gmx-covar - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-covar - Розрахувати та діагоналізувати коваріаційну матрицю

СИНТАКСИС

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-пр [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-ту ] [-xvg ] [- [ні] підходить]
[-[ні]пос] [-[ні]мва] [-останнє ] [-[ні]pbc]

ОПИС

gmx ковар обчислює та діагоналізує (зважену за масою) коваріаційну матрицю. всі
структури підганяються до структури у файлі структури. Коли це не біг
періодичність вхідного файлу не буде врахована. При відповідності та аналізу груп
ідентичні, а аналіз не зважений за масою, відповідність також не буде
масово-зважений.

Власні вектори записуються у файл траєкторії (-v). Коли одні й ті ж атоми використовуються для
відповідність і коваріаційний аналіз, спочатку записується еталонна структура для відповідності
з t=-1. Середній (або довідковий, коли -пос використовується) структура записується з t=0,
власні вектори записуються у вигляді кадрів з номером власного вектора як міткою часу.

Власні вектори можна аналізувати за допомогою gmx anaeig.

варіант -ascii записує всю коваріаційну матрицю у файл ASCII. Наказ про
елементи: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

варіант -xpm записує всю коваріаційну матрицю в an .xpm файлу.

варіант -xpma записує атомну коваріаційну матрицю в an .xpm файл, тобто для кожної пари атомів
записується сума коваріацій xx, yy і zz.

Зауважте, що діагоналізація матриці вимагає пам’яті та часу, які будуть збільшуватися на
щонайменше так само швидко, як квадрат кількості залучених атомів. Його легко закінчити
пам'яті, і в цьому випадку цей інструмент, ймовірно, завершить роботу з "помилкою сегментації". Ти повинен
уважно подумайте, чи буде зменшений набір атомів задовольнити ваші потреби за менших витрат.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
файл xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг

-пр [<.gro/.g96/...>] (verage.pdb)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
Файл журналу

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-ту (пс)
Одиниця значень часу: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

- [ні] підходить (так)
Підігнати до опорної структури

-[ні]пос (немає)
Використовуйте відхилення від конформації у файлі структури замість від
середній

-[ні]мва (немає)
Коваріаційно-зважений аналіз

-останнє (-1)
Останній власний вектор для запису (-1 до останнього)

-[ні]pbc (так)
Застосуйте поправки для періодичних граничних умов

Використовуйте gmx-covar онлайн за допомогою служб onworks.net