRING
Значення для введення в поле ідентифікатора групи читання (RG-ID).

--read-name-group=STRING
Значення для введення в поле назви групи читання (RG-SM).

--read-group-library=STRING
Значення для введення в поле бібліотеки групи читання (RG-LB).

--read-group-platform=STRING
Значення для введення в поле бібліотеки групи читання (RG-PL).

Варіанти показників якості

--протокол якості=STRING
Протокол оцінки якості вхідних даних. Дозволені значення: illumina (ASCII 64-126)
(дорівнює -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (еквівалент -J 33 -j 0)

За замовчуванням — sanger (без якісного зміщення друку)
Вихідні файли SAM повинні мати показники якості за протоколом Sanger

Або ви можете вказати зсув друку за допомогою цього прапорця:

-j, --quality-print-shift=INT
Зсунути показники якості FASTQ на цю величину у вихідних даних (за замовчуванням 0 для Sanger
протокол; щоб змінити вхід Illumina на вихід Sanger, виберіть -31)

Параметри файлу зовнішньої карти

-M, --mapdir=каталог
Довідник карт

-m, --карта=iitfile
Файл карти. Якщо аргумент '?' (з лапками),
це список доступних файлів карти.

-e, --мапексони
Картуйте кожен екзон окремо

-b, --mapboth
Повідомити про звернення з обох ланцюгів геному

-u, -- фланговий=INT
Показати флангові удари (за замовчуванням 0)

--друк-комент
Показувати рядок коментаря для кожного звернення

Параметри виведення вирівнювання

-N, --nolengths
Немає вирівняних довжин інтронів

-I, --invertmode=INT
Режим для вирівнювання геномного (-) ланцюга: 0=Не інвертувати кДНК (за замовчуванням)
1=Інвертувати кДНК і друкувати геномний (-) ланцюг 2=Інвертувати кДНК і друкувати геномний (+)
пасмо

-i, --introngap=INT
Нуклеотиди для відображення на кожному кінці інтрона (за замовчуванням 3)

-l, --wraplength=INT
Довжина обтікання для вирівнювання (за замовчуванням 50)

Параметри виведення фільтрів

--min-trimmed-coverage=ПЛОС
Не друкувати вирівнювання з обрізаним покриттям менше цього значення (за замовчуванням=0.0, яке
означає відсутність фільтрації) Зауважте, що химерні вирівнювання виводитимуться незалежно від цього
фільтрувати

--min-ідентичність=ПЛОС
Не друкувати вирівнювання з ідентичністю менше цього значення (за замовчуванням=0.0, що означає ні
фільтрування) Зауважте, що химерне вирівнювання буде виведено незалежно від цього фільтра
Варіанти довідки

--перевірте
Перевірте припущення компілятора

-- версія
Показати версію

--допомога Показати це повідомлення довідки

Інші інструменти пакету GMAP знаходяться в /usr/lib/gmap

Використовуйте gmap онлайн за допомогою сервісів onworks.net