Це команда gmx-anadock, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-anadock – кластерні структури з Autodock
СИНТАКСИС
gmx Anadock [-f [<.pdb>]] [-од [<.xvg>]] [-оф [<.xvg>]] [-g [<.log>]]
[-xvg ] [-[ні] безкоштовно] [-[ні]ср] [-відрізати ]
ОПИС
gmx анадок аналізує результати запуску Autodock і об’єднує структури разом,
на основі відстані або RMSD. Аналізуються оцінки закріпленої енергії та вільної енергії та
для кожного кластера друкується енергетична статистика.
Альтернативний підхід до цього полягає в тому, щоб спочатку використовувати кластерні структури gmx кластер та
потім відсортуйте кластери або за найнижчою енергією, або за середньою енергією.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.pdb>] (eiwit.pdb)
Файл банку даних білка
Параметри для визначення вихідних файлів:
-од [<.xvg>] (edocked.xvg)
файл xvgr/xmgr
-оф [<.xvg>] (efree.xvg)
файл xvgr/xmgr
-g [<.log>] (anadock.log)
Файл журналу
Інші варіанти:
-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає
-[ні] безкоштовно (немає)
Використовуйте оцінку безкоштовної енергії з автодоку для сортування класів
-[ні]ср (так)
Кластер на RMS або відстані
-відрізати (0.2)
Максимальна RMSD/відстань для належності до одного кластеру
Використовуйте gmx-anadock онлайн за допомогою служб onworks.net
