Це команда gmod_make_cvtermpath.plp, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmod_make_cvtermpath.pl - обчислює транзитивне замикання на термінах онтології в
таблиця cvterm
ВИКОРИСТАННЯ
perl gmod_make_cvtermpath.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -c cvname
perl gmod_make_cvtermpath.pl -g [профіль_GMODConf] -c cvname
параметри
-c Ім'я онтології (cv.name), для обчислення транзитивного закриття. (Вимагається)
-v Детальний висновок
-t Пробний режим. Не виконуйте жодних операцій магазину взагалі. (Не впроваджений)
-o вихідний файл для запису помилок і докладних повідомлень (необов'язково)
-g Ім'я профілю бази даних GMOD (може вказати ім'я хоста та БД) За замовчуванням: 'default'
If НЕ використання a GMOD база даних профіль (варіант -g) потім ви повинен забезпечувати після
параметри
-D Назва бази даних
-H Ім'я хосту
-d Назва драйвера бази даних (наприклад, 'Pg' для postgres)
-u [Необов’язковий – якщо користувач за умовчанням не використовується] Ім’я користувача бази даних
-p [Необов'язково - якщо вам потрібен пароль для підключення до бази даних] Пароль для вашого користувача
для підключення до бази даних
ОПИС
Цей сценарій обчислює транзитивне замикання термінів онтології в таблиці cvterm.
Оскільки це обчислювально інтенсивна операція, виконуйте її на великому cv, як Gene
Онтологія може тривати кілька годин. Щоб дізнатися більше про те, що таке трансативне закриття,
дивіться будь ласка:
http://www.geneontology.org/GO.database.shtml#графіки
Використовуйте gmod_make_cvtermpath.plp онлайн за допомогою служб onworks.net
