gmt-music-bmr-calc-covg-helperp – онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmt music bmr calc-covg-helper - Використовує calcRoiCovg.c для підрахунку покритих баз на ген для
пара BAMs в нормі пухлини.

Версія

У цьому документі описано gmt music bmr calc-covg-helper версії 0.04 (2016-01-01 на
23:10:19)

СИНТАКСИС

gmt music bmr calc-covg-helper --roi-file=? --reference-sequence=?
--normal-tumor-bam-pair=? [--output-file=?] [--output-dir=?] [--normal-min-depth=?]
[--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?]

Загальне використання:

... музика bmr calc-covg-helper \
--normal-tumor-bam-pair "назва зразка шлях/до/нормальний_бам шлях/до/tumor_bam" \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--output-file вихідний_файл \
--roi-файл вхідний_каталог/усі_кодування_exons.tsv

ВИМАГАЄТЬСЯ АРГУМЕНТИ

roi-файл текст
Список ROI із роздільниками вкладок [chr start stop gene_name] (див. опис)

посилання-послідовність текст
Шлях до еталонної послідовності у форматі FASTA

нормальна-пухлина-бам-пара текст
Рядок із роздільниками табуляції з назвою зразка, шляхом до звичайного файлу bam та шляху до tumor bam
файл (див. опис)

ДОДАТКОВО АРГУМЕНТИ

вихідний файл текст
Шлях до вихідного файлу. Вкажіть вихідний файл або вихідний каталог.

вихід-реж текст
Вихідний шлях до каталогу. Вкажіть вихідний файл або вихідний каталог

нормальна-мін-глибина Ціле число
Мінімальна глибина зчитування, щоб вважати нормальну базу BAM покритою

Значення за замовчуванням "6", якщо не вказано

пухлина-хв-глиб Ціле число
Мінімальна глибина зчитування, щоб вважати базу Tumor BAM покритою

Значення за замовчуванням "8", якщо не вказано

min-mapq Ціле число
Мінімальна якість відображення зчитування, яку слід враховувати для підрахунку глибини читання

Значення за замовчуванням "20", якщо не вказано

ОПИС

Цей сценарій підраховує бази з достатнім покриттям у ROI кожного гена в даному
пара файлів BAM для нормальних пухлин і класифікує їх на - AT, CG (не CpG) і CpG
розраховується. Він також сумує ці базові показники для всіх ROI кожного гена у зразку, але
покриті бази, які лежать в межах перекриваються ROI, не враховуються більше одного разу
ці загальні підрахунки.

АРГУМЕНТИ

--roi-файл
Ділянки, що представляють інтерес (ROI) кожного гена, як правило, є ділянками, на які спрямовані
секвенування або злиття екзонних локусів (з кількох транскриптів) генів з 2-bp
фланги (з’єднання з’єднань). ROI з однієї хромосоми повинні бути перераховані поруч
один одного в цьому файлі. Це дозволяє базовому коду на основі C працювати набагато більше
ефективно та уникайте повторного підрахунку баз, що спостерігаються в рентабельності інвестицій, що перекриваються (для загального покриття
базова кількість). Для підрахунку основ для кожного гена кожен раз підраховуватиметься основа, що перекривається
він з'являється в ROI того самого гена. Щоб уникнути цього, обов’язково об’єднайте разом
перекриваються ROI одного гена. MergeBed від BEDtools може допомогти, якщо використовувати його для кожного гена.
--посилання-послідовність
Еталонна послідовність у форматі FASTA. Якщо індекс опорної послідовності не знайдено
поруч із цим файлом (файлом .fai) він буде створений.
--нормальна-пухлина-бам-пара
"назва зразка шлях/до/нормальний_бам шлях/до/tumor_bam"
-- вихідний файл
Укажіть вихідний файл, куди будуть записані базові підрахунки для рентабельності інвестицій

Використовуйте gmt-music-bmr-calc-covg-helperp онлайн за допомогою служб onworks.net