gmx-convert-tpr - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-convert-tpr - Зробити змінений файл для введення

СИНТАКСИС

gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [- розширити ]
[-доки ] [- кроки ] [-час ]
[-[ні]нульовий] [-[Роман] [-[ні]прод]
[-init_fep_state ]

ОПИС

gmx конвертувати-tpr можна редагувати вхідні файли запуску чотирма способами.

1. шляхом зміни кількості кроків у вхідному файлі запуску за допомогою параметрів - розширити, -доки or
- кроки (nsteps=-1 означає необмежену кількість кроків)

2. (ЗАСТАРЕЛО), створюючи вхідний файл виконання для продовження запуску, коли ваша симуляція має
аварійно завершився, наприклад, через повний диск або через продовження запуску вхідного файлу. Цей варіант
є застарілим, оскільки mdrun тепер записує та читає файли контрольних точок. примітки що рамка з
потрібні координати та швидкості. При тиску та/або температурі носа-Гувера
сполучення використовується, енергетичний файл може бути наданий, щоб отримати точне продовження
оригінальний запуск.

3. створивши файл .tpx для підмножини вашого вихідного файлу tpx, що корисно, коли
ви хочете видалити розчинник із вашого файлу .tpx, або коли ви хочете, наприклад, зробити чистий
Файл Calpha .tpx. Зауважте, що вам може знадобитися використати - кроки -1 (або подібне), щоб отримати це
працювати. ПОПЕРЕДЖЕННЯ: це .tpx файл is НЕ повністю функціональний.

4. шляхом встановлення зарядів певної групи на нуль. Це корисно, коли робите безкоштовно
оцінки енергії за допомогою методу LIE (Linear Interaction Energy).

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Необов'язково)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг

-e [<.edr>] (ener.edr) (Необов'язково)
Енергетичний файл

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr

Інші варіанти:

- розширити (0)
Подовжити час виконання на цю кількість (пс)

-доки (0)
Подовжити час виконання до цього часу закінчення (пс)

- кроки (0)
Змініть кількість кроків

-час (-1)
Продовжити з кадру в цей час (ps) замість останнього кадру

-[ні]нульовий (немає)
Встановіть заряди групи (з індексу) на нуль

-[Роман (так)
Вимагайте швидкості від траєкторії

-[ні]прод (так)
Для точного продовження обмеження не слід застосовувати до першого кроку

-init_fep_state (0)
fep стан для ініціалізації

Використовуйте gmx-convert-tpr онлайн за допомогою служб onworks.net